PDB-4i52: scMenB im complex with 1-hydroxy-2-naphthoyl-CoA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i52

タイトル

scMenB im complex with 1-hydroxy-2-naphthoyl-CoA

要素

Naphthoate synthase

キーワード

LYASE / crotonase / 1 / 4-dihydroxy-2-naphthoyl coenzyme A synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase activity / phylloquinone biosynthetic process / menaquinone biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Song, H.G. / Sun, Y.R. / Li, J. / Li, Y. / Jiang, M. / Zhou, J.H. / Guo, Z.H.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural basis of the induced-fit mechanism of 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl coenzyme a synthase from the crotonase fold superfamily
著者: Sun, Y. / Song, H. / Li, J. / Li, Y. / Jiang, M. / Zhou, J. / Guo, Z.

履歴

登録	2012年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb4i52.ent.gz	404 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	4i52_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/4i52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/4i52	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i42C 4i4zC 4emlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3h02-2 6dzs-2 2iex-d 3h02-3 3jbd-d 2dwp-1 6ha3-1 5165 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Naphthoate synthase

B: Naphthoate synthase

C: Naphthoate synthase

D: Naphthoate synthase

E: Naphthoate synthase

F: Naphthoate synthase

G: Naphthoate synthase

H: Naphthoate synthase

I: Naphthoate synthase

ヘテロ分子

282 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Naphthoate synthase

C: Naphthoate synthase

D: Naphthoate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.9 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Naphthoate synthase

E: Naphthoate synthase

F: Naphthoate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.9 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Naphthoate synthase

H: Naphthoate synthase

I: Naphthoate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.9 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	138.843, 138.843, 221.217
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-462- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	PRO	PRO	A	A	1 - 275	1 - 275
2	1	MET	MET	PRO	PRO	B	B	1 - 275	1 - 275
1	2	ASP	ASP	LEU	LEU	A	A	2 - 274	2 - 274
2	2	ASP	ASP	LEU	LEU	C	C	2 - 274	2 - 274
1	3	MET	MET	PRO	PRO	A	A	1 - 275	1 - 275
2	3	MET	MET	PRO	PRO	D	D	1 - 275	1 - 275
1	4	ASP	ASP	LEU	LEU	A	A	2 - 274	2 - 274
2	4	ASP	ASP	LEU	LEU	E	E	2 - 274	2 - 274
1	5	ASP	ASP	LEU	LEU	A	A	2 - 274	2 - 274
2	5	ASP	ASP	LEU	LEU	F	F	2 - 274	2 - 274
1	6	MET	MET	PRO	PRO	A	A	1 - 275	1 - 275
2	6	MET	MET	PRO	PRO	G	G	1 - 275	1 - 275
1	7	MET	MET	PRO	PRO	A	A	1 - 275	1 - 275
2	7	MET	MET	PRO	PRO	H	H	1 - 275	1 - 275
1	8	MET	MET	PRO	PRO	A	A	1 - 275	1 - 275
2	8	MET	MET	PRO	PRO	I	I	1 - 275	1 - 275
1	9	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	2 - 274	2 - 274
2	9	ASP	ASP	LEU	LEU	C	C	2 - 274	2 - 274
1	10	MET	MET	PRO	PRO	B	B	1 - 275	1 - 275
2	10	MET	MET	PRO	PRO	D	D	1 - 275	1 - 275
1	11	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	2 - 274	2 - 274
2	11	ASP	ASP	LEU	LEU	E	E	2 - 274	2 - 274
1	12	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	2 - 274	2 - 274
2	12	ASP	ASP	LEU	LEU	F	F	2 - 274	2 - 274
1	13	MET	MET	PRO	PRO	B	B	1 - 275	1 - 275
2	13	MET	MET	PRO	PRO	G	G	1 - 275	1 - 275
1	14	MET	MET	PRO	PRO	B	B	1 - 275	1 - 275
2	14	MET	MET	PRO	PRO	H	H	1 - 275	1 - 275
1	15	MET	MET	PRO	PRO	B	B	1 - 275	1 - 275
2	15	MET	MET	PRO	PRO	I	I	1 - 275	1 - 275
1	16	ASP	ASP	LEU	LEU	C	C	2 - 274	2 - 274
2	16	ASP	ASP	LEU	LEU	D	D	2 - 274	2 - 274
1	17	ASP	ASP	PRO	PRO	C	C	2 - 275	2 - 275
2	17	ASP	ASP	PRO	PRO	E	E	2 - 275	2 - 275
1	18	ASP	ASP	PRO	PRO	C	C	2 - 275	2 - 275
2	18	ASP	ASP	PRO	PRO	F	F	2 - 275	2 - 275
1	19	ASP	ASP	LEU	LEU	C	C	2 - 274	2 - 274
2	19	ASP	ASP	LEU	LEU	G	G	2 - 274	2 - 274
1	20	ASP	ASP	LEU	LEU	C	C	2 - 274	2 - 274
2	20	ASP	ASP	LEU	LEU	H	H	2 - 274	2 - 274
1	21	ASP	ASP	LEU	LEU	C	C	2 - 274	2 - 274
2	21	ASP	ASP	LEU	LEU	I	I	2 - 274	2 - 274
1	22	ASP	ASP	LEU	LEU	D	D	2 - 274	2 - 274
2	22	ASP	ASP	LEU	LEU	E	E	2 - 274	2 - 274
1	23	ASP	ASP	LEU	LEU	D	D	2 - 274	2 - 274
2	23	ASP	ASP	LEU	LEU	F	F	2 - 274	2 - 274
1	24	MET	MET	PRO	PRO	D	D	1 - 275	1 - 275
2	24	MET	MET	PRO	PRO	G	G	1 - 275	1 - 275
1	25	MET	MET	PRO	PRO	D	D	1 - 275	1 - 275
2	25	MET	MET	PRO	PRO	H	H	1 - 275	1 - 275
1	26	MET	MET	PRO	PRO	D	D	1 - 275	1 - 275
2	26	MET	MET	PRO	PRO	I	I	1 - 275	1 - 275
1	27	ASP	ASP	PRO	PRO	E	E	2 - 275	2 - 275
2	27	ASP	ASP	PRO	PRO	F	F	2 - 275	2 - 275
1	28	ASP	ASP	LEU	LEU	E	E	2 - 274	2 - 274
2	28	ASP	ASP	LEU	LEU	G	G	2 - 274	2 - 274
1	29	ASP	ASP	LEU	LEU	E	E	2 - 274	2 - 274
2	29	ASP	ASP	LEU	LEU	H	H	2 - 274	2 - 274
1	30	ASP	ASP	LEU	LEU	E	E	2 - 274	2 - 274
2	30	ASP	ASP	LEU	LEU	I	I	2 - 274	2 - 274
1	31	ASP	ASP	LEU	LEU	F	F	2 - 274	2 - 274
2	31	ASP	ASP	LEU	LEU	G	G	2 - 274	2 - 274
1	32	ASP	ASP	LEU	LEU	F	F	2 - 274	2 - 274
2	32	ASP	ASP	LEU	LEU	H	H	2 - 274	2 - 274
1	33	ASP	ASP	LEU	LEU	F	F	2 - 274	2 - 274
2	33	ASP	ASP	LEU	LEU	I	I	2 - 274	2 - 274
1	34	MET	MET	PRO	PRO	G	G	1 - 275	1 - 275
2	34	MET	MET	PRO	PRO	H	H	1 - 275	1 - 275
1	35	MET	MET	PRO	PRO	G	G	1 - 275	1 - 275
2	35	MET	MET	PRO	PRO	I	I	1 - 275	1 - 275
1	36	MET	MET	PRO	PRO	H	H	1 - 275	1 - 275
2	36	MET	MET	PRO	PRO	I	I	1 - 275	1 - 275

