PDB-4htz: Crystal structure of PDE2 catalytic domain in space group P1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4htz

タイトル

Crystal structure of PDE2 catalytic domain in space group P1

要素

cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of cGMP-mediated signaling / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to cGMP / negative regulation of cAMP-mediated signaling / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / heart valve development / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / negative regulation of vascular permeability ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zhu, J. / Huang, Q.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: X-ray Crystal Structure of Phosphodiesterase 2 in Complex with a Highly Selective, Nanomolar Inhibitor Reveals a Binding-Induced Pocket Important for Selectivity.
著者: Zhu, J. / Yang, Q. / Dai, D. / Huang, Q.

履歴

登録	2012年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4htz.cif.gz	551.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4htz.ent.gz	455.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4htz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4htz_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4htz_full_validation.pdf.gz	455.2 KB	表示
XML形式データ	4htz_validation.xml.gz	54.4 KB	表示
CIF形式データ	4htz_validation.cif.gz	79.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/4htz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/4htz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4htxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3itu-5 5vp1-1 5vp0-2 6zqz-1 6zqz-2 3itu-6 4htx-1 5xkm-3 5xkm-2 5vp1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase

B: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase

C: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase

D: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase

C: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase

D: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.190, 73.870, 92.610
Angle α, β, γ (deg.)	109.68, 91.71, 90.91
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase / Cyclic GMP-stimulated phosphodiesterase / CGS-PDE / cGSPDE 分子量: 39965.777 Da / 分子数: 4 / 断片: Catalytic domain, UNP residues 578-919 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O00408, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 889 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.63 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→33.814 Å / Num. obs: 88029

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
iMOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→33.814 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2488	4415	5.04 %
R_work	0.1884	-	-
obs	0.1915	87614	92.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.2895 Å²	-0.4633 Å²	-3.055 Å²
2-	-	0.6069 Å²	-1.5273 Å²
3-	-	-	1.6825 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→33.814 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10564	0	8	889	11461

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10875
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.043	14723
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.756	3930
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	1617
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1879

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.2806	146	0.2182	2816	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0227-2.0465	0.2876	157	0.2142	2810	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0465-2.0715	0.2869	154	0.2163	2801	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0715-2.0977	0.2937	155	0.2212	2812	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0977-2.1253	0.3163	134	0.2122	2817	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1253-2.1544	0.2843	168	0.195	2844	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1544-2.1852	0.2578	141	0.1979	2816	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1852-2.2178	0.2939	151	0.2434	2749	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2178-2.2524	0.4645	148	0.3761	2475	X-RAY DIFFRACTION	82
2.2524-2.2894	0.4239	128	0.3366	2584	X-RAY DIFFRACTION	87
2.2894-2.3288	0.2825	144	0.2308	2838	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3288-2.3712	0.2038	145	0.188	2862	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3712-2.4168	0.2953	158	0.1798	2783	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4168-2.4661	0.2619	149	0.1779	2850	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4661-2.5197	0.248	152	0.1703	2849	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5197-2.5783	0.2321	165	0.172	2817	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5783-2.6427	0.229	142	0.1717	2878	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6427-2.7142	0.259	141	0.1698	2831	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7142-2.794	0.2353	137	0.1642	2883	X-RAY DIFFRACTION	95
2.794-2.8841	0.2471	152	0.1644	2780	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8841-2.9871	0.2145	157	0.1717	2835	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9871-3.1067	0.235	142	0.1744	2846	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1067-3.2479	0.2342	148	0.1695	2827	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2479-3.419	0.2378	159	0.1681	2794	X-RAY DIFFRACTION	93
3.419-3.633	0.2191	150	0.1732	2753	X-RAY DIFFRACTION	93
3.633-3.9131	0.2272	138	0.1748	2786	X-RAY DIFFRACTION	92
3.9131-4.3062	0.1718	129	0.1571	2716	X-RAY DIFFRACTION	90
4.3062-4.9277	0.2138	136	0.1425	2490	X-RAY DIFFRACTION	83
4.9277-6.2021	0.2038	143	0.1799	2884	X-RAY DIFFRACTION	96
6.2021-33.819	0.23	146	0.2037	2373	X-RAY DIFFRACTION	80

