PDB-4htf: Crystal structure of S-adenosylmethionine-dependent methyltransfe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4htf

タイトル

Crystal structure of S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase from Escherichia coli in complex with S-adenosylmethionine.

要素

(S-adenosylmethionine-dependent ...) x 2

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (5-carboxymethoxyuridine(34)-5-O)-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase from Escherichia coli in complex with S-adenosylmethionine.
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2012年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4htf.cif.gz	220.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4htf.ent.gz	184.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4htf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4htf_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4htf_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4htf_validation.xml.gz	25.5 KB	表示
CIF形式データ	4htf_validation.cif.gz	36.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/4htf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/4htf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4mun-d 5d68-1 4b8w-d 5do9-6 4kqz-d 5do9-4 4ef6-d 6dk7-3 4zta-d 6dk7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-apc102458

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase

B: S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase

ヘテロ分子

67.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.537, 63.466, 136.881
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
S-adenosylmethionine-dependent ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase 分子量: 33162.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Sakai, O157:H7 / 遺伝子: BAB34427, ECs1004, smtA, Z1268 / プラスミド: pMCSG57 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q8XDG3
#2: タンパク質	S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase 分子量: 33146.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Sakai, O157:H7 / 遺伝子: BAB34427, ECs1004, smtA, Z1268 / プラスミド: pMCSG57 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q8XDG3

#1: タンパク質

S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase

分子量: 33162.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: Sakai, O157:H7 / 遺伝子: BAB34427, ECs1004, smtA, Z1268 / プラスミド: pMCSG57 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q8XDG3

#2: タンパク質

S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase

分子量: 33146.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: Sakai, O157:H7 / 遺伝子: BAB34427, ECs1004, smtA, Z1268 / プラスミド: pMCSG57 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q8XDG3

-
非ポリマー , 5種, 375分子

#3: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月4日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 70394 / Num. obs: 70394 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 27.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 21.9
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3508 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→28.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 3.438 / SU ML: 0.061 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20144	3553	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17913	-	-	-
obs	0.18025	66760	99.71 %	-
all	-	66760	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.492 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.29 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.24 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.53 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3929	0	72	369	4370

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	4173
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3952
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.861	1.981	5663
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.841	3	9057
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.423	5	506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.119	23.725	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.75	15	647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.806	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	610
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4767
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1014

LS精密化シェル

解像度: 1.599→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	281	-
R_work	0.227	4796	-
obs	-	-	98.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4422	-0.154	2.105	0.2069	-1.7268	18.698	0.1577	-0.183	-0.2655	-0.1236	-0.0416	0.0012	0.2809	0.9111	-0.1161	0.3484	0.0311	0.0085	0.2982	0.05	0.2947	27.9923	-8.3023	31.491
2	1.4913	0.2027	1.2505	0.4601	-0.098	1.2714	0.1205	-0.3666	-0.2307	0.1099	0.0711	0.0629	0.1654	-0.4095	-0.1916	0.2927	-0.0321	0.0787	0.2925	0.0731	0.2774	10.7528	1.8522	25.2183
3	3.8792	-0.705	-0.09	2.4464	1.2912	5.2788	-0.1095	-0.3112	-0.9206	0.279	0.1093	0.2367	0.7797	-0.3426	0.0002	0.2636	-0.14	0.0633	0.1457	0.1122	0.4521	5.212	-8.1552	17.8837
4	1.4993	-0.0047	0.2507	0.7225	-0.0248	0.9637	-0.0329	-0.1022	-0.2031	0.0422	0.0549	0.1166	0.1053	-0.2106	-0.022	0.0221	-0.0098	0.0025	0.1024	0.0139	0.0909	12.6593	7.65	11.5785
5	0.811	-0.1553	0.538	0.5323	-0.0352	1.4586	-0.0643	-0.0618	-0.0921	0.0819	0.0441	0.0707	0.0994	-0.1435	0.0202	0.043	0.0187	0.0074	0.0758	0.0049	0.1011	20.4005	10.646	18.8296
6	3.5362	0.8559	-1.3082	0.2315	-0.5233	2.287	-0.136	-0.283	-0.4404	-0.0545	-0.0789	-0.1206	0.2213	0.2121	0.2149	0.0593	0.0391	0.0264	0.1315	0.0135	0.1612	52.2696	12.6736	3.106
7	1.1328	0.0722	-1.8798	0.433	1.1036	6.6202	0.4705	-0.049	0.2319	-0.2953	0.0984	-0.042	-1.7158	0.3946	-0.5689	0.4717	-0.1043	0.1583	0.0741	-0.0267	0.1583	41.7942	37.8306	8.8563
8	5.2364	0.2946	-0.7265	3.6151	0.1516	3.5084	0.5271	-0.2127	0.2843	-0.3348	-0.0331	-0.3731	-1.0086	0.9483	-0.494	0.4095	-0.3155	0.2076	0.2999	-0.1115	0.2101	51.7921	44.0135	16.1393
9	0.4918	-0.5207	-0.6648	1.525	1.796	2.7871	0.2026	-0.1017	0.1209	-0.4704	0.0653	-0.2588	-0.7349	0.2554	-0.2679	0.2071	-0.0609	0.0593	0.0859	-0.0423	0.1194	36.7433	35.1483	22.6869
10	0.6245	-0.1415	-0.6491	0.529	0.8017	2.7266	0.0703	0.0171	0.0773	-0.1001	-0.0425	-0.0435	-0.3751	-0.0145	-0.0279	0.0605	0.0186	-0.0008	0.0652	-0.0169	0.1071	34.089	26.8487	14.6255

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	21 - 59
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	60 - 107
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	108 - 173
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	174 - 256
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 20
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	21 - 59
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	60 - 107
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	108 - 172
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	181 - 255

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