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Naphthoate synthase 分子量: 30343.508 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa 参照: UniProt: P73495, 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
#2: 化合物	ChemComp-1HA / 1-hydroxy-2-naphthoyl-CoA 分子量: 937.698 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₄₂N₇O₁₈P₃S
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 詳細: 0.15M ammonium acetate, 0.3M ammonium sulfate, 16% PEG3350, 100mM Bis-Tris buffer, 0.1M Proline(or 0.1M Taurine), pH 5.70, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月15日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→46.596 Å / Num. all: 97846 / Num. obs: 102666 / % possible obs: 99.73 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 2.35→46.596 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4EML

4eml

解像度: 2.35→46.596 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 8.258 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.582 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25556	5135	5 %	RANDOM
R_work	0.22884	-	-	-
obs	0.23016	97582	99.73 %	-
all	-	103005	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.148 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.94 Å²	0.94 Å²	0 Å²
2-	-	0.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→46.596 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18830	0	558	583	19971

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	19834
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	18413
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.297	1.992	26956
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.06	3	42207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.973	5	2463
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.008	23.684	855
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.157	15	3056
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.435	15	128
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	2837
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	22635
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	4626

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	15316	0.06
1	2	B	15316	0.06
2	1	A	15013	0.07
2	2	C	15013	0.07
3	1	A	15331	0.07
3	2	D	15331	0.07
4	1	A	15129	0.05
4	2	E	15129	0.05
5	1	A	15229	0.06
5	2	F	15229	0.06
6	1	A	15388	0.05
6	2	G	15388	0.05
7	1	A	15340	0.06
7	2	H	15340	0.06
8	1	A	15128	0.07
8	2	I	15128	0.07
9	1	B	15517	0.06
9	2	C	15517	0.06
10	1	B	15673	0.06
10	2	D	15673	0.06
11	1	B	15615	0.05
11	2	E	15615	0.05
12	1	B	15664	0.06
12	2	F	15664	0.06
13	1	B	15951	0.04
13	2	G	15951	0.04
14	1	B	15955	0.05
14	2	H	15955	0.05
15	1	B	15726	0.06
15	2	I	15726	0.06
16	1	C	15389	0.07
16	2	D	15389	0.07
17	1	C	15539	0.06
17	2	E	15539	0.06
18	1	C	15560	0.06
18	2	F	15560	0.06
19	1	C	15473	0.06
19	2	G	15473	0.06
20	1	C	15562	0.06
20	2	H	15562	0.06
21	1	C	15406	0.06
21	2	I	15406	0.06
22	1	D	15532	0.06
22	2	E	15532	0.06
23	1	D	15672	0.05
23	2	F	15672	0.05
24	1	D	15718	0.06
24	2	G	15718	0.06
25	1	D	15770	0.06
25	2	H	15770	0.06
26	1	D	15688	0.06
26	2	I	15688	0.06
27	1	E	15646	0.06
27	2	F	15646	0.06
28	1	E	15583	0.04
28	2	G	15583	0.04
29	1	E	15711	0.05
29	2	H	15711	0.05
30	1	E	15561	0.06
30	2	I	15561	0.06
31	1	F	15670	0.06
31	2	G	15670	0.06
32	1	F	15784	0.06
32	2	H	15784	0.06
33	1	F	15722	0.05
33	2	I	15722	0.05
34	1	G	15886	0.06
34	2	H	15886	0.06
35	1	G	15716	0.06
35	2	I	15716	0.06
36	1	H	15925	0.06
36	2	I	15925	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.412 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	346	-
R_work	0.269	7109	-
obs	-	97582	99.67 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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