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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hqh | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Decamer Fluoro Carbocyclic LNA (R-F-cLNA) crystal structure | ||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / A-form DNA / carbocyclic LNA / cLNA / R-F-cLNA | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / MOL REP CCP4 / 解像度: 1.8 Å | データ登録者 | Seth, P.P. / Pallan, P.S. / Swayze, E.E. / Egli, M. | 引用 | ジャーナル: To be Published | タイトル: Properties of a Fluorinated Carbocyclic LNA Analog 著者: Seth, P.P. / Pallan, P.S. / Swayze, E.E. / Egli, M. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hqh.cif.gz | 21.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hqh.ent.gz | 14.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hqh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4hqh_validation.pdf.gz | 376 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4hqh_full_validation.pdf.gz | 375.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4hqh_validation.xml.gz | 3.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4hqh_validation.cif.gz | 4.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/4hqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/4hqh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3ey2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3075.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.3 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20 mM sodium cacodylate, pH 7.0, 40 mM potassium chloride, 6 mM Sodium Chloride, 6 mM spermine tetrahydrochloride, and 5% v/v 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0079 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月14日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0079 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→31.67 Å / Num. obs: 4674 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 35.35 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 244 / % possible all: 75.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: MOL REP CCP4 開始モデル: PDB ID 3EY2 解像度: 1.8→31.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 2.844 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 5 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.861 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→31.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.804→1.851 Å / Total num. of bins used: 20
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