PDB-4i5d: Crystal structure of Ralstonia sp. alcohol dehydrogenase in its a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i5d

タイトル

Crystal structure of Ralstonia sp. alcohol dehydrogenase in its apo form

要素

Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / short-chain-dehydrogenases/reductases / Rossmann fold / Ralstonia sp. / alcohol dehydrogenase / RasADH / cosubstrate specificity / NADH / S-phenylethanol

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, oxygen as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ralstonia sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Jarasch, A. / Lerchner, A. / Meining, W. / Schiefner, A. / Skerra, A.

引用

ジャーナル: Biotechnol.Bioeng. / 年: 2013
タイトル: Crystallographic analysis and structure-guided engineering of NADPH-dependent Ralstonia sp. Alcohol dehydrogenase toward NADH cosubstrate specificity.
著者: Lerchner, A. / Jarasch, A. / Meining, W. / Schiefner, A. / Skerra, A.

履歴

登録	2012年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i5d.cif.gz	361.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i5d.ent.gz	294.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i5d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4i5d_validation.pdf.gz	510.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4i5d_full_validation.pdf.gz	528.2 KB	表示
XML形式データ	4i5d_validation.xml.gz	67.7 KB	表示
CIF形式データ	4i5d_validation.cif.gz	93.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/4i5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/4i5d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i5eSC 4i5fC 4i5gC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4i5f-2 4bmn-d 4i5f-1 4i5g-2 4i5g-1 2yw9-2 2yw9-1 3gr6-d 5ycr-d 4tkm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

A: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

B: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

C: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

D: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

E: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

F: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

G: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

ヘテロ分子

226 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

A: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

B: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

C: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

E: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

F: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

G: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.074, 73.518, 132.677
Angle α, β, γ (deg.)	80.610, 86.800, 63.100
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7

#1: タンパク質	Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase 分子量: 28177.861 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia sp. (バクテリア) / 株: DSMZ 6428 / 遺伝子: RasADH / プラスミド: pASK-IBA35plus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: C0IR58
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 24% PEG3000, 100mM Tris/HCl, 200 mM Li2SO4, 10mM NAD+, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月28日

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 91854 / Num. obs: 91854 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.993 % / B_iso Wilson estimate: 42.351 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 13.25

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.4-2.5		0.414	2.48	21111	10582	96.7
2.5-2.6		0.314	3.24	18066	9050	96.8
2.6-2.8		0.223	4.36	28754	14405	96.8
2.8-3		0.139	6.66	21549	10800	96.7
3-3.5		0.075	11.14	34966	17535	97
3.5-4		0.036	20.31	19403	9740	96.8
4-6		0.024	28.77	27803	13960	96.6
6-8		0.018	34.42	6680	3366	95.7
8-10		0.015	47.21	2364	1197	96
	10	0.013	49.28	2367	1219	92.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

開始モデル: 4I5E

4i5e

解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / WR_factor R_free: 0.2026 / WR_factor R_work: 0.1706 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / FOM work R set: 0.8292 / SU B: 7.744 / SU ML: 0.172 / SU R Cruickshank DPI: 0.3395 / SU R_free: 0.2324 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.339 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2307	4591	5 %	RANDOM
R_work	0.1948	87263	-	-
obs	0.1966	91854	96.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 155.81 Å² / B_iso mean: 39.4232 Å² / B_iso min: 7.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.13 Å²	-2.01 Å²	2.51 Å²
2-	-	3.46 Å²	-2.61 Å²
3-	-	-	-2.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14016	0	40	468	14524

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	14224
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.579	1.973	19280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.104	5	1848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.346	22.74	584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.842	15	2368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.528	15	144
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	2320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	10560

