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- PDB-4hwx: Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hwx
タイトルCrystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin
要素Neutral proteinase inhibitor ScNPI
キーワードHydrolase Inhibitor / Streptomyces subtilisin inhibitor fold
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Subtilisin Inhibitor / Subtilisin inhibitor-like / Proteinase inhibitor I16, Streptomyces subtilisin-type inhibitor / Subtilisin inhibitor / Subtilisin inhibitor-like superfamily / Subtilisin inhibitor-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Neutral proteinase inhibitor ScNPI
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces caespitosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Trillo-Muyo, S. / Martinez-Rodriguez, S. / Arolas, J.L. / Gomis-Ruth, F.X.
引用ジャーナル: CHEM SCI / 年: 2013
タイトル: Mechanism of action of a Janus-faced single-domain protein inhibitor simultaneously targeting two peptidase classes
著者: Trillo-Muyo, S. / Martinez-Rodriguez, S. / Arolas, J.L. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2012年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月20日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutral proteinase inhibitor ScNPI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1935
ポリマ－11,9231
非ポリマー2694
水2,270126
1
A: Neutral proteinase inhibitor ScNPI
ヘテロ分子

A: Neutral proteinase inhibitor ScNPI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,38510
ポリマ－23,8472
非ポリマー5388
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area2970 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11790 Å2
手法PISA
2
A: Neutral proteinase inhibitor ScNPI
ヘテロ分子

A: Neutral proteinase inhibitor ScNPI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,38510
ポリマ－23,8472
非ポリマー5388
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.040, 71.040, 52.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Neutral proteinase inhibitor ScNPI / Sermetstatin


分子量: 11923.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces caespitosus (バクテリア)
遺伝子: ScNPI / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami / 参照: UniProt: Q9FDS0
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M sodium citrate dihydrate, 0.2 M ammonium acetate, 10% (w/v) PEG3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月6日
放射モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→39.9 Å / Num. all: 12234 / Num. obs: 12234 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 34.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 40.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ProDCデータ収集
SHELX& PHASERモデル構築
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX& PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→39.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9437 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9258 / SU R Cruickshank DPI: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 479 3.92 %RANDOM
Rwork0.187 ---
all0.187 12232 --
obs0.1883 12232 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.4007 Å20 Å20 Å2
2---5.4007 Å20 Å2
3---10.8015 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.273 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数834 0 18 126 978
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01870HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.141191HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d371SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes21HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes131HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it870HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd6SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.01
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.51
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion119SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact974SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.08 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2207 479 3.73 %
Rwork0.2167 2762 -
all0.2168 2869 -
obs-12234 99 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.4193 Å / Origin y: 25.3953 Å / Origin z: 2.1786 Å
111213212223313233
T0.0461 Å2-0.0491 Å2-0.0347 Å2-0.0134 Å20.0018 Å2---0.0396 Å2
L3.4644 °2-0.1265 °2-0.9308 °2-0.0427 °20.2121 °2--1.6503 °2
S0.1742 Å °0.1376 Å °-0.1384 Å °0.0224 Å °-0.1414 Å °-0.0492 Å °-0.0078 Å °-0.2086 Å °-0.0328 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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