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Yorodumi- PDB-4htx: Crystal structure of PDE2 catalytic domain in complex with BAY60-7550 -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4htx | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of PDE2 catalytic domain in complex with BAY60-7550 | ||||||
Components | cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase | ||||||
Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Hydrolase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology information: / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to cGMP / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / heart valve development / positive regulation of vascular permeability / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / negative regulation of vascular permeability / establishment of endothelial barrier ...: / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to cGMP / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / heart valve development / positive regulation of vascular permeability / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / negative regulation of vascular permeability / establishment of endothelial barrier / regulation of mitochondrion organization / : / 3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / aorta development / ventricular septum development / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of receptor guanylyl cyclase signaling pathway / cGMP catabolic process / cGMP effects / phosphate ion binding / TPR domain binding / cGMP binding / monocyte differentiation / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / : / cAMP binding / synaptic membrane / cellular response to cAMP / cellular response to mechanical stimulus / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of inflammatory response / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Zhu, J. / Huang, Q. | ||||||
Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2013Title: X-ray Crystal Structure of Phosphodiesterase 2 in Complex with a Highly Selective, Nanomolar Inhibitor Reveals a Binding-Induced Pocket Important for Selectivity. Authors: Zhu, J. / Yang, Q. / Dai, D. / Huang, Q. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4htx.cif.gz | 554.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4htx.ent.gz | 457.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4htx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4htx_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4htx_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
| Data in XML | 4htx_validation.xml.gz | 53.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 4htx_validation.cif.gz | 75.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/4htx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/4htx | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4htzC ![]() 1z1lS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 39965.777 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: Catalytic domain, UNP residues 578-919 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PDE2A / Production host: ![]() References: UniProt: O00408, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-19F / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.6 % |
|---|
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9793 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 27, 2012 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.9→44.16 Å / Num. obs: 97808 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 1Z1L Resolution: 1.9→44.16 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.96 / Phase error: 23.24 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters |
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→44.16 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
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