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5886	1.5736	1.1342	2.5742	0.6467	2.2963	0.1662	-0.4097	-0.3125	0.473	-0.0946	0.0064	0.3832	-0.1491	0.0017	0.175	-0.0417	0.0419	0.2082	0.0235	0.2459	-32.5713	3.3707	22.7338
2	2.3314	0.2722	1.8136	1.6885	-1.4916	5.2408	0.3948	-0.0671	-0.4063	-0.0227	-0.0008	0.194	0.3858	-0.1954	-0.2817	0.1154	-0.0537	-0.0071	0.1614	-0.0119	0.1665	-35.8223	6.607	14.2128
3	1.5107	0.0052	-0.1546	1.1819	0.0633	1.2361	0.0298	0.0176	-0.0844	-0.1118	-0.0235	0.1069	0.0138	-0.0105	-0.003	0.1271	-0.0006	0.0033	0.0886	-0.0307	0.1065	-22.8539	14.1813	11.273
4	5.1919	1.753	4.382	4.6855	3.0675	5.808	-0.4997	0.2921	0.2629	-0.4869	0.1524	0.5572	-0.4297	-0.0348	0.2397	0.1772	-0.0196	0.006	0.1861	0.0229	0.1053	-27.8808	19.9151	2.7227
5	6.0788	-5.6658	-1.4718	6.1025	-0.1361	3.1686	-0.107	-0.0785	0.8734	-0.0808	-0.0833	-0.3142	-0.5871	0.1134	-0.0068	0.204	0.0106	-0.0447	0.173	-0.0783	0.364	-24.8577	35.7182	15.2244
6	2.5936	-0.9784	1.3925	3.1638	-1.9566	4.9818	0.096	-0.124	0.1888	-0.0364	-0.0888	0.087	-0.037	-0.045	0.0023	0.1294	0.0145	0.013	0.1067	-0.0578	0.1876	-30.4971	27.4339	16.384
7	1.8318	1.4082	-1.3705	1.822	-0.9234	2.1833	0.3091	-0.5829	0.1002	0.1287	-0.1147	-0.0976	-0.1126	0.4403	-0.1452	0.1137	-0.0098	-0.0412	0.3052	-0.0557	0.1624	-8.5784	18.0045	27.5107
8	1.5602	0.2112	1.3162	1.1224	0.0503	1.3072	-0.0836	-0.2374	0.5603	0.1851	-0.043	-0.1079	-0.1523	0.0858	0.1267	0.2344	-0.0034	-0.0117	0.2252	-0.0793	0.1607	-15.3792	28.6683	27.4011
9	6.677	-1.1252	4.6675	0.655	-0.5806	3.5661	-0.2501	-0.5502	0.0713	0.0773	0.1946	-0.0516	-0.3963	-0.3286	0.0926	0.3418	0.0346	0.0634	0.3044	-0.1058	0.2188	-14.8522	24.1777	41.1696
10	1.637	-0.0978	-0.3474	1.7891	0.0578	1.567	0.0791	0.0141	-0.1747	-0.0235	0.0459	-0.0977	0.2466	0.1407	-0.0699	0.2048	0.0357	-0.0509	0.1038	-0.0288	0.1396	-0.4502	8.1749	-17.1889
11	3.2213	0.3304	0.7089	1.3472	0.1427	2.8655	0.0113	-0.2762	0.0257	0.4706	0.0612	0.05	-0.0221	0.0479	-0.0438	0.1961	0.0283	0.0432	0.1128	-0.0288	0.0927	-1.6929	15.776	-4.474
12	5.2593	2.4063	-3.2978	4.3576	-1.9946	3.3204	0.474	0.3076	0.3626	0.2604	0.0243	0.0817	-0.6977	-0.1167	-0.451	0.2546	0.0415	-0.0042	0.144	-0.0247	0.2286	-0.5007	32.9017	-20.0516
13	4.2993	1.0281	0.5271	1.1803	0.5083	0.8988	0.0729	0.221	0.2215	-0.1472	-0.0258	0.089	-0.0363	-0.1037	-0.0406	0.2404	0.03	-0.0233	0.1436	0.0038	0.1472	-9.3733	22.3765	-25.7979
14	9.1466	2.2749	4.8484	0.9293	1.1292	2.6767	-0.2985	0.2431	0.0794	-0.1117	0.1153	0.1773	-0.0649	0.0606	0.182	0.3422	0.03	0.029	0.3528	0.0149	0.1556	-15.5085	19.0343	-41.8368
15	0.8699	0.3523	-0.4314	1.6116	-0.4319	1.6384	0.0926	0.0894	-0.402	-0.0396	-0.1231	-0.4043	0.2705	0.5011	0.0458	0.1512	0.0648	0.0058	0.2376	-0.0392	0.2659	26.888	15.6834	68.6139
16	4.9601	4.7301	-0.4676	7.7855	-1.6727	3.3947	0.1598	-0.3503	-0.304	0.0108	-0.2936	-0.3946	-0.1259	0.8395	0.1145	0.2007	-0.0023	-0.0444	0.3747	-0.0836	0.2618	30.2851	27.2009	74.0628
