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万見
- PDB-4hr5: R2-like ligand-binding oxidase without metal cofactor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hr5
タイトルR2-like ligand-binding oxidase without metal cofactor
要素Ribonuleotide reductase small subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / R2-like ligand-binding oxidase / heterodinuclear Mn/Fe cofactor / ribonucleotide reductase R2 subunit fold / metalloprotein / manganese / iron / fatty acid/long-chain hydrocarbon ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribonucleotide biosynthetic process / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
R2-like ligand binding oxidase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / R2-like ligand binding oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.291 Å
データ登録者Griese, J.J. / Hogbom, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Direct observation of structurally encoded metal discrimination and ether bond formation in a heterodinuclear metalloprotein
著者: Griese, J.J. / Roos, K. / Cox, N. / Shafaat, H.S. / Branca, R.M.M. / Lehtio, J. / Graslund, A. / Lubitz, W. / Siegbahn, P.E.M. / Hogbom, M.
履歴
登録2012年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuleotide reductase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2192
ポリマ－36,9631
非ポリマー2561
水41423
1
A: Ribonuleotide reductase small subunit
ヘテロ分子

A: Ribonuleotide reductase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4384
ポリマ－73,9262
非ポリマー5132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area21680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.757, 97.043, 127.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-508-

HOH

21A-512-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribonuleotide reductase small subunit / R2-like ligand-binding oxidase


分子量: 36962.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
株: HTA246 / 遺伝子: GK2771 / プラスミド: pET-46 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5KW80, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.26 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 17.5%(w/v) PEG 1500, 0.1M HEPES-Na, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.96 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月25日
放射モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→30 Å / Num. all: 16220 / Num. obs: 16220 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 54.307 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 25.87
反射 シェル解像度: 2.29→2.43 Å / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.754 / Mean I/σ(I) obs: 4.13 / Num. unique all: 2540 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.291→28.378 Å / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2372 810 5 %random
Rwork0.1776 ---
all0.1805 16215 --
obs0.1805 16215 99.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.291→28.378 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2245 0 18 23 2286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152324
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4983135
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.318870
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079327
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007403
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.2905-2.4340.29521300.23722504263499
2.434-2.62180.281330.19825172650100
2.6218-2.88540.24081330.191325412674100
2.8854-3.30240.25011360.184525582694100
3.3024-4.15860.24081360.169525842720100
4.1586-28.38070.21451420.165427012843100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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