PDB-4i4i: Crystal Structure of Bacillus stearothermophilus Phosphofructokin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i4i

タイトル

Crystal Structure of Bacillus stearothermophilus Phosphofructokinase mutant T156A bound to PEP

要素

6-phosphofructokinase

キーワード

TRANSFERASE / phosphofructokinase

機能・相同性

機能・相同性情報

6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / monosaccharide binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / AMP binding / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4948 Å

データ登録者

Mosser, R. / Reddy, M. / Bruning, J.B. / Sacchettini, J.C. / Reinhart, G.D.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Redefining the Role of the Quaternary Shift in Bacillus stearothermophilus Phosphofructokinase.
著者: Mosser, R. / Reddy, M.C. / Bruning, J.B. / Sacchettini, J.C. / Reinhart, G.D.

履歴

登録	2012年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月28日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i4i.cif.gz	251 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i4i.ent.gz	201.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i4i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4i4i_validation.pdf.gz	462.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4i4i_full_validation.pdf.gz	477.7 KB	表示
XML形式データ	4i4i_validation.xml.gz	48.7 KB	表示
CIF形式データ	4i4i_validation.cif.gz	66.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/4i4i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/4i4i	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4i36C 4i7eC 3u39S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4i7e-d 3u39-d 4i36-d 4pfk-1 1mto-1 6pfk-d 3pfk-1 4q0c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (11)

登録構造単位

A: 6-phosphofructokinase

B: 6-phosphofructokinase

C: 6-phosphofructokinase

D: 6-phosphofructokinase

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.405, 111.575, 129.448
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase / Phosphohexokinase 分子量: 34137.828 Da / 分子数: 4 / 変異: T156A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: pfk, pfkA / プラスミド: pBR322/BsPFK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rl257 / 参照: UniProt: P00512, 6-phosphofructokinase
#2: 化合物	ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸分子量: 168.042 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅O₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.16 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES sodium pH 7.5 and 1.4 M Sodium citrate tribasic dehydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月26日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97924 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.74 % / 数: 428537 / R_merge(I) obs: 0.073 / Χ²: 0.95 / D res high: 2.3 Å / D res low: 38.89 Å / Num. obs: 63136 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy	Rejects
4.95	38.89	99.7	0.031	0.61	6.55	556
3.93	4.95	100	0.035	0.63	6.84	127
3.44	3.93	99.9	0.062	0.82	6.67	706
3.12	3.44	100	0.099	0.87	6.77	467
2.9	3.12	100	0.137	0.89	6.84	141
2.73	2.9	100	0.178	0.98	6.82	159
2.59	2.73	100	0.333	1.23	6.62	806
2.48	2.59	100	0.311	1.1	6.79	81
2.38	2.48	100	0.394	1.16	6.75	79
2.3	2.38	100	0.444	1.25	6.73	93

反射

解像度: 2.494→48.286 Å / Num. obs: 48881 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.74 % / B_iso Wilson estimate: 44.606 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 12.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.38	6.73	0.444	3.1	1	100
2.38-2.48	6.75	0.394	3.4	1	100
2.48-2.59	6.79	0.311	4.2	1	100
2.59-2.73	6.62	0.333	5.5	1	100
2.73-2.9	6.82	0.178	6.9	1	100
2.9-3.12	6.84	0.137	8.4	1	100
3.12-3.44	6.77	0.099	12	1	100
3.44-3.93	6.67	0.062	19.3	1	99.9
3.93-4.95	6.84	0.035	29.3	1	100
4.95-38.89	6.55	0.031	29.2	1	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK		データスケーリング
d*TREK	9.9L	データ削減
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3U39

3u39

解像度: 2.4948→45.1724 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: mlhl

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2378	2431	4.97 %	random
R_work	0.166	-	-	-
all	0.2	-	-	-
obs	0.2	48865	99.15 %	-

溶媒の処理

B_sol: 43.149 Å² / k_sol: 0.323 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 177.79 Å² / B_iso mean: 49.0435 Å² / B_iso min: 11.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.226 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.083 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.143 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4948→45.1724 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9362	0	40	312	9714

