[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4hzc: Crystal structure of Serine acetyltransferase from Brucella abort... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hzc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Serine acetyltransferase from Brucella abortus strain S19 | ||||||
Components | CysE, serine acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Cysteine biosynthesis / acetyltransferase / Left handed beta-helical (LBH) domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information serine O-acetyltransferase / serine O-acetyltransferase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Brucella abortus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.97 Å | ||||||
Authors | Kumar, S. / Samudrala, G. | ||||||
Citation | Journal: Biochim.Biophys.Acta / Year: 2014 Title: Crystal structure of serine acetyl transferase from Brucella abortus and its complex with coenzyme A. Authors: Kumar, S. / Kumar, N. / Alam, N. / Gourinath, S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hzc.cif.gz | 574.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4hzc.ent.gz | 483.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hzc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/4hzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/4hzc | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 1 types, 12 molecules ABCDEFGHIJKL
#1: Protein | Mass: 30796.979 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Brucella abortus (bacteria) / Strain: S19 / Gene: BAbS19_I11940, CysE / Plasmid: pET21 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: B2S6A2, UniProt: A0A0F6AR69*PLUS |
---|
-Non-polymers , 5 types, 1111 molecules
#2: Chemical | ChemComp-TRS / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Chemical | ChemComp-15P / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.6 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.4 Details: 7% PEG 1000, 7% PEG 3350, 5% MPD, 0.12 M Ethylene glycol, 100 mM Tris, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 0.97 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Detector: CCD / Date: Dec 3, 2011 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.96→128.39 Å / Num. obs: 184406 / % possible obs: 86 % / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 19.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Rfactor: 36.03 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.97→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 4.722 / SU ML: 0.133 / SU R Cruickshank DPI: 0.2111 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.185 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.389 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.97→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.97→2.018 Å / Total num. of bins used: 20
|