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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hyd | ||||||
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タイトル | Structure of a presenilin family intramembrane aspartate protease in C2221 space group | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / protease | ||||||
機能・相同性 | Signal-peptide peptidase, presenilin aspartyl protease / Signal-peptide peptidase, presenilin aspartyl protease / Presenilin/signal peptide peptidase / Presenilin, signal peptide peptidase, family / aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving / identical protein binding / membrane / Signal peptide peptidase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Methanoculleus marisnigri JR1 (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Li, X. / Dang, S. / Yan, C. / Wang, J. / Shi, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2013 タイトル: Structure of a presenilin family intramembrane aspartate protease 著者: Li, X. / Dang, S. / Yan, C. / Gong, X. / Wang, J. / Shi, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hyd.cif.gz | 375.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hyd.ent.gz | 316.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hyd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4hyd_validation.pdf.gz | 468.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4hyd_full_validation.pdf.gz | 520.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4hyd_validation.xml.gz | 39.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4hyd_validation.cif.gz | 53.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/4hyd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/4hyd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31879.260 Da / 分子数: 4 / 変異: D40N, E42S, A147E, V148P, A229V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanoculleus marisnigri JR1 (古細菌) 株: ATCC 35101 / DSM 1498 / JR1 / 遺伝子: Memar_1924 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3CWV0 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.34 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.6 詳細: 0.1M Glycine, 0.2M (NH4)2SO4, 20%(w/v) PEG500MME, 6%(w/v) Glycerol, 0.04%(w/v) Anapoe-C12E8, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1.07171, 1.05384, 1.07206 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月12日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 15330 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.8→31.577 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 53.18 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.8→31.577 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree: 0 / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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