PDB-4i4z: Synechocystis sp. PCC 6803 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-coenzyme A s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i4z

タイトル

Synechocystis sp. PCC 6803 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-coenzyme A synthase (MenB) in complex with salicylyl-CoA

要素

Naphthoate synthase

キーワード

LYASE / crotonase / 1 / 4-dihydroxy-2-naphthoyl coenzyme A synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase activity / phylloquinone biosynthetic process / menaquinone biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Song, H.G. / Sun, Y.R. / Li, J. / Li, Y. / Jiang, M. / Zhou, J.H. / Guo, Z.H.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural basis of the induced-fit mechanism of 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl coenzyme a synthase from the crotonase fold superfamily
著者: Sun, Y. / Song, H. / Li, J. / Li, Y. / Jiang, M. / Zhou, J. / Guo, Z.

履歴

登録	2012年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4i4z.ent.gz	806.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i4z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	4i4z_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4i4z_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/4i4z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/4i4z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i42C 4i52C 4emlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ojm-1 4jcs-1 5z7r-1 6ojm-2 2ppy-d 2hw5-d 5zai-d 4izc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Naphthoate synthase

B: Naphthoate synthase

C: Naphthoate synthase

D: Naphthoate synthase

E: Naphthoate synthase

F: Naphthoate synthase

G: Naphthoate synthase

H: Naphthoate synthase

I: Naphthoate synthase

ヘテロ分子

282 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Naphthoate synthase

B: Naphthoate synthase

C: Naphthoate synthase

D: Naphthoate synthase

E: Naphthoate synthase

F: Naphthoate synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
188 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Naphthoate synthase

H: Naphthoate synthase

I: Naphthoate synthase

ヘテロ分子

G: Naphthoate synthase

H: Naphthoate synthase

I: Naphthoate synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
188 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	139.210, 139.210, 220.981
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	I-402- HOH
2	1	I-446- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	LEU	LEU	A	A	2 - 274	2 - 274
2	1	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	2 - 274	2 - 274
1	2	MET	MET	PRO	PRO	A	A	1 - 275	1 - 275
2	2	MET	MET	PRO	PRO	C	C	1 - 275	1 - 275
1	3	MET	MET	PRO	PRO	A	A	1 - 275	1 - 275
2	3	MET	MET	PRO	PRO	D	D	1 - 275	1 - 275
1	4	MET	MET	PRO	PRO	A	A	1 - 275	1 - 275
2	4	MET	MET	PRO	PRO	E	E	1 - 275	1 - 275
1	5	MET	MET	PRO	PRO	A	A	1 - 275	1 - 275
2	5	MET	MET	PRO	PRO	F	F	1 - 275	1 - 275
1	6	MET	MET	PRO	PRO	A	A	1 - 275	1 - 275
2	6	MET	MET	PRO	PRO	G	G	1 - 275	1 - 275
1	7	MET	MET	PRO	PRO	A	A	1 - 275	1 - 275
2	7	MET	MET	PRO	PRO	H	H	1 - 275	1 - 275
1	8	MET	MET	PRO	PRO	A	A	1 - 275	1 - 275
2	8	MET	MET	PRO	PRO	I	I	1 - 275	1 - 275
1	9	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	2 - 274	2 - 274
2	9	ASP	ASP	LEU	LEU	C	C	2 - 274	2 - 274
1	10	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	2 - 274	2 - 274
2	10	ASP	ASP	LEU	LEU	D	D	2 - 274	2 - 274
1	11	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	2 - 274	2 - 274
2	11	ASP	ASP	LEU	LEU	E	E	2 - 274	2 - 274
1	12	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	2 - 274	2 - 274
2	12	ASP	ASP	LEU	LEU	F	F	2 - 274	2 - 274
1	13	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	2 - 274	2 - 274
2	13	ASP	ASP	LEU	LEU	G	G	2 - 274	2 - 274
1	14	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	2 - 274	2 - 274
2	14	ASP	ASP	LEU	LEU	H	H	2 - 274	2 - 274
1	15	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	2 - 274	2 - 274
2	15	ASP	ASP	LEU	LEU	I	I	2 - 274	2 - 274
1	16	MET	MET	PRO	PRO	C	C	1 - 275	1 - 275
2	16	MET	MET	PRO	PRO	D	D	1 - 275	1 - 275
1	17	MET	MET	PRO	PRO	C	C	1 - 275	1 - 275
2	17	MET	MET	PRO	PRO	E	E	1 - 275	1 - 275
1	18	MET	MET	PRO	PRO	C	C	1 - 275	1 - 275
2	18	MET	MET	PRO	PRO	F	F	1 - 275	1 - 275
1	19	MET	MET	PRO	PRO	C	C	1 - 275	1 - 275
2	19	MET	MET	PRO	PRO	G	G	1 - 275	1 - 275
1	20	MET	MET	PRO	PRO	C	C	1 - 275	1 - 275
2	20	MET	MET	PRO	PRO	H	H	1 - 275	1 - 275
1	21	MET	MET	PRO	PRO	C	C	1 - 275	1 - 275
2	21	MET	MET	PRO	PRO	I	I	1 - 275	1 - 275
1	22	MET	MET	PRO	PRO	D	D	1 - 275	1 - 275
2	22	MET	MET	PRO	PRO	E	E	1 - 275	1 - 275
1	23	MET	MET	PRO	PRO	D	D	1 - 275	1 - 275
2	23	MET	MET	PRO	PRO	F	F	1 - 275	1 - 275
1	24	MET	MET	PRO	PRO	D	D	1 - 275	1 - 275
2	24	MET	MET	PRO	PRO	G	G	1 - 275	1 - 275
1	25	MET	MET	PRO	PRO	D	D	1 - 275	1 - 275
2	25	MET	MET	PRO	PRO	H	H	1 - 275	1 - 275
1	26	MET	MET	PRO	PRO	D	D	1 - 275	1 - 275
2	26	MET	MET	PRO	PRO	I	I	1 - 275	1 - 275
1	27	MET	MET	PRO	PRO	E	E	1 - 275	1 - 275
2	27	MET	MET	PRO	PRO	F	F	1 - 275	1 - 275
1	28	MET	MET	PRO	PRO	E	E	1 - 275	1 - 275
2	28	MET	MET	PRO	PRO	G	G	1 - 275	1 - 275
1	29	MET	MET	PRO	PRO	E	E	1 - 275	1 - 275
2	29	MET	MET	PRO	PRO	H	H	1 - 275	1 - 275
1	30	MET	MET	PRO	PRO	E	E	1 - 275	1 - 275
2	30	MET	MET	PRO	PRO	I	I	1 - 275	1 - 275
1	31	MET	MET	PRO	PRO	F	F	1 - 275	1 - 275
2	31	MET	MET	PRO	PRO	G	G	1 - 275	1 - 275
1	32	MET	MET	PRO	PRO	F	F	1 - 275	1 - 275
2	32	MET	MET	PRO	PRO	H	H	1 - 275	1 - 275
1	33	MET	MET	PRO	PRO	F	F	1 - 275	1 - 275
2	33	MET	MET	PRO	PRO	I	I	1 - 275	1 - 275
1	34	MET	MET	PRO	PRO	G	G	1 - 275	1 - 275
2	34	MET	MET	PRO	PRO	H	H	1 - 275	1 - 275
1	35	MET	MET	PRO	PRO	G	G	1 - 275	1 - 275
2	35	MET	MET	PRO	PRO	I	I	1 - 275	1 - 275
1	36	MET	MET	PRO	PRO	H	H	1 - 275	1 - 275
2	36	MET	MET	PRO	PRO	I	I	1 - 275	1 - 275

