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- PDB-4hpy: Crystal structure of RV144-elicited antibody CH59 in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hpy
タイトルCrystal structure of RV144-elicited antibody CH59 in complex with V2 peptide
要素
  • CH59 Fab heavy chain
  • CH59 Fab light chain
  • Envelope glycoprotein gp160
キーワードImmune System/Viral Protein / immunoglobulin / Immune System-Viral Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response ...immunoglobulin complex / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain ...Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Ig-like domain-containing protein / IGL@ protein / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者McLellan, J.S. / Gorman, J. / Haynes, B.F. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2013
タイトル: Vaccine Induction of Antibodies against a Structurally Heterogeneous Site of Immune Pressure within HIV-1 Envelope Protein Variable Regions 1 and 2.
著者: Liao, H.X. / Bonsignori, M. / Alam, S.M. / McLellan, J.S. / Tomaras, G.D. / Moody, M.A. / Kozink, D.M. / Hwang, K.K. / Chen, X. / Tsao, C.Y. / Liu, P. / Lu, X. / Parks, R.J. / Montefiori, D.C. ...著者: Liao, H.X. / Bonsignori, M. / Alam, S.M. / McLellan, J.S. / Tomaras, G.D. / Moody, M.A. / Kozink, D.M. / Hwang, K.K. / Chen, X. / Tsao, C.Y. / Liu, P. / Lu, X. / Parks, R.J. / Montefiori, D.C. / Ferrari, G. / Pollara, J. / Rao, M. / Peachman, K.K. / Santra, S. / Letvin, N.L. / Karasavvas, N. / Yang, Z.Y. / Dai, K. / Pancera, M. / Gorman, J. / Wiehe, K. / Nicely, N.I. / Rerks-Ngarm, S. / Nitayaphan, S. / Kaewkungwal, J. / Pitisuttithum, P. / Tartaglia, J. / Sinangil, F. / Kim, J.H. / Michael, N.L. / Kepler, T.B. / Kwong, P.D. / Mascola, J.R. / Nabel, G.J. / Pinter, A. / Zolla-Pazner, S. / Haynes, B.F.
履歴
登録2012年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: CH59 Fab heavy chain
L: CH59 Fab light chain
P: Envelope glycoprotein gp160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4565
ポリマ－49,2723
非ポリマー1842
水9,386521
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5500 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.888, 79.150, 127.112
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 CH59 Fab heavy chain


分子量: 23943.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6N089*PLUS
#2: 抗体 CH59 Fab light chain


分子量: 22978.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N5F4*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein gp160


分子量: 2349.812 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 160-178 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Peptide derived from HIV-1 gp120 V2 region
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q9WLG7, UniProt: G9HS63*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% (w/v) PEG8000, 30% isopropanol, 0.1M imidazole pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月12日
放射モノクロメーター: Si220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 68734 / Num. obs: 68734 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.874 / Num. unique all: 3359 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4HPO

4hpo


解像度: 1.5→19.892 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1873 3473 5.06 %random
Rwork0.1707 ---
obs0.1715 68657 99.84 %-
all-68657 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.892 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3335 0 12 521 3868
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043445
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9984685
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1981236
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067526
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005600
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.51880.24221100.20652493X-RAY DIFFRACTION96
1.5188-1.54050.21471390.2062571X-RAY DIFFRACTION100
1.5405-1.56350.2151260.19522555X-RAY DIFFRACTION100
1.5635-1.58790.20061230.18542587X-RAY DIFFRACTION100
1.5879-1.61390.18971390.18742630X-RAY DIFFRACTION100
1.6139-1.64180.16541220.1772541X-RAY DIFFRACTION100
1.6418-1.67160.21721380.17992640X-RAY DIFFRACTION100
1.6716-1.70370.2291430.17572522X-RAY DIFFRACTION100
1.7037-1.73850.2151300.17052606X-RAY DIFFRACTION100
1.7385-1.77630.18291190.17432593X-RAY DIFFRACTION100
1.7763-1.81760.21511300.17032614X-RAY DIFFRACTION100
1.8176-1.8630.17391450.17742582X-RAY DIFFRACTION100
1.863-1.91330.20621380.16692611X-RAY DIFFRACTION100
1.9133-1.96960.17421410.16172589X-RAY DIFFRACTION100
1.9696-2.03310.1941580.16782573X-RAY DIFFRACTION100
2.0331-2.10570.18761400.15762606X-RAY DIFFRACTION100
2.1057-2.18990.17611340.15752617X-RAY DIFFRACTION100
2.1899-2.28940.16741430.16772601X-RAY DIFFRACTION100
2.2894-2.40990.20921430.16882613X-RAY DIFFRACTION100
2.4099-2.56060.18711860.18022589X-RAY DIFFRACTION100
2.5606-2.75780.18721420.17952616X-RAY DIFFRACTION100
2.7578-3.03450.19891450.17612665X-RAY DIFFRACTION100
3.0345-3.47160.17431520.1682648X-RAY DIFFRACTION100
3.4716-4.36620.17491240.15772712X-RAY DIFFRACTION100
4.3662-19.8920.17721630.17112810X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.59050.2246-0.43381.7798-0.70721.93020.02260.0598-0.0141-0.120.0130.03080.1220.011-0.03120.0852-0.0008-0.00440.0518-0.01780.062442.634726.759165.4204
22.25030.0126-0.18291.7165-0.08611.5666-0.0318-0.10320.1786-0.0010.04020.0465-0.0531-0.1173-0.00240.10910.00880.01020.0762-0.00070.096815.438723.583493.9722
32.0802-0.2207-0.85391.17450.12431.305-0.0123-0.10440.08410.02150.0522-0.0331-0.02720.0042-0.02870.0606-0.0127-0.01350.0737-0.00880.097837.342747.685570.1887
40.8537-0.18720.28261.7641-1.05381.93680.0054-0.0577-0.05270.1738-0.0069-0.048-0.00210.07610.00130.08860.0080.0020.0708-0.00450.08225.588635.416597.693
53.8753-0.2113-0.87763.43791.22033.6766-0.04270.180.1136-0.2260.0552-0.4515-0.22870.46230.0150.0769-0.02030.00860.12570.00190.117552.434941.988661.191
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 2:120 )H2 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 121:213 )H121 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN L AND RESID 0:109 )L0 - 109
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN L AND RESID 110:210 )L110 - 210
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN P AND RESID 168:178 )P168 - 178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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