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.558
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.83
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used	% reflection obs (%)
2.3-2.3064	0.2513	475	X-RAY DIFFRACTION	120	94
2.3064-2.3129	0.2285	524	X-RAY DIFFRACTION	120	94
2.3129-2.3195	0.245	452	X-RAY DIFFRACTION	120	94
2.3195-2.3262	0.2432	508	X-RAY DIFFRACTION	120	94
2.3262-2.3329	0.232	461	X-RAY DIFFRACTION	120	94
2.3329-2.3397	0.2308	529	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.3397-2.3466	0.2372	501	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.3466-2.3535	0.2366	461	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.3535-2.3606	0.2441	502	X-RAY DIFFRACTION	120	93
2.3606-2.3677	0.2363	480	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.3677-2.3749	0.2247	481	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.3749-2.3822	0.2418	497	X-RAY DIFFRACTION	120	96
2.3822-2.3896	0.2493	507	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.3896-2.3971	0.2246	511	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.3971-2.4047	0.2267	484	X-RAY DIFFRACTION	120	96
2.4047-2.4124	0.2359	505	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.4124-2.4201	0.222	470	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.4201-2.428	0.2286	516	X-RAY DIFFRACTION	120	94
2.428-2.436	0.2316	457	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.436-2.4441	0.2301	517	X-RAY DIFFRACTION	120	96
2.4441-2.4523	0.2299	500	X-RAY DIFFRACTION	120	93
2.4523-2.4606	0.2496	494	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.4606-2.469	0.2434	472	X-RAY DIFFRACTION	120	94
2.469-2.4776	0.2375	504	X-RAY DIFFRACTION	120	96
2.4776-2.4862	0.2393	500	X-RAY DIFFRACTION	120	97
2.4862-2.495	0.2392	509	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.495-2.5039	0.2478	492	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.5039-2.513	0.2274	487	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.513-2.5221	0.2266	512	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.5221-2.5314	0.2338	480	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.5314-2.5409	0.2288	484	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.5409-2.5505	0.2295	518	X-RAY DIFFRACTION	120	94
2.5505-2.5602	0.218	483	X-RAY DIFFRACTION	120	94
2.5602-2.5701	0.2238	471	X-RAY DIFFRACTION	120	94
2.5701-2.5801	0.2236	496	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.5801-2.5903	0.2131	503	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.5903-2.6007	0.2136	521	X-RAY DIFFRACTION	120	96
2.6007-2.6112	0.2124	465	X-RAY DIFFRACTION	120	96
2.6112-2.6219	0.2073	505	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.6219-2.6328	0.2143	494	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.6328-2.6438	0.2167	511	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.6438-2.6551	0.2131	477	X-RAY DIFFRACTION	120	94
2.6551-2.6665	0.2295	504	X-RAY DIFFRACTION	120	97
2.6665-2.6782	0.2187	484	X-RAY DIFFRACTION	120	93
2.6782-2.69	0.2395	517	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.69-2.7021	0.2465	471	X-RAY DIFFRACTION	120	96
2.7021-2.7144	0.2002	500	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.7144-2.7269	0.2312	493	X-RAY DIFFRACTION	120	96
2.7269-2.7396	0.2241	515	X-RAY DIFFRACTION	120	94