17	4.5536	-0.4937	0.6587	1.7395	-0.2899	1.8425	-0.0662	-0.1182	-0.1866	0.0466	0.0551	-0.0117	-0.0654	0.0596	-0.0064	0.1357	-0.0081	-0.0021	0.0917	-0.0339	0.1362	12.0188	20.7715	81.2122
18	5.8488	-0.1411	6.9062	1.0017	-0.6005	8.353	-0.2562	-0.4294	0.3323	0.0128	0.1826	-0.3882	-0.24	0.0443	0.1384	0.1373	-0.0102	-0.0473	0.3119	-0.1044	0.2598	23.7201	27.5007	83.5508
19	2.5189	1.1495	1.2381	2.3168	-0.066	1.5277	0.0009	-0.1159	0.3121	-0.0741	0.1206	-0.1747	-0.5128	0.2991	-0.0701	0.2626	-0.0554	0.0349	0.2065	-0.0968	0.2451	21.569	36.7751	69.6029
20	6.3018	0.6838	-5.672	0.6739	-0.9328	6.2172	0.0568	0.4194	-0.0601	0.0018	-0.1093	-0.067	-0.005	-0.386	0.1038	0.187	-0.0038	-0.063	0.2195	-0.0828	0.1722	4.5347	20.4295	59.8328
21	0.1391	-0.3793	0.328	1.9638	-0.0371	1.5723	0.0456	-0.1215	0.2326	-0.2442	-0.0515	0.151	-0.2101	-0.2368	-0.0557	0.2127	0.0156	0.0269	0.2252	-0.0575	0.1322	7.9924	31.5002	59.606
22	8.5832	4.3407	5.8005	2.5759	2.5479	6.008	-0.1019	0.6754	0.0279	-0.1577	0.1998	0.023	-0.1661	0.2869	-0.1455	0.2854	0.0853	-0.0099	0.242	-0.0556	0.1628	9.005	25.7592	45.953
23	3.4291	-0.812	-1.4542	1.2247	-0.1859	2.2133	0.0702	-0.6202	-0.6284	0.2657	0.1983	0.3633	0.1872	-0.1375	-0.214	0.2942	-0.0746	0.0174	0.3869	0.1343	0.3405	-60.2906	9.36	-55.3276
24	4.733	0.9731	2.9042	1.8376	1.0244	5.0222	0.1476	-0.3473	-0.2534	0.1621	-0.042	0.2889	0.0326	-0.4022	-0.128	0.1605	-0.0761	-0.0406	0.3224	0.0283	0.4458	-63.8803	6.136	-68.7442
25	6.5929	3.0464	4.0958	4.0111	2.2663	5.1435	0.5134	-0.2554	-0.6182	0.1518	-0.2365	0.1221	0.518	-0.2484	-0.2876	0.2278	-0.0263	-0.0538	0.1434	0.0462	0.2585	-49.9574	3.1396	-69.6887
26	4.6348	-1.0441	-1.6239	4.1488	1.455	2.427	0.0289	0.0346	-0.4363	0.3321	-0.0853	0.4185	0.1501	-0.3678	0.0344	0.136	-0.0433	0.017	0.2279	0.0497	0.1832	-57.1653	14.1365	-62.8653
27	3.358	-1.4019	-0.2215	5.6211	0.7902	2.4069	0.3498	-0.0455	-0.215	-0.351	-0.1869	0.9277	-0.0413	-0.4928	-0.148	0.1537	-0.0076	-0.064	0.2698	0.0288	0.3494	-60.884	18.4358	-72.5832
28	6.2019	0.9089	-1.25	1.6879	1.6252	4.1951	0.0766	0.0279	-0.3338	-0.0015	0.1201	-0.4349	-0.0022	0.3807	-0.1761	0.1395	-0.0043	-0.0202	0.131	-0.002	0.1669	-34.8819	13.4095	-75.695
29	4.497	-0.5262	0.792	0.9582	0.4633	3.3146	0.0535	0.1869	-0.5144	-0.1296	-0.0617	0.2001	0.2299	-0.3169	0.0231	0.1988	-0.0094	-0.033	0.1597	0.0158	0.2109	-51.2908	7.625	-80.8277
30	5.3437	1.9347	4.3801	4.5102	1.5629	4.4682	-0.0459	0.4701	-0.5572	-0.4658	0.1531	0.4403	0.0048	-0.0033	-0.1928	0.1828	0.0252	-0.0355	0.2219	-0.0081	0.2621	-54.7198	16.7357	-82.1217
31	2.9977	-3.7751	-1.408	4.9594	1.5177	2.1695	0.2852	0.0915	0.4481	-0.2344	0.0287	-0.4966	-0.0881	-0.0518	-0.2886	0.1176	0.0011	0.0073	0.1655	-0.0176	0.2372	-47.8254	32.6378	-71.2274
32	2.6237	-2.064	1.4272	3.8558	-2.2525	5.1262	0.2393	-0.2041	-0.1425	-0.2913	0.0194	0.1828	0.2142	0.014	-0.2347	0.0706	-0.0203	0.0149	0.1204	0.0274	0.1665	-55.1783	25.9278	-69.075
33	4.423	-2.9285	-6.0362	2.5381	3.5712	8.5396	-0.185	-0.5085	-0.0576	0.1521	0.1112	-0.0916	0.2863	0.3703	0.1336	0.1917	0.0193	-0.0262	0.2068	0.0528	0.193	-35.1135	13.8659	-57.1337