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Naphthoate synthase 分子量: 30343.508 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: menB, sll1127 / プラスミド: PET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P73495, 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
#2: 化合物	ChemComp-2NE / Salicylyl CoA 分子量: 887.640 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₄₀N₇O₁₈P₃S
#3: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン分子量: 61.017 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 883 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.15M ammonium acetate, 4% Tasmate, 0.1M Bis-tris, 15% PEG3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月15日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→44.67 Å / Num. all: 159143 / Num. obs: 158586 / % possible obs: 99.65 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4EML

4eml

解像度: 2→44.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 4.522 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22087	8387	5 %	RANDOM
R_work	0.19847	-	-	-
obs	0.19959	158586	99.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.601 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9 Å²	0.9 Å²	-0 Å²
2-	-	0.9 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→44.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19113	0	563	883	20559

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	20133
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	18778
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.423	1.987	27315
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.087	3	43089
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.29	5	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.539	23.7	908
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.737	15	3177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.603	15	136
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	2863
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	22971
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	4744

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	16353	0.05
1	2	B	16353	0.05
2	1	A	16582	0.05
2	2	C	16582	0.05
3	1	A	16279	0.06
3	2	D	16279	0.06
4	1	A	16477	0.04
4	2	E	16477	0.04
5	1	A	16300	0.06
5	2	F	16300	0.06
6	1	A	16371	0.05
6	2	G	16371	0.05
7	1	A	16143	0.05
7	2	H	16143	0.05
8	1	A	16370	0.06
8	2	I	16370	0.06
9	1	B	16366	0.05
9	2	C	16366	0.05
10	1	B	16114	0.06
10	2	D	16114	0.06
11	1	B	16280	0.04
11	2	E	16280	0.04
12	1	B	16143	0.05
12	2	F	16143	0.05
13	1	B	16210	0.04
13	2	G	16210	0.04
14	1	B	15978	0.05
14	2	H	15978	0.05
15	1	B	16214	0.05
15	2	I	16214	0.05
16	1	C	16305	0.06
16	2	D	16305	0.06
17	1	C	16504	0.04
17	2	E	16504	0.04
18	1	C	16367	0.06
18	2	F	16367	0.06
19	1	C	16411	0.04
19	2	G	16411	0.04
20	1	C	16126	0.06
20	2	H	16126	0.06
21	1	C	16414	0.06
21	2	I	16414	0.06
22	1	D	16299	0.06
22	2	E	16299	0.06
23	1	D	16334	0.04
23	2	F	16334	0.04
24	1	D	16189	0.06
24	2	G	16189	0.06
25	1	D	16079	0.06
25	2	H	16079	0.06
26	1	D	16342	0.05
26	2	I	16342	0.05
27	1	E	16289	0.06
27	2	F	16289	0.06
28	1	E	16348	0.04
28	2	G	16348	0.04
29	1	E	16100	0.05
29	2	H	16100	0.05
30	1	E	16389	0.06
30	2	I	16389	0.06
31	1	F	16153	0.05
31	2	G	16153	0.05
32	1	F	16000	0.06
32	2	H	16000	0.06
33	1	F	16365	0.04
33	2	I	16365	0.04
34	1	G	16011	0.05
34	2	H	16011	0.05
35	1	G	16211	0.06
35	2	I	16211	0.06
36	1	H	16101	0.06
36	2	I	16101	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	586	-
R_work	0.261	11575	-
obs	-	-	99.05 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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