2.7396-2.7526	0.2315	491	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.7526-2.7658	0.2206	501	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.7658-2.7793	0.2031	471	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.7793-2.793	0.236	510	X-RAY DIFFRACTION	120	96
2.793-2.8071	0.2347	493	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.8071-2.8214	0.2191	528	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.8214-2.836	0.2262	470	X-RAY DIFFRACTION	120	94
2.836-2.8509	0.2273	494	X-RAY DIFFRACTION	120	94
2.8509-2.8662	0.2291	482	X-RAY DIFFRACTION	120	94
2.8662-2.8817	0.2255	508	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.8817-2.8976	0.2341	505	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.8976-2.9139	0.2354	476	X-RAY DIFFRACTION	120	94
2.9139-2.9306	0.2244	508	X-RAY DIFFRACTION	120	96
2.9306-2.9476	0.2437	508	X-RAY DIFFRACTION	120	95
2.9476-2.965	0.2175	509	X-RAY DIFFRACTION	120	96
2.965-2.9829	0.2413	482	X-RAY DIFFRACTION	120	96
2.9829-3.0012	0.2162	496	X-RAY DIFFRACTION	120	93
3.0012-3.0199	0.2181	510	X-RAY DIFFRACTION	120	95
3.0199-3.0392	0.2355	482	X-RAY DIFFRACTION	120	96
3.0392-3.0589	0.2066	486	X-RAY DIFFRACTION	120	96
3.0589-3.0791	0.2303	524	X-RAY DIFFRACTION	120	95
3.0791-3.0999	0.2205	488	X-RAY DIFFRACTION	120	94
3.0999-3.1213	0.194	488	X-RAY DIFFRACTION	120	95
3.1213-3.1433	0.1926	505	X-RAY DIFFRACTION	120	96
3.1433-3.1659	0.203	501	X-RAY DIFFRACTION	120	95
3.1659-3.1891	0.2162	481	X-RAY DIFFRACTION	120	93
3.1891-3.2131	0.1942	514	X-RAY DIFFRACTION	120	94
3.2131-3.2378	0.2108	485	X-RAY DIFFRACTION	120	94
3.2378-3.2633	0.2092	496	X-RAY DIFFRACTION	120	94
3.2633-3.2896	0.2058	511	X-RAY DIFFRACTION	120	94
3.2896-3.3168	0.2028	480	X-RAY DIFFRACTION	120	93
3.3168-3.3448	0.198	493	X-RAY DIFFRACTION	120	96
3.3448-3.3739	0.1846	495	X-RAY DIFFRACTION	120	93
3.3739-3.404	0.196	491	X-RAY DIFFRACTION	120	96
3.404-3.4352	0.2136	530	X-RAY DIFFRACTION	120	95
3.4352-3.4676	0.1957	466	X-RAY DIFFRACTION	120	94
3.4676-3.5013	0.1911	527	X-RAY DIFFRACTION	120	96
3.5013-3.5362	0.1819	478	X-RAY DIFFRACTION	120	94
3.5362-3.5727	0.1874	501	X-RAY DIFFRACTION	120	95
3.5727-3.6107	0.1931	489	X-RAY DIFFRACTION	120	94
3.6107-3.6503	0.1773	523	X-RAY DIFFRACTION	120	95
3.6503-3.6918	0.1673	506	X-RAY DIFFRACTION	120	95
3.6918-3.7352	0.1698	499	X-RAY DIFFRACTION	120	95
3.7352-3.7807	0.1774	491	X-RAY DIFFRACTION	120	97
3.7807-3.8285	0.1647	518	X-RAY DIFFRACTION	120	95
3.8285-3.8788	0.1607	496	X-RAY DIFFRACTION	120	95
3.8788-3.9319	0.1649	523	X-RAY DIFFRACTION	120	97
3.9319-3.988	0.1591	501	X-RAY DIFFRACTION	120	96
3.988-4.0475	0.1623	504	X-RAY DIFFRACTION	120	95
4.0475-4.1107	0.1553	488	X-RAY DIFFRACTION	120	93
4.1107-4.178	0.1599	510	X-RAY DIFFRACTION	120	94
4.178-4.2499	0.1601	491	X-RAY DIFFRACTION	120	94
4.2499-4.3271	0.1399	512	X-RAY DIFFRACTION	120	95
4.3271-4.4102	0.1489	512	X-RAY DIFFRACTION	120	96
4.4102-4.5001	0.143	495	X-RAY DIFFRACTION	120	94
4.5001-4.5978	0.1467	508	X-RAY DIFFRACTION	120	95
4.5978-4.7046	0.1425	499	X-RAY DIFFRACTION	120	94
4.7046-4.8221	0.1356	514	X-RAY DIFFRACTION	120	94
4.8221-4.9522	0.149	507	X-RAY DIFFRACTION	120	95
4.9522-5.0976	0.1441	504	X-RAY DIFFRACTION	120	94
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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