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- PDB-4i7c: Siah1 mutant bound to synthetic peptide (ACE)KLRPV(23P)MVRPWVR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i7c
タイトルSiah1 mutant bound to synthetic peptide (ACE)KLRPV(23P)MVRPWVR
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
  • Protein phyllopod
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / Sina / beta sandwich / zinc finger / ubiquitin ligase / covalent inhibitor / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


R1/R6 cell fate commitment / sensory organ boundary specification / enteroendocrine cell differentiation / sensory organ precursor cell fate determination / R7 cell fate commitment / sevenless signaling pathway / Netrin-1 signaling / sensory organ development / beta-catenin destruction complex / ubiquitin conjugating enzyme binding ...R1/R6 cell fate commitment / sensory organ boundary specification / enteroendocrine cell differentiation / sensory organ precursor cell fate determination / R7 cell fate commitment / sevenless signaling pathway / Netrin-1 signaling / sensory organ development / beta-catenin destruction complex / ubiquitin conjugating enzyme binding / negative regulation of Notch signaling pathway / anatomical structure morphogenesis / ubiquitin ligase complex / canonical Wnt signaling pathway / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / proteasomal protein catabolic process / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / Notch signaling pathway / visual perception / axon guidance / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein catabolic process / RING-type E3 ubiquitin transferase / epidermal growth factor receptor signaling pathway / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / nervous system development / ubiquitin-dependent protein catabolic process / neuron apoptotic process / spermatogenesis / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / positive regulation of apoptotic process / Amyloid fiber formation / apoptotic process / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, AD-type / Zinc-finger associated domain (zf-AD) / E3 ubiquitin-protein ligase SINA-like, animal / Seven-in-absentia protein, TRAF-like domain / : / Sina, TRAF-like domain / Sina, zinc finger / E3 ubiquitin-protein ligase sina/sinah, RING finger / Zinc finger, SIAH-type / Zinc finger SIAH-type profile. ...Zinc finger, AD-type / Zinc-finger associated domain (zf-AD) / E3 ubiquitin-protein ligase SINA-like, animal / Seven-in-absentia protein, TRAF-like domain / : / Sina, TRAF-like domain / Sina, zinc finger / E3 ubiquitin-protein ligase sina/sinah, RING finger / Zinc finger, SIAH-type / Zinc finger SIAH-type profile. / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / TRAF-like / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
modified protein phyllopod peptide BI-117C3 / Protein phyllopod / E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Santelli, E. / Stebbins, J.L. / Feng, Y. / De, S.K. / Purves, A. / Motamedchaboki, K. / Wu, B. / Ronai, Z.A. / Liddington, R.C. / Pellecchia, M.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structure-based design of covalent siah inhibitors.
著者: Stebbins, J.L. / Santelli, E. / Feng, Y. / De, S.K. / Purves, A. / Motamedchaboki, K. / Wu, B. / Ronai, Z.A. / Liddington, R.C. / Pellecchia, M.
履歴
登録2012年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
B: Protein phyllopod
C: E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
D: Protein phyllopod
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,87310
ポリマ－47,3754
非ポリマー4986
水1267
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
B: Protein phyllopod
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9365
ポリマ－23,6872
非ポリマー2493
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11220 Å2
手法PISA
2
C: E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
D: Protein phyllopod
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9365
ポリマ－23,6872
非ポリマー2493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.230, 164.230, 164.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

-
要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1 / Seven in absentia homolog 1 / Siah-1 / Siah-1a


分子量: 21978.133 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 90-282) / 変異: T156C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIAH1, HUMSIAH / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8IUQ4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: タンパク質・ペプチド Protein phyllopod


タイプ: Oligopeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1709.155 Da / 分子数: 2 / 断片: Siah-binding peptide (UNP residues 113-125) / 変異: T123W / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q27934, modified protein phyllopod peptide BI-117C3
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 65% MPD, 100 mM bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月24日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→60 Å / Num. all: 18292 / Num. obs: 18317 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 1.637 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4I7D

4i7d


解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 24.588 / SU ML: 0.222 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC WITH TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.444 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2192 938 5.1 %RANDOM
Rwork0.17838 ---
obs0.18052 17329 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 86.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3198 0 20 7 3225
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193334
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022266
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1631.9554519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80235517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8415408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.12423.8150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.70615559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2991520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213689
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 62 -
Rwork0.353 1205 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.19070.7811-0.02352.5528-0.23421.94240.1023-0.05170.071-0.1025-0.09670.1374-0.19550.0095-0.00570.04120.031-0.02430.1578-0.11290.0827-56.15661.378-14.086
216.28856.8389-10.91984.618-4.47089.61670.7787-0.32060.4635-0.015-0.4260.4006-0.79680.0771-0.35270.17040.1165-0.0830.1603-0.15030.2159-63.14368.259-16.55
31.36890.5790.20942.76390.39092.4896-0.0871-0.1062-0.1588-0.15250.0581-0.42130.2487-0.07810.0290.0423-0.00410.03490.096-0.08520.1509-54.85738.797-19.897
44.51014.1481-8.29497.0835-10.868727.8387-0.14160.03340.4169-0.43060.3839-1.34652.4221-0.833-0.24230.4268-0.0426-0.09080.3026-0.13751.1048-48.66331.097-16.441
59.244-0.0669-0.81022.7127-1.483910.3911-0.43040.50250.86440.4554-0.11040.1138-1.53440.75330.54080.2803-0.1483-0.11090.2199-0.05840.314-49.40579.157-9.117
66.32890.02792.84663.0688-1.22976.68960.22080.2923-0.5277-0.5114-0.0220.00920.9310.3383-0.19890.2807-0.04180.07430.1031-0.12750.1873-57.95822.826-30.744
716.6457-4.35848.8231.5785-3.82479.9293-0.35020.90740.7766-0.2275-0.1245-0.21760.92790.00150.47470.2554-0.19690.03240.5018-0.13850.1115-28.08971.4422.492
812.1193-1.34113.04661.8342-1.1265.15330.31340.21490.46280.04520.00730.061-0.37420.4864-0.32070.2552-0.15220.07370.1332-0.08040.1592-77.7331.533-43.777
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A156 - 282
2X-RAY DIFFRACTION2B113 - 125
3X-RAY DIFFRACTION3C156 - 282
4X-RAY DIFFRACTION4D113 - 125
5X-RAY DIFFRACTION5A125 - 155
6X-RAY DIFFRACTION5A601
7X-RAY DIFFRACTION6C125 - 155
8X-RAY DIFFRACTION6C601
9X-RAY DIFFRACTION7A91 - 124
10X-RAY DIFFRACTION7A602
11X-RAY DIFFRACTION8C91 - 124
12X-RAY DIFFRACTION8C602

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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