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	12	LOOSE POSITIONAL	0.06	5
1	2	B	12	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
1	3	C	12	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
1	4	D	12	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
1	5	E	12	LOOSE POSITIONAL	0.03	5
1	6	F	12	LOOSE POSITIONAL	0.03	5
1	7	G	12	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
1	8	H	12	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
1	1	A	1740	TIGHT THERMAL	6.07	0.5
1	2	B	1740	TIGHT THERMAL	13.89	0.5
1	3	C	1740	TIGHT THERMAL	8.01	0.5
1	4	D	1740	TIGHT THERMAL	7.68	0.5
1	5	E	1740	TIGHT THERMAL	8.14	0.5
1	6	F	1740	TIGHT THERMAL	6.62	0.5
1	7	G	1740	TIGHT THERMAL	6.41	0.5
1	8	H	1740	TIGHT THERMAL	6.62	0.5
1	1	A	12	LOOSE THERMAL	5.17	10
1	2	B	12	LOOSE THERMAL	17.1	10
1	3	C	12	LOOSE THERMAL	19.87	10
1	4	D	12	LOOSE THERMAL	12.06	10
1	5	E	12	LOOSE THERMAL	20.09	10
1	6	F	12	LOOSE THERMAL	14.57	10
1	7	G	12	LOOSE THERMAL	11.97	10
1	8	H	12	LOOSE THERMAL	11.06	10
2	1	B	12	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
2	2	C	12	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
2	3	D	12	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
2	4	E	12	LOOSE POSITIONAL	0.03	5
2	5	F	12	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
2	6	G	12	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
2	7	H	12	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
2	1	B	1740	TIGHT THERMAL	13.43	0.5
2	2	C	1740	TIGHT THERMAL	7.67	0.5
2	3	D	1740	TIGHT THERMAL	8	0.5
2	4	E	1740	TIGHT THERMAL	8.68	0.5
2	5	F	1740	TIGHT THERMAL	6.27	0.5
2	6	G	1740	TIGHT THERMAL	6.42	0.5
2	7	H	1740	TIGHT THERMAL	6.86	0.5
2	1	B	12	LOOSE THERMAL	17.17	10
2	2	C	12	LOOSE THERMAL	19.5	10
2	3	D	12	LOOSE THERMAL	12.43	10
2	4	E	12	LOOSE THERMAL	20.23	10
2	5	F	12	LOOSE THERMAL	14.39	10
2	6	G	12	LOOSE THERMAL	11.45	10
2	7	H	12	LOOSE THERMAL	11.58	10
3	1	C	12	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
3	2	D	12	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
3	3	E	12	LOOSE POSITIONAL	0.03	5
3	4	F	12	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
3	5	G	12	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
3	6	H	12	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
3	1	C	1740	TIGHT THERMAL	8.46	0.5
3	2	D	1740	TIGHT THERMAL	6.56	0.5
3	3	E	1740	TIGHT THERMAL	7.14	0.5
3	4	F	1740	TIGHT THERMAL	7.72	0.5
3	5	G	1740	TIGHT THERMAL	5.69	0.5
3	6	H	1740	TIGHT THERMAL	6.16	0.5
3	1	C	12	LOOSE THERMAL	20.41	10
3	2	D	12	LOOSE THERMAL	13.2	10
3	3	E	12	LOOSE THERMAL	18.15	10
3	4	F	12	LOOSE THERMAL	13	10
3	5	G	12	LOOSE THERMAL	10.36	10
3	6	H	12	LOOSE THERMAL	13.04	10
4	1	D	12	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
4	2	E	12	LOOSE POSITIONAL	0.03	5
4	3	F	12	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
4	4	G	12	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
4	5	H	12	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
4	1	D	1740	TIGHT THERMAL	5.46	0.5
4	2	E	1740	TIGHT THERMAL	6.2	0.5
4	3	F	1740	TIGHT THERMAL	8.3	0.5
4	4	G	1740	TIGHT THERMAL	6.57	0.5
4	5	H	1740	TIGHT THERMAL	5.42	0.5
4	1	D	12	LOOSE THERMAL	13.33	10
4	2	E	12	LOOSE THERMAL	14.85	10
4	3	F	12	LOOSE THERMAL	11.93	10
4	4	G	12	LOOSE THERMAL	13.34	10
4	5	H	12	LOOSE THERMAL	12.18	10
5	1	E	12	LOOSE POSITIONAL	0.03	5
5	2	F	12	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
5	3	G	12	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
5	4	H	12	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
5	1	E	1740	TIGHT THERMAL	6.41	0.5
5	2	F	1740	TIGHT THERMAL	7.5	0.5
5	3	G	1740	TIGHT THERMAL	6.11	0.5
5	4	H	1740	TIGHT THERMAL	6.14	0.5
5	1	E	12	LOOSE THERMAL	13.19	10
5	2	F	12	LOOSE THERMAL	9.25	10
5	3	G	12	LOOSE THERMAL	12.67	10
5	4	H	12	LOOSE THERMAL	14.99	10
6	1	F	12	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
6	2	G	12	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
6	3	H	12	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
6	1	F	1740	TIGHT THERMAL	6.29	0.5
6	2	G	1740	TIGHT THERMAL	5.98	0.5
6	3	H	1740	TIGHT THERMAL	6.49	0.5
6	1	F	12	LOOSE THERMAL	10.25	10
6	2	G	12	LOOSE THERMAL	10.49	10
6	3	H	12	LOOSE THERMAL	14.07	10
7	1	G	12	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
7	1	G	1740	TIGHT THERMAL	5.39	0.5
7	1	G	12	LOOSE THERMAL	11.3	10

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	347	-
R_work	0.297	6489	-
all	-	6836	-
obs	-	-	96.79 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)