PDB-4i19: The crystal structure of an epoxide hydrolase from Streptomyces c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i19

タイトル

The crystal structure of an epoxide hydrolase from Streptomyces carzinostaticus subsp. neocarzinostaticus.

要素

Epoxide hydrolase

キーワード

HYDROLASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesi / NatPro / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

ether hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces carzinostaticus subsp. neocarzinostaticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.148 Å

データ登録者

Tan, K. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of an epoxide hydrolase from Streptomyces carzinostaticus subsp. neocarzinostaticus.
著者: Tan, K. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月30日	Group: Structure summary

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i19.cif.gz	165.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i19.ent.gz	138 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i19.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4i19_validation.pdf.gz	448.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4i19_full_validation.pdf.gz	450.2 KB	表示
XML形式データ	4i19_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	4i19_validation.cif.gz	25.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/4i19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/4i19	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5x2a-2 2isd-2 6ury-d 1djw-2 1qo7-d 1djz-2 4qa9-1 1djx-2 6p8q-1 1dji-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC109144

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Epoxide hydrolase

ヘテロ分子

44.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Epoxide hydrolase

ヘテロ分子

A: Epoxide hydrolase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
88.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.011, 76.011, 161.263
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-523- HOH

詳細

Experimentally unknonw. The chain A may form a dimer with it symmetry-related molecule thorugh the operator (-y,-x,-z+1/2).

#1: タンパク質	Epoxide hydrolase 分子量: 43741.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces carzinostaticus subsp. neocarzinostaticus (バクテリア) 株: subsp. neocarzinostaticus / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q84HB8
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.8 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.4M Sodium Malonate, 0.1M Bis-Tris Propane:NaOH, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月16日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.148→33.5 Å / Num. all: 26537 / Num. obs: 26537 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 31.3
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.604 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 1275 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.148→33.262 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.71 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2087	1335	5.05 %	random
R_work	0.1624	-	-	-
all	0.1648	26457	-	-
obs	0.1648	26457	99.56 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.849 Å² / k_sol: 0.329 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.7538 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.7538 Å²	-0 Å²
3-	-	-	15.5075 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.148→33.262 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3027	0	38	191	3256

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3145
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.04	4269
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.685	1134
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	460
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	558

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1482-2.225	0.2325	116	0.1889	2403	X-RAY DIFFRACTION	97
2.225-2.3141	0.2747	138	0.1881	2457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3141-2.4194	0.2363	118	0.1714	2473	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4194-2.5469	0.2105	128	0.1744	2519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5469-2.7064	0.2369	135	0.1807	2475	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7064-2.9152	0.3006	144	0.1933	2499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9152-3.2084	0.2613	146	0.1936	2487	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2084-3.6721	0.2131	146	0.1622	2508	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6721-4.6245	0.1459	131	0.1263	2566	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6245-33.2662	0.1749	133	0.1522	2735	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6819	0.3821	1.326	5.9088	6.1366	6.8951	0.1554	0.2361	-0.2985	0.6337	0.467	-0.5294	0.8212	0.8157	-0.6489	0.3062	0.0565	-0.0747	0.3663	-0.0602	0.4822	27.0171	-7.5907	51.1158
2	3.7415	0.6833	2.2674	2.3844	0.4165	2.5176	0.0769	0.5173	-0.1786	-0.1819	0.0738	-0.4061	0.0694	0.5207	-0.2201	0.3052	-0.0127	0.0427	0.3783	-0.0949	0.2966	17.5161	-5.7175	29.5548
3	1.6274	0.5339	0.759	2.163	0.4961	0.9129	0.0715	-0.0123	-0.0898	0.1344	-0.0234	-0.0845	0.0336	0.0341	-0.0318	0.1846	0.0087	-0.0201	0.266	-0.0578	0.2309	23.0125	10.4304	56.5378
4	2.8158	-0.2511	1.2648	1.8846	-0.544	3.1736	-0.0207	-0.056	0.1612	-0.0985	0.1012	0.1126	-0.1648	-0.1096	-0.0253	0.214	-0.0099	0.0213	0.1913	-0.0252	0.3008	6.0107	20.9202	50.257
5	1.22	-0.0295	0.1125	0.924	-0.0954	0.1711	0.0266	0.0547	-0.036	-0.0495	0.0489	-0.0808	0.0263	0.0397	-0.0843	0.2646	-0.0055	-0.0349	0.2809	-0.0567	0.2251	10.2374	6.1107	44.3114
6	3.6493	-0.6412	0.1575	2.0816	0.3642	1.3731	0.0659	0.0428	0.4137	-0.0844	-0.0463	-0.1229	-0.2477	0.0764	-0.0308	0.2733	-0.0473	0.0128	0.2559	-0.0311	0.3319	15.6199	26.1218	47.9677

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 0:21)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 22:51)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 52:162)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 163:230)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 231:339)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 340:385)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)