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万見
- PDB-4hv4: 2.25 Angstrom resolution crystal structure of UDP-N-acetylmuramat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hv4
タイトル2.25 Angstrom resolution crystal structure of UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase (murC) from Yersinia pestis CO92 in complex with AMP
要素UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
キーワードLIGASE / UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase / murC / Yersinia pestis CO92 / peptidoglycan synthesis / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase activity / cell cycle / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily ...UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / BETA-MERCAPTOETHANOL / UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.25 Angstrom resolution crystal structure of UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase (murC) from Yersinia pestis CO92 in complex with AMP
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2012年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
B: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,8376
ポリマ－107,9862
非ポリマー8514
水5,080282
1
A: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4183
ポリマ－53,9931
非ポリマー4252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4183
ポリマ－53,9931
非ポリマー4252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.534, 78.021, 183.296
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase


分子量: 53993.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: murC, y3625, YPO0556, YP_3628 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic
参照: UniProt: Q8ZIE8, UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein 7.4 mg/mL in 10 mM Tris-HCl pH8.3 0.5 M NaCl 5 mM BME, 1 mM ADP, 1 mM MgCl2 Crystallization: The PACT Suite (G7) - 0.2 M Sodium acetate 0.1 M Bis Tris propane pH 7.5 20% (w/v) PEG ...詳細: Protein 7.4 mg/mL in 10 mM Tris-HCl pH8.3 0.5 M NaCl 5 mM BME, 1 mM ADP, 1 mM MgCl2 Crystallization: The PACT Suite (G7) - 0.2 M Sodium acetate 0.1 M Bis Tris propane pH 7.5 20% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月25日 / 詳細: Be Lenses
放射モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. all: 45997 / Num. obs: 45997 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 3.68 / Num. unique all: 2259 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2F00

2f00


解像度: 2.25→29.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 13.24 / SU ML: 0.15 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.314 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22437 2317 5.1 %RANDOM
Rwork0.1795 ---
obs0.18184 43511 99.28 %-
all-43511 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.203 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.41 Å20 Å20 Å2
2---1.1 Å2-0 Å2
3---2.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→29.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7099 0 54 282 7435
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0217474
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5891.96210175
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.867312161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.5035955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.79523.277354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.753151190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6771569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9151.54696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2481.51915
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.69127554
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.88132778
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.484.52621
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 179 -
Rwork0.206 3150 -
obs-3150 98.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1314-0.1355-0.02444.11211.31491.88390.012-0.20310.3010.13630.01690.2266-0.1742-0.1245-0.02880.07760.01930.00930.1793-0.02570.12059.829936.492633.3843
21.23720.02420.16071.0499-0.19081.5917-0.00260.0173-0.0646-0.2089-0.0527-0.01280.03580.04860.05520.06090.0361-0.01330.0376-0.01950.018529.09627.96213.0233
31.22550.26430.92021.24970.45521.50960.00090.01010.0664-0.0302-0.0148-0.018-0.0285-0.03790.01390.14620.0128-0.04430.0756-0.00570.020511.703946.96820.5694
44.1006-0.5716-0.94532.52820.88743.45710.0062-0.1423-0.1378-0.0073-0.03150.16040.0666-0.05460.02530.0228-0.02910.01280.04940.00170.07313.109659.24660.0237
50.71210.17860.12570.8769-0.06751.82320.0096-0.01060.0238-0.0345-0.066-0.03710.01040.12050.05640.01090.01470.00440.02730.00860.004731.408268.923438.9709
61.6341-0.95670.00861.7634-0.02511.2626-0.0529-0.0318-0.152-0.06260.03310.3393-0.0386-0.32140.01970.04650.0006-0.02020.11070.00010.06748.628773.104127.2686
72.82616.364-8.898733.0681-24.027728.87110.0461-0.00020.1218-0.4590.54441.2375-0.0083-0.1346-0.59050.2755-0.044-0.13760.3104-0.02960.141123.054336.36996.5723
84.2617.9522-2.300714.8419-4.29361.2424-0.19210.0979-0.0398-0.35270.1843-0.08130.0988-0.0510.00790.18160.01240.04020.1826-0.04870.279920.771372.503432.8934
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A19 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2A109 - 325
3X-RAY DIFFRACTION3A326 - 483
4X-RAY DIFFRACTION4B15 - 107
5X-RAY DIFFRACTION5B108 - 305
6X-RAY DIFFRACTION6B306 - 483
7X-RAY DIFFRACTION7A501
8X-RAY DIFFRACTION8B501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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