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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hzc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Serine acetyltransferase from Brucella abortus strain S19 | ||||||
要素 | CysE, serine acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Cysteine biosynthesis / acetyltransferase / Left handed beta-helical (LBH) domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 serine O-acetyltransferase / serine O-acetyltransferase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Brucella abortus (ウシ流産菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å | ||||||
データ登録者 | Kumar, S. / Samudrala, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2014 タイトル: Crystal structure of serine acetyl transferase from Brucella abortus and its complex with coenzyme A. 著者: Kumar, S. / Kumar, N. / Alam, N. / Gourinath, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hzc.cif.gz | 574.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hzc.ent.gz | 483.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hzc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/4hzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/4hzc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL
#1: タンパク質 | 分子量: 30796.979 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella abortus (ウシ流産菌) / 株: S19 / 遺伝子: BAbS19_I11940, CysE / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2S6A2, UniProt: A0A0F6AR69*PLUS |
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-非ポリマー , 5種, 1111分子
#2: 化合物 | ChemComp-TRS / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | ChemComp-15P / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 7% PEG 1000, 7% PEG 3350, 5% MPD, 0.12 M Ethylene glycol, 100 mM Tris, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2011年12月3日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.96→128.39 Å / Num. obs: 184406 / % possible obs: 86 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 19.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 36.03 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 4.722 / SU ML: 0.133 / SU R Cruickshank DPI: 0.2111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.389 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.97→2.018 Å / Total num. of bins used: 20
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