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- PDB-4hzc: Crystal structure of Serine acetyltransferase from Brucella abort... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hzc
タイトルCrystal structure of Serine acetyltransferase from Brucella abortus strain S19
要素CysE, serine acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Cysteine biosynthesis / acetyltransferase / Left handed beta-helical (LBH) domain
機能・相同性
機能・相同性情報


serine O-acetyltransferase / serine O-acetyltransferase activity / cysteine biosynthetic process from serine / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
serine acetyltransferase, domain 1 / serine acetyltransferase, domain 1 / Serine O-acetyltransferase / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / : / Serine acetyltransferase, N-terminal domain superfamily / Serine acetyltransferase, LbH domain / Hexapeptide transferase, conserved site ...serine acetyltransferase, domain 1 / serine acetyltransferase, domain 1 / Serine O-acetyltransferase / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / : / Serine acetyltransferase, N-terminal domain superfamily / Serine acetyltransferase, LbH domain / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / Hexapeptide repeat / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine acetyltransferase / Serine acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Kumar, S. / Samudrala, G.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of serine acetyl transferase from Brucella abortus and its complex with coenzyme A.
著者: Kumar, S. / Kumar, N. / Alam, N. / Gourinath, S.
履歴
登録2012年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22014年8月13日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CysE, serine acetyltransferase
B: CysE, serine acetyltransferase
C: CysE, serine acetyltransferase
D: CysE, serine acetyltransferase
E: CysE, serine acetyltransferase
F: CysE, serine acetyltransferase
G: CysE, serine acetyltransferase
H: CysE, serine acetyltransferase
I: CysE, serine acetyltransferase
J: CysE, serine acetyltransferase
K: CysE, serine acetyltransferase
L: CysE, serine acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)371,95828
ポリマ－369,56412
非ポリマー2,39516
水19,7261095
1
A: CysE, serine acetyltransferase
B: CysE, serine acetyltransferase
C: CysE, serine acetyltransferase
D: CysE, serine acetyltransferase
E: CysE, serine acetyltransferase
F: CysE, serine acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,27014
ポリマ－184,7826
非ポリマー4888
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20600 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area45860 Å2
手法PISA
2
G: CysE, serine acetyltransferase
H: CysE, serine acetyltransferase
I: CysE, serine acetyltransferase
J: CysE, serine acetyltransferase
K: CysE, serine acetyltransferase
L: CysE, serine acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,68914
ポリマ－184,7826
非ポリマー1,9078
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20440 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area45600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.697, 256.774, 82.285
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
CysE, serine acetyltransferase


分子量: 30796.979 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella abortus (ウシ流産菌) / 株: S19 / 遺伝子: BAbS19_I11940, CysE / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2S6A2, UniProt: A0A0F6AR69*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 1111分子

#2: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1095 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 7% PEG 1000, 7% PEG 3350, 5% MPD, 0.12 M Ethylene glycol, 100 mM Tris, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2011年12月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→128.39 Å / Num. obs: 184406 / % possible obs: 86 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.96-1.992.20.328183
1.99-2.032.30.27184.8
2.03-2.072.30.227184.3
2.07-2.112.30.199183.7
2.11-2.162.30.183182.8
2.16-2.212.30.15181.8
2.21-2.262.30.119181.5
2.26-2.322.30.114181.2
2.32-2.392.30.094180
2.39-2.472.30.084179.1
2.47-2.562.40.073179.3
2.56-2.662.40.062179.6
2.66-2.782.30.054180.3
2.78-2.932.30.048184
2.93-3.112.20.041189.8
3.11-3.352.20.037195.3
3.35-3.692.40.038197.5
3.69-4.222.60.042197.8
4.22-5.322.80.031196.5
5.32-503.10.022197.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 36.03 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å46.55 Å
Translation2.5 Å46.55 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 4.722 / SU ML: 0.133 / SU R Cruickshank DPI: 0.2111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23899 9193 5 %RANDOM
Rwork0.18683 ---
obs0.18944 175137 85.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.389 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å2-1.01 Å2
2--1.78 Å20 Å2
3----2.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22492 0 60 1095 23647
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01923047
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6061.94431344
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.11452915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.33623.0841018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.093153638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.57315178
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.23561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02117530
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.018 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 612 -
Rwork0.263 11998 -
obs--79.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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