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- PDB-4hzd: Crystal structure of Serine acetyltransferase in complex with Coe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hzd
タイトルCrystal structure of Serine acetyltransferase in complex with Coenzyme A from Brucella abortus strain S19
要素CysE, serine acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Left handed beta-helical (LBH) domain / Cysteine biosynthesis / serine acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


serine O-acetyltransferase / serine O-acetyltransferase activity / cysteine biosynthetic process from serine / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
serine acetyltransferase, domain 1 / serine acetyltransferase, domain 1 / Serine O-acetyltransferase / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / : / Serine acetyltransferase, N-terminal domain superfamily / Serine acetyltransferase, LbH domain / Hexapeptide transferase, conserved site ...serine acetyltransferase, domain 1 / serine acetyltransferase, domain 1 / Serine O-acetyltransferase / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / : / Serine acetyltransferase, N-terminal domain superfamily / Serine acetyltransferase, LbH domain / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / Hexapeptide repeat / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Serine acetyltransferase / Serine acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Kumar, S. / Samudrala, G.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of serine acetyl transferase from Brucella abortus and its complex with coenzyme A.
著者: Kumar, S. / Kumar, N. / Alam, N. / Gourinath, S.
履歴
登録2012年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22014年8月13日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CysE, serine acetyltransferase
B: CysE, serine acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2166
ポリマ－61,8702
非ポリマー2,3464
水2,684149
1
A: CysE, serine acetyltransferase
B: CysE, serine acetyltransferase
ヘテロ分子

A: CysE, serine acetyltransferase
B: CysE, serine acetyltransferase
ヘテロ分子

A: CysE, serine acetyltransferase
B: CysE, serine acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,64918
ポリマ－185,6116
非ポリマー7,03812
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area20120 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area49650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.347, 104.347, 105.675
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-457-

HOH

21A-473-

HOH

31B-451-

HOH

41B-467-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 CysE, serine acetyltransferase


分子量: 30935.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella abortus (ウシ流産菌) / 株: S19 / 遺伝子: BAbS19_I11940, CysE / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2S6A2, UniProt: A0A0F6AR69*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 5% PEG 1000, 5% PEG 3350, 5% MPD, 0.1 M Ethylene glycol, Tris 100 mM, 20-40 mM MgCl2, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→100 Å / Num. obs: 35422 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.0679
反射 シェル解像度: 1.87→1.918 Å

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
AUTOMARデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.87→68.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / WRfactor Rfree: 0.2265 / WRfactor Rwork: 0.1776 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8568 / SU B: 3.782 / SU ML: 0.111 / SU R Cruickshank DPI: 0.166 / SU Rfree: 0.1541 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2342 1767 5 %RANDOM
Rwork0.1826 ---
obs0.1852 35303 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.13 Å2 / Biso mean: 29.3803 Å2 / Biso min: 12.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.33 Å20.67 Å20 Å2
2--1.33 Å20 Å2
3----2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→68.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3788 0 57 149 3994
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5981.9595349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3175493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.38823.099171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.7415613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1181530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212975
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.918 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 128 -
Rwork0.291 2304 -
all-2432 -
obs--90.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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