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万見
- PDB-4hw0: Crystal structure of Sso10a-2, a DNA-binding protein from Sulfolo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hw0
タイトルCrystal structure of Sso10a-2, a DNA-binding protein from Sulfolobus solfataricus
要素DNA-binding protein Sso10a-2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Winged-helix / DNA-binding domain / two-stranded antiparallel coiled-coil / DNA/RNA-binding 3-helical bundle
機能・相同性ArnR1-like, winged helix-turn-helix domain / Winged helix-turn-helix / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / ArnR1-like winged helix-turn-helix domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Waterreus, W.J. / Goosen, N. / Moolenaar, G.F. / Driessen, R.P.C. / Dame, R.T. / Pannu, N.S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Diverse architectural properties of Sso10a proteins: Evidence for a role in chromatin compaction and organization.
著者: Driessen, R.P. / Lin, S.N. / Waterreus, W.J. / van der Meulen, A.L. / van der Valk, R.A. / Laurens, N. / Moolenaar, G.F. / Pannu, N.S. / Wuite, G.J. / Goosen, N. / Dame, R.T.
履歴
登録2012年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein Sso10a-2
B: DNA-binding protein Sso10a-2
C: DNA-binding protein Sso10a-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1103
ポリマ－37,1103
非ポリマー00
水1,910106
1
A: DNA-binding protein Sso10a-2

A: DNA-binding protein Sso10a-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7402
ポリマ－24,7402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11900 Å2
手法PISA
2
B: DNA-binding protein Sso10a-2
C: DNA-binding protein Sso10a-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7402
ポリマ－24,7402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area11130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.221, 69.538, 80.727
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-210-

HOH

21C-205-

HOH

31C-220-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRAA8 - 1018 - 101
21THRTHRBB8 - 1018 - 101
12LEULEUAA8 - 998 - 99
22LEULEUCC8 - 998 - 99
13LEULEUBB8 - 998 - 99
23LEULEUCC8 - 998 - 99

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein Sso10a-2


分子量: 12369.967 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 28-130 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: AAK42937.1, SSO2827 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97V10
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Succinic acid, HEPES, PEG MME 2000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月8日
放射モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40.36 Å / Num. all: 21998 / Num. obs: 21998 / % possible obs: 93.28 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 13.46 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 39.6302
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2-2.119.570.48306613204195.21
2.11-2.2413.190.31330342505178.05
2.24-2.3914.320.17330832310177.18
2.39-2.5814.70.124158728301100
2.58-2.8314.660.073800125921100
2.83-3.1614.550.04348372394199.96
3.16-3.6514.320.033009421021100
3.65-4.4714.010.022513117941100
4.47-6.3213.590.02195001435199.96
6.32-40.3612.20.0210150832199.05

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.3.20データスケーリング
REFMACrefmac_5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
CRANK位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→40.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.24 / WRfactor Rwork: 0.199 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.577 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2449 1118 5.1 %RANDOM
Rwork0.2046 ---
all0.2065 21980 --
obs0.2065 21980 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.82 Å2 / Biso mean: 45.4661 Å2 / Biso min: 22.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.38 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3----3.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2331 0 0 106 2437
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0192367
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.022431
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7141.9963170
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3423.0025582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2925285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.68323.761109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.06615482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6731522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02513
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A56340.16
12B56340.16
21A54350.17
22C54350.17
31B53740.18
32C53740.18
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.0520.289930.2531476171491.54
2.052-2.1080.3760.2421549166497.656
2.108-2.1690.305860.23915311617100
2.169-2.2360.256390.245858160056.063
2.236-2.3090.292440.252800152955.199
2.309-2.390.251730.2213831456100
2.39-2.480.268800.22113711451100
2.48-2.5810.263780.23113031381100
2.581-2.6960.269760.22512421318100
2.696-2.8270.272590.23112121271100
2.827-2.980.294470.2211831230100
2.98-3.1610.27800.231086116799.914
3.161-3.3790.292480.22510301078100
3.379-3.6490.23520.2029611013100
3.649-3.9960.249360.19290794899.473
3.996-4.4660.155460.153810856100
4.466-5.1550.205390.15772776799.87
5.155-6.3070.239330.199630663100
6.307-8.8920.244200.181504524100
8.892-80.7270.174130.20729932695.706
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7151-0.03810.42130.5058-0.44773.6518-0.0391-0.0561-0.00750.00020.0236-0.01440.0167-0.21520.01540.0095-0.01350.01360.1849-0.01130.2614-4.098-0.82516.388
20.61730.3671-0.22130.3084-0.05951.30290.13220.05460.0356-0.0194-0.0358-0.03040.37640.0055-0.09650.39520.0743-0.04760.22550.00110.385715.602-18.4929.021
30.27620.32510.25890.6932-0.72575.0560.09660.0183-0.0294-0.03160.0170.08190.7652-0.1494-0.11350.35620.09870.03220.2718-0.01440.359311.953-25.823-26.052
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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