PDB-4i34: Crystal Structure of W-W-W ClpX Hexamer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i34

タイトル

Crystal Structure of W-W-W ClpX Hexamer

要素

ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

キーワード

MOTOR PROTEIN / ATPase / hexamer / asymmetric

機能・相同性

機能・相同性情報

protein denaturation / HslUV protease complex / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein unfolding / proteolysis involved in protein catabolic process / ATP-dependent protein folding chaperone / disordered domain specific binding / unfolded protein binding / protease binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.1218 Å

データ登録者

Glynn, S.E. / Nager, A.R. / Stinson, B.S. / Schmitz, K.R. / Baker, T.A. / Sauer, R.T.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: Nucleotide Binding and Conformational Switching in the Hexameric Ring of a AAA+ Machine.
著者: Stinson, B.M. / Nager, A.R. / Glynn, S.E. / Schmitz, K.R. / Baker, T.A. / Sauer, R.T.

履歴

登録	2012年11月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月22日	Group: Refinement description
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i34.cif.gz	713.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i34.ent.gz	602.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i34.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4i34_validation.pdf.gz	501 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4i34_full_validation.pdf.gz	544.6 KB	表示
XML形式データ	4i34_validation.xml.gz	66 KB	表示
CIF形式データ	4i34_validation.cif.gz	86.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/4i34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/4i34	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i4lC 4i5oC 4i63C 4i81C 4i9kC 3hwsS 3hte S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hte-d 4i81-d 4i4l-d 4i63-d 4i5o-d 3hws-d 20419 4zkh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

B: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

C: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

D: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

E: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

F: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

ヘテロ分子

237 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.341, 199.606, 203.441
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX 分子量: 39435.793 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0438, clpX, JW0428, lopC / プラスミド: pACYC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR (DE3) / 参照: UniProt: P0A6H1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.86 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.8 詳細: 75 mM sodium acetate, 1.9 M ammonium sulfate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 4.1218→50 Å / Num. all: 18530 / Num. obs: 18530 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 11.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
4.1218-4.3	4.3	0.294	1	84.1
4.3-4.47	4.9	0.258	1	92.6
4.47-4.67	5.5	0.207	1	97.8
4.67-4.92	5.8	0.185	1	99.2
4.92-5.23	6.2	0.16	1	99.9
5.23-5.63	6.3	0.148	1	99.9
5.63-6.2	6.3	0.118	1	99.9
6.2-7.09	6.2	0.085	1	100
7.09-8.93	6	0.056	1	99.8
8.93-50	5.6	0.034	1	98.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.5_2	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HWS

3hws

解像度: 4.1218→38.337 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3077	945	5.12 %
R_work	0.2744	-	-
obs	0.2761	18471	96.55 %
all	-	18471	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 156.776 Å² / k_sol: 0.328 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	44.344 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-53.3418 Å²	-0 Å²
3-	-	-	8.9978 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.1218→38.337 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13785	0	30	0	13815

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	13958
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.499	18911
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.564	5068
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	2309
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	2430

