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万見
- PDB-4hvz: Crystal structure of brucella abortus immunogenic BP26 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hvz
タイトルCrystal structure of brucella abortus immunogenic BP26 protein
要素26 kDa periplasmic immunogenic protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / multimerization / SIMPL domain / infection
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / DNA damage response
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function (DUF541), domain 1 / Protein of unknown function (DUF541), domain 2 / Interleukin-1 receptor-associated kinase 1-binding protein 1/DUF541 / : / Protein of unknown function (DUF541) / Translation Initiation Factor IF3 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
26 kDa periplasmic immunogenic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kim, D. / Park, J. / Oh, B. / Song, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Brucella Immunogenic BP26 Forms a Channel-like Structure.
著者: Kim, D. / Park, J. / Kim, S.J. / Soh, Y.M. / Kim, H.M. / Oh, B.H. / Song, J.J.
履歴
登録2012年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月13日Group: Database references
改定 1.22013年4月3日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 26 kDa periplasmic immunogenic protein
B: 26 kDa periplasmic immunogenic protein
C: 26 kDa periplasmic immunogenic protein
D: 26 kDa periplasmic immunogenic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2084
ポリマ－95,2084
非ポリマー00
水00
1
A: 26 kDa periplasmic immunogenic protein
B: 26 kDa periplasmic immunogenic protein
C: 26 kDa periplasmic immunogenic protein
D: 26 kDa periplasmic immunogenic protein

A: 26 kDa periplasmic immunogenic protein
B: 26 kDa periplasmic immunogenic protein
C: 26 kDa periplasmic immunogenic protein
D: 26 kDa periplasmic immunogenic protein

A: 26 kDa periplasmic immunogenic protein
B: 26 kDa periplasmic immunogenic protein
C: 26 kDa periplasmic immunogenic protein
D: 26 kDa periplasmic immunogenic protein

A: 26 kDa periplasmic immunogenic protein
B: 26 kDa periplasmic immunogenic protein
C: 26 kDa periplasmic immunogenic protein
D: 26 kDa periplasmic immunogenic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)380,83416
ポリマ－380,83416
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-11
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_554y,x,-z-11
Buried area83660 Å2
ΔGint-438 kcal/mol
Surface area141830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)203.086, 203.086, 207.295
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質
26 kDa periplasmic immunogenic protein


分子量: 23802.096 Da / 分子数: 4 / 断片: BP26 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella abortus (ウシ流産菌) / 株: S19 / 遺伝子: bp26, BAbS19_I13950 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIPL / 参照: UniProt: Q44642

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.4M AMS, 100mM NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / タイプ: OTHER / 波長: 0.97941 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97941 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→30 Å / Num. obs: 26996 / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 5.9 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 31.9
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.531 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.5→29.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 101166.96 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 2448 10 %RANDOM 10%
Rwork0.237 ---
obs-24457 88.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 71.6865 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 121.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.94 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.94 Å2-0 Å2
3---1.88 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.58 Å0.45 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.74 Å0.65 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→29.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6340 0 0 0 6340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.721.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.112
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.582.5
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 360 10 %
Rwork0.331 3249 -
obs--79.8 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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