34	2.3187	-1.1124	-0.2044	2.3063	0.5957	1.9244	-0.0889	-0.3752	0.0853	0.0014	0.1904	-0.0228	-0.1018	0.1686	-0.0873	0.1733	-0.0145	-0.0236	0.2454	-0.0034	0.1502	-38.6483	25.0512	-58.8975
35	8.4292	-2.7311	5.6589	1.788	-1.1289	4.8961	-0.0115	-0.5406	0.0258	0.1712	0.1777	-0.1436	-0.0407	-0.1867	-0.187	0.2526	-0.0182	0.0184	0.2707	0.0232	0.1283	-38.8453	21.7308	-44.9409

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 579 through 611 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 612 through 635 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 636 through 750 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 751 through 768 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 769 through 786 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 787 through 815 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 816 through 840 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 841 through 878 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 879 through 916 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 580 through 718 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 719 through 768 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 769 through 786 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 787 through 878 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 879 through 916 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 591 through 675 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 676 through 695 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 696 through 750 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 751 through 768 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 769 through 815 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 816 through 839 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 840 through 878 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 879 through 915 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 591 through 611 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 612 through 635 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 636 through 657 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 658 through 675 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 676 through 695 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 696 through 724 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 725 through 750 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 751 through 768 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 769 through 786 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 787 through 815 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 816 through 839 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 840 through 878 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 879 through 916 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)