PDB-4ht7: CO2 concentrating mechanism protein P, CcmP form 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ht7

タイトル

CO2 concentrating mechanism protein P, CcmP form 2

要素

CO2 concentrating mechanism protein P

キーワード

PROTEIN BINDING / BMC / carboxysome

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of carboxysome shell / carboxysome / carbon fixation / photosynthesis
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechococcus elongatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.301 Å

データ登録者

Cai, F. / Sutter, M. / Kerfeld, C.A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: The structure of CcmP, a tandem bacterial microcompartment domain protein from the beta-carboxysome, forms a subcompartment within a microcompartment.
著者: Cai, F. / Sutter, M. / Cameron, J.C. / Stanley, D.N. / Kinney, J.N. / Kerfeld, C.A.

履歴

登録	2012年10月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月4日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ht7.cif.gz	453 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ht7.ent.gz	374.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ht7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/4ht7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/4ht7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ht5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lt5-1 5v75-d 3f56-d 4ht5-d 3fch-1 5suh-1 1k1e-4 5lsr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (3) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3)

登録構造単位

A: CO2 concentrating mechanism protein P

B: CO2 concentrating mechanism protein P

C: CO2 concentrating mechanism protein P

G: CO2 concentrating mechanism protein P

H: CO2 concentrating mechanism protein P

I: CO2 concentrating mechanism protein P

D: CO2 concentrating mechanism protein P

E: CO2 concentrating mechanism protein P

F: CO2 concentrating mechanism protein P

J: CO2 concentrating mechanism protein P

K: CO2 concentrating mechanism protein P

L: CO2 concentrating mechanism protein P

298 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CO2 concentrating mechanism protein P

B: CO2 concentrating mechanism protein P

C: CO2 concentrating mechanism protein P

D: CO2 concentrating mechanism protein P

E: CO2 concentrating mechanism protein P

F: CO2 concentrating mechanism protein P

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
149 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: CO2 concentrating mechanism protein P

H: CO2 concentrating mechanism protein P

I: CO2 concentrating mechanism protein P

J: CO2 concentrating mechanism protein P

K: CO2 concentrating mechanism protein P

L: CO2 concentrating mechanism protein P

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
149 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	175.335, 176.204, 200.538
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
1	2
2	2
3	2
4	2
5	2
6	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'A' and (resseq 17:219 )
2	1	1	chain 'B' and (resseq 17:219 )
3	1	1	chain 'C' and (resseq 17:219 )
4	1	1	chain 'G' and (resseq 17:219 )
5	1	1	chain 'H' and (resseq 17:219 )
6	1	1	chain 'I' and (resseq 17:219 )
1	1	2	chain 'D' and (resseq 17:219 )
2	1	2	chain 'E' and (resseq 17:219 )
3	1	2	chain 'F' and (resseq 17:219 )
4	1	2	chain 'J' and (resseq 17:219 )
5	1	2	chain 'K' and (resseq 17:219 )
6	1	2	chain 'L' and (resseq 17:219 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	CO2 concentrating mechanism protein P 分子量: 24846.258 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア) 株: ATCC 27144 / PCC 6301 / SAUG 1402/1 / 遺伝子: syc1000_c / プラスミド: pCOLADuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5N3D0, UniProt: Q31QW7*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

CO2 concentrating mechanism protein P

分子量: 24846.258 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Synechococcus elongatus (バクテリア)
株: ATCC 27144 / PCC 6301 / SAUG 1402/1 / 遺伝子: syc1000_c / プラスミド: pCOLADuet-1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5N3D0, UniProt: Q31QW7*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: 17% tacsimate, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→39.412 Å / Num. obs: 92592 / % possible obs: 98.6 % / R_merge(I) obs: 0.248 / R_sym value: 0.213 / Net I/σ(I): 9.71
反射シェル	解像度: 2.51→2.57 Å / R_merge(I) obs: 0.806 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / R_sym value: 0.759 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	autoMR	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX	autoMR	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.301→39.412 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2217	1900	2.18 %
R_work	0.1945	-	-
obs	0.1951	87185	93.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.301→39.412 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18636	0	0	19	18655

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	18864
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.548	25500
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.596	7044
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	2964
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	3348

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1553	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1553	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.006
1	3	C	1553	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
1	4	G	1553	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.005
1	5	H	1553	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.005
1	6	I	1553	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
2	1	D	1553	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	E	1553	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004
2	3	F	1553	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
2	4	J	1553	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.006
2	5	K	1553	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004
2	6	L	1553	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.301-3.3836	0.3553	123	0.2839	5318	X-RAY DIFFRACTION	82
3.3836-3.475	0.2734	122	0.2636	5670	X-RAY DIFFRACTION	87
3.475-3.5772	0.2779	126	0.2321	5843	X-RAY DIFFRACTION	90
3.5772-3.6926	0.243	127	0.2099	5882	X-RAY DIFFRACTION	91
3.6926-3.8244	0.2164	136	0.204	5997	X-RAY DIFFRACTION	92
3.8244-3.9774	0.2268	135	0.1863	6069	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9774-4.1582	0.1962	134	0.1817	6137	X-RAY DIFFRACTION	94
4.1582-4.3772	0.1961	139	0.1608	6210	X-RAY DIFFRACTION	95
4.3772-4.651	0.1778	137	0.1606	6237	X-RAY DIFFRACTION	96
4.651-5.0095	0.173	145	0.1519	6336	X-RAY DIFFRACTION	97
5.0095-5.5124	0.204	144	0.1842	6290	X-RAY DIFFRACTION	96
5.5124-6.3073	0.2417	140	0.2198	6278	X-RAY DIFFRACTION	95
6.3073-7.9358	0.2502	143	0.2018	6406	X-RAY DIFFRACTION	96
7.9358-39.4149	0.2043	149	0.1844	6612	X-RAY DIFFRACTION	96

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)