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- PDB-4hq8: Crystal structure of a green-to-red photoconvertible DRONPA, pcDR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hq8
タイトルCrystal structure of a green-to-red photoconvertible DRONPA, pcDRONPA in the green-on-state
要素Fluorescent protein Dronpa
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Green-to-red fluorescent protein / DRONPA / Beta-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Fluorescent protein Dronpa
類似検索 - 構成要素
生物種Echinophyllia (無脊椎動物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Nguyen Bich, N. / Van Meervelt, L.
引用ジャーナル: ACS Nano / 年: 2014
タイトル: Green-to-red photoconvertible Dronpa mutant for multimodal super-resolution fluorescence microscopy
著者: Moeyaert, B. / Nguyen Bich, N. / De Zitter, E. / Rocha, S. / Clays, K. / Mizuno, H. / van Meervelt, L. / Hofkens, J. / Dedecker, P.
履歴
登録2012年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22014年4月23日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fluorescent protein Dronpa
B: Fluorescent protein Dronpa
C: Fluorescent protein Dronpa
D: Fluorescent protein Dronpa
E: Fluorescent protein Dronpa
F: Fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,67612
ポリマ－176,5996
非ポリマー1,0776
水21,4741192
1
A: Fluorescent protein Dronpa
B: Fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子

A: Fluorescent protein Dronpa
B: Fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,93412
ポリマ－117,7334
非ポリマー1,2018
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555x,-y,-z1
Buried area8630 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area32230 Å2
手法PISA
2
C: Fluorescent protein Dronpa
D: Fluorescent protein Dronpa
E: Fluorescent protein Dronpa
F: Fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,2096
ポリマ－117,7334
非ポリマー4772
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8410 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area32140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.378, 107.186, 180.183
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-544-

HOH

21A-630-

HOH

31B-473-

HOH

41F-425-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11CHAIN A AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)
21CHAIN B AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)
31CHAIN C AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)
41CHAIN D AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)
51CHAIN E AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)
61CHAIN F AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERARGARGCHAIN A AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)AA2 - 22138 - 255
12SERSERARGARGCHAIN A AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)AA2 - 22138 - 255
13SERSERARGARGCHAIN A AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)AA2 - 22138 - 255
14SERSERARGARGCHAIN A AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)AA2 - 22138 - 255
21METMETPROPROCHAIN B AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)BB1 - 22037 - 254
22METMETPROPROCHAIN B AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)BB1 - 22037 - 254
23METMETPROPROCHAIN B AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)BB1 - 22037 - 254
24METMETPROPROCHAIN B AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)BB1 - 22037 - 254
31SERSERPROPROCHAIN C AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)CC2 - 22038 - 254
32SERSERPROPROCHAIN C AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)CC2 - 22038 - 254
33SERSERPROPROCHAIN C AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)CC2 - 22038 - 254
34SERSERPROPROCHAIN C AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)CC2 - 22038 - 254
41SERSERPROPROCHAIN D AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)DD2 - 22038 - 254
42SERSERPROPROCHAIN D AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)DD2 - 22038 - 254
43SERSERPROPROCHAIN D AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)DD2 - 22038 - 254
44SERSERPROPROCHAIN D AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)DD2 - 22038 - 254
51ILEILEPROPROCHAIN E AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)EE4 - 22040 - 254
52ILEILEPROPROCHAIN E AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)EE4 - 22040 - 254
53ILEILEPROPROCHAIN E AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)EE4 - 22040 - 254
54ILEILEPROPROCHAIN E AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)EE4 - 22040 - 254
61VALVALARGARGCHAIN F AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)FF3 - 22139 - 255
62VALVALARGARGCHAIN F AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)FF3 - 22139 - 255
63VALVALARGARGCHAIN F AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)FF3 - 22139 - 255
64VALVALARGARGCHAIN F AND (NAME C OR NAME CA OR NAME N OR NAME O) AND (RESID 5:60 OR RESID 66:217)FF3 - 22139 - 255

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要素

#1: タンパク質
Fluorescent protein Dronpa / Green Fluorescent Protein


分子量: 29433.164 Da / 分子数: 6 / 変異: V60A, C62H, N94S, N102I, E218G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Echinophyllia (無脊椎動物) / 株: SC22 / 遺伝子: Dronpa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5TLG6
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUE CYS 62 MUTATED TO HIS 62. HIS 62, TYR 63 AND GLY 64 CIRCULARIZED INTO ONE CHROMOPHORE, CR8.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.84 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25%(w/v) PEG 3350, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年1月15日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→28.92 Å / Num. all: 101878 / Num. obs: 101878 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 22.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.676 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 14754 / Rsym value: 0.676 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Z1O

2z1o


解像度: 1.95→28.456 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / SU ML: 0.25 / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.62 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2351 5085 4.99 %RANDOM
Rwork0.184 ---
all0.199 101848 --
obs0.1866 101833 99.07 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.78 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 86.06 Å2 / Biso mean: 26.2652 Å2 / Biso min: 8.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.2269 Å20 Å2-0 Å2
2--10.0034 Å20 Å2
3----5.7765 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→28.456 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10427 0 39 1192 11658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910858
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28914705
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0931492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061915
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6254044
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A828X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.058
12B828X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.058
13C830X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.058
14D828X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
15E825X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
16F827X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-1.97220.32961630.28713179334299
1.9722-1.99540.28351680.26343198336699
1.9954-2.01970.32671500.26063243339399
2.0197-2.04530.31481410.2443179332099
2.0453-2.07220.32231830.24093201338499
2.0722-2.10050.31831790.23943160333999
2.1005-2.13050.30061600.22843217337799
2.1305-2.16230.28761580.222631973355100
2.1623-2.19610.28271670.225832483415100
2.1961-2.23210.27971560.221331953351100
2.2321-2.27060.2661840.218832103394100
2.2706-2.31180.31031540.210732353389100
2.3118-2.35630.2841670.207532273394100
2.3563-2.40430.25261580.19632343392100
2.4043-2.45660.24571790.192631973376100
2.4566-2.51370.26561750.232263401100
2.5137-2.57650.27451770.201632283405100
2.5765-2.64610.24341640.203432403404100
2.6461-2.7240.27811550.198132413396100
2.724-2.81180.26921840.184132453429100
2.8118-2.91220.27151760.195932363412100
2.9122-3.02870.24411800.190532273407100
3.0287-3.16640.24091570.18743266342399
3.1664-3.3330.23211980.17623194339299
3.333-3.54150.18791700.16963239340999
3.5415-3.81440.21331590.15233281344099
3.8144-4.19710.17161850.14293239342499
4.1971-4.80190.16421720.12363232340498
4.8019-6.04040.16961670.13583264343197
6.0404-28.45930.20461990.18323270346994

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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