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- PDB-4hql: Crystal structure of magnesium-loaded Plasmodium vivax TRAP protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hql
タイトルCrystal structure of magnesium-loaded Plasmodium vivax TRAP protein
要素Sporozoite surface protein 2
キーワードCELL ADHESION / malaria / parasite motility / VWA domain / TSR domain / receptor on sporozoite / vaccine target / sporozoite surface
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TSP-1 type 1 repeat / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / von Willebrand factor, type A domain / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. ...TSP-1 type 1 repeat / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / von Willebrand factor, type A domain / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / Single Sheet / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sporozoite surface protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.241 Å
データ登録者Song, G. / Koksal, A.C. / Lu, C. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Shape change in the receptor for gliding motility in Plasmodium sporozoites.
著者: Song, G. / Koksal, A.C. / Lu, C. / Springer, T.A.
履歴
登録2012年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sporozoite surface protein 2
B: Sporozoite surface protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7428
ポリマ－59,9702
非ポリマー7726
水9,674537
1
A: Sporozoite surface protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3714
ポリマ－29,9851
非ポリマー3863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sporozoite surface protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3714
ポリマ－29,9851
非ポリマー3863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.601, 97.963, 159.254
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sporozoite surface protein 2 / Thrombospondin repeat anonymous protein / TRAP


分子量: 29985.148 Da / 分子数: 2 / 断片: adhesive domains (UNP residues 25-283) / 変異: S42Q, N91S, N128S, S180R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
株: Sal I / 遺伝子: SSP2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9TVF0
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-L-fucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 326.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3LFucpa1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1221m-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-L-Fucp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.27 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 15% PEG20000, EVAPORATION, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月12日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→41.72 Å / Num. all: 45629 / Num. obs: 45447 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 13.73
反射 シェル解像度: 2.24→2.28 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.36 / Rsym value: 0.353 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SHU

1shu


解像度: 2.241→41.72 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2043 2288 5.04 %
Rwork0.1629 --
obs0.165 45378 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.241→41.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4000 0 46 537 4583
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.015631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6581585
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071646
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004721
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.241-2.28970.24081500.20232580X-RAY DIFFRACTION97
2.2897-2.3430.19831600.1882624X-RAY DIFFRACTION100
2.343-2.40160.21821390.17842655X-RAY DIFFRACTION100
2.4016-2.46650.25431310.17972671X-RAY DIFFRACTION100
2.4665-2.53910.23621270.18432681X-RAY DIFFRACTION100
2.5391-2.6210.22791530.16872668X-RAY DIFFRACTION100
2.621-2.71470.19841270.16482699X-RAY DIFFRACTION100
2.7147-2.82330.1961330.16062680X-RAY DIFFRACTION100
2.8233-2.95180.20561590.16442670X-RAY DIFFRACTION100
2.9518-3.10740.22261420.16542697X-RAY DIFFRACTION100
3.1074-3.3020.22311440.16412693X-RAY DIFFRACTION100
3.302-3.55680.16961300.15822709X-RAY DIFFRACTION100
3.5568-3.91450.18791400.15092728X-RAY DIFFRACTION100
3.9145-4.48040.17411500.14312723X-RAY DIFFRACTION100
4.4804-5.64260.20011400.14612768X-RAY DIFFRACTION100
5.6426-41.72730.22471630.18362844X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.43451.08430.99892.18010.42393.8592-0.03650.37510.3454-0.29550.04260.0026-0.17380.0229-0.01910.17870.04080.02620.18360.04370.205225.5233-15.065-11.4901
23.40612.06271.40489.94889.38188.9647-0.0013-0.03840.24010.89130.21120.31580.14660.0996-0.24171.50210.04220.22570.5467-0.12911.013515.5741-42.7884-56.398
37.85792.8581-6.2990.8451-2.34415.01870.1678-0.7113-0.00840.16050.3187-0.3274-0.0189-0.6041-0.18870.5893-0.0023-0.07020.85230.36640.222211.9479-10.3608-39.7883
44.2587-0.01271.17574.31150.00435.19460.0524-0.0005-0.38610.1943-0.1967-0.77070.60890.91310.15140.34190.0780.00810.46670.17810.421127.2852-5.1853-59.1308
56.61745.8452-2.06376.02-3.41896.2018-0.0188-0.2371-0.3338-0.019-0.1057-0.05570.0958-0.06770.1470.23130.0652-0.02260.24510.08330.280514.10581.8391-63.6678
67.35150.02163.21267.42731.0972.0307-0.64960.18192.33220.64820.41880.8764-2.3371-0.84520.38240.74750.1341-0.09190.73890.11010.586414.355311.7965-57.077
71.93977.12351.82518.573-9.81752.03490.2875-0.30440.69790.70780.40520.0047-0.7216-0.3165-0.40880.9788-0.08580.11040.57980.05330.375814.6457-2.5558-41.0831
88.9118-1.4284-7.52353.05911.37828.4123-0.00010.28970.39250.0045-0.10050.1506-0.0924-0.09380.10780.1265-0.0077-0.0630.1933-0.00220.1834-6.836-16.3016-4.1493
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 30 through 239 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 240 through 283 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 29 through 50 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 51 through 163 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 164 through 199 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 200 through 215 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 216 through 239 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 240 through 283 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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