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
4.1218-4.3389	0.3572	108	0.3446	2084	X-RAY DIFFRACTION	82
4.3389-4.6103	0.335	141	0.3162	2406	X-RAY DIFFRACTION	96
4.6103-4.9656	0.3035	152	0.2978	2522	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9656-5.464	0.3317	152	0.3131	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
5.464-6.2517	0.3785	142	0.3317	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2517-7.8653	0.3339	110	0.2728	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8653-38.3391	0.2413	140	0.2159	2741	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2845	-0.61	1.1112	4.423	0.0731	4.7897	0.2996	0.1935	0.4095	-0.4703	-0.0305	0.2157	0.3657	-0.1812	-0.2094	1.6847	-0.0356	-0.1439	1.8804	0.0956	1.6925	19.6097	-68.4648	-16.7407
2	2.0213	-1.17	-2.7726	5.1468	1.0819	6.5748	-0.1123	0.3399	-0.2241	0.0362	0.1439	-0.4015	0.1623	-0.0422	-0.0439	1.6544	-0.0144	-0.2565	1.9369	-0.1713	1.8534	6.3986	-51.947	-41.2371
3	5.6699	-2.2079	-1.3846	0.8787	0.1331	4.0006	0.0581	0.0231	0.2304	-0.5244	-0.1033	0.2902	0.0349	0.0599	-0.02	2.2051	0.0718	-0.4575	1.6973	-0.0792	2.0952	-5.5603	-67.6632	-65.7476
4	2.3996	-0.5358	0.2328	-0.2362	-0.152	3.8442	0.0203	-0.2888	-0.2128	0.312	-0.3241	0.2517	-0.4807	0.1628	0.1633	2.6382	-0.1	-0.1296	2.4126	0.1623	2.7156	-5.3565	-102.8252	-48.1625
5	4.8546	1.3159	4.0269	3.5182	5.3116	9.4265	0.9258	1.1255	-0.598	-0.1249	0.2567	-0.3232	-0.7086	0.4231	-0.6674	2.6256	-0.181	-0.254	2.7977	-0.2521	2.4935	-4.7762	-117.2447	-19.0452
6	5.8546	1.3009	-2.6139	6.5695	-0.7774	4.5779	0.024	0.3011	-0.2192	-0.3005	-0.4055	0.19	0.7915	-0.52	0.2056	2.1874	-0.2755	0.0652	2.2163	0.0096	2.1559	12.8428	-101.9512	2.6497
7	0.116	-1.3506	0.6873	3.7289	0.5233	6.3313	0.3913	-0.5432	0.4259	-0.5644	0.067	-0.3979	0.2747	0.0501	-0.2453	1.8365	-0.1515	0.1756	2.0188	-0.1044	1.9266	10.564	-35.9431	-25.1692
8	4.7114	-3.2627	2.1114	2.9767	1.0188	3.7603	0.4167	-0.283	-0.4197	-0.2316	-0.2535	-0.856	-0.2273	-0.2179	0.1076	1.9631	-0.006	-0.0989	1.8385	-0.0342	2.1165	-18.8341	-48.7305	-63.7674
9	3.0243	1.8565	0.9139	2.7491	0.9175	3.0625	0.2785	0.1226	0.7301	-0.6771	-0.5959	1.3784	-0.3018	0.1086	0.4487	2.093	0.0915	-0.2155	2.099	-0.2362	2.5845	-9.391	-100.2806	-70.2691
10	1.7101	-0.191	1.6826	1.5432	-0.9998	3.1872	1.3969	0.191	-0.9099	-0.3141	-0.0513	0.7909	-0.2747	1.1297	-0.8074	2.6149	0.3431	-0.6352	2.7343	-0.3977	2.5521	-20.5782	-128.8043	-31.0894
11	1.9474	-0.4439	-1.4942	0.0611	0.237	3.3103	-0.27	-0.1882	-0.9697	0.8505	0.0282	0.1687	-0.0426	0.0087	0.3697	2.8488	-0.4377	0.306	2.3319	0.0083	2.6345	-4.3803	-112.8907	14.4142
12	3.8968	2.3702	2.0313	4.2302	1.6271	3.7843	0.0256	0.7245	0.6848	0.3306	0.2828	-0.0554	0.5609	0.2089	-0.3749	1.5378	0.1173	0.0754	1.6831	0.0828	1.5226	28.1901	-72.6436	4.6212

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 63:318 or resid 501)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B and (resid 64:318 or resid 501)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C and (resid 63:318 or resid 501)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D and (resid 63:318 or resid 501)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E and (resid 64:318 or resid 501)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F and (resid 63:318 or resid 501)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and resid 319:413
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and resid 319:413
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain C and resid 319:413
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain D and resid 319:413
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain E and resid 319:413
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain F and resid 319:413

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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