ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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SBC-Collect | | データ収集 | SHELXD | | 位相決定 | MLPHARE | | 位相決定 | 直接法 | | モデル構築 | ARP | | モデル構築 | WARP | | モデル構築 | HKL-3000 | | 位相決定 | PHENIX | (phenix.refine: 1.7.1_743)精密化 | HKL-3000 | | データ削減 | HKL-3000 | | データスケーリング | 直接法 | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.148→33.262 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.71 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2087 | 1335 | 5.05 % | random |
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Rwork | 0.1624 | - | - | - |
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all | 0.1648 | 26457 | - | - |
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obs | 0.1648 | 26457 | 99.56 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.849 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | | Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -7.7538 Å2 | -0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -7.7538 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | 15.5075 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.148→33.262 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3027 | 0 | 38 | 191 | 3256 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.007 | 3145 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.04 | 4269 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.685 | 1134 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.066 | 460 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 558 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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2.1482-2.225 | 0.2325 | 116 | 0.1889 | 2403 | X-RAY DIFFRACTION | 97 | 2.225-2.3141 | 0.2747 | 138 | 0.1881 | 2457 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.3141-2.4194 | 0.2363 | 118 | 0.1714 | 2473 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.4194-2.5469 | 0.2105 | 128 | 0.1744 | 2519 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.5469-2.7064 | 0.2369 | 135 | 0.1807 | 2475 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.7064-2.9152 | 0.3006 | 144 | 0.1933 | 2499 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.9152-3.2084 | 0.2613 | 146 | 0.1936 | 2487 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.2084-3.6721 | 0.2131 | 146 | 0.1622 | 2508 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.6721-4.6245 | 0.1459 | 131 | 0.1263 | 2566 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 4.6245-33.2662 | 0.1749 | 133 | 0.1522 | 2735 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 1.6819 | 0.3821 | 1.326 | 5.9088 | 6.1366 | 6.8951 | 0.1554 | 0.2361 | -0.2985 | 0.6337 | 0.467 | -0.5294 | 0.8212 | 0.8157 | -0.6489 | 0.3062 | 0.0565 | -0.0747 | 0.3663 | -0.0602 | 0.4822 | 27.0171 | -7.5907 | 51.1158 | 2 | 3.7415 | 0.6833 | 2.2674 | 2.3844 | 0.4165 | 2.5176 | 0.0769 | 0.5173 | -0.1786 | -0.1819 | 0.0738 | -0.4061 | 0.0694 | 0.5207 | -0.2201 | 0.3052 | -0.0127 | 0.0427 | 0.3783 | -0.0949 | 0.2966 | 17.5161 | -5.7175 | 29.5548 | 3 | 1.6274 | 0.5339 | 0.759 | 2.163 | 0.4961 | 0.9129 | 0.0715 | -0.0123 | -0.0898 | 0.1344 | -0.0234 | -0.0845 | 0.0336 | 0.0341 | -0.0318 | 0.1846 | 0.0087 | -0.0201 | 0.266 | -0.0578 | 0.2309 | 23.0125 | 10.4304 | 56.5378 | 4 | 2.8158 | -0.2511 | 1.2648 | 1.8846 | -0.544 | 3.1736 | -0.0207 | -0.056 | 0.1612 | -0.0985 | 0.1012 | 0.1126 | -0.1648 | -0.1096 | -0.0253 | 0.214 | -0.0099 | 0.0213 | 0.1913 | -0.0252 | 0.3008 | 6.0107 | 20.9202 | 50.257 | 5 | 1.22 | -0.0295 | 0.1125 | 0.924 | -0.0954 | 0.1711 | 0.0266 | 0.0547 | -0.036 | -0.0495 | 0.0489 | -0.0808 | 0.0263 | 0.0397 | -0.0843 | 0.2646 | -0.0055 | -0.0349 | 0.2809 | -0.0567 | 0.2251 | 10.2374 | 6.1107 | 44.3114 | 6 | 3.6493 | -0.6412 | 0.1575 | 2.0816 | 0.3642 | 1.3731 | 0.0659 | 0.0428 | 0.4137 | -0.0844 | -0.0463 | -0.1229 | -0.2477 | 0.0764 | -0.0308 | 0.2733 | -0.0473 | 0.0128 | 0.2559 | -0.0311 | 0.3319 | 15.6199 | 26.1218 | 47.9677 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resseq 0:21)2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resseq 22:51)3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resseq 52:162)4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain 'A' and (resseq 163:230)5 | X-RAY DIFFRACTION | 5 | chain 'A' and (resseq 231:339)6 | X-RAY DIFFRACTION | 6 | chain 'A' and (resseq 340:385) | | | | | |
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