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万見
- PDB-4hp8: Crystal structure of a putative 2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogena... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hp8
タイトルCrystal structure of a putative 2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase from Agrobacterium Tumefaciens (target EFI-506435) with bound NADP
要素2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase activity / NAD binding
類似検索 - 分子機能
2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate 5-dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Bouvier, J.T. / Groninger-Poe, F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative 2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase from Agrobacterium Tumefaciens (target EFI-506435) with bound NADP
著者: Vetting, M.W. / Bouvier, J.T. / Groninger-Poe, F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2012年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
B: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0945
ポリマ－51,5482
非ポリマー1,5463
水10,827601
1
A: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
B: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
B: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,18810
ポリマ－103,0974
非ポリマー3,0926
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area18090 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area31510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.022, 93.022, 109.285
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-506-

HOH

21A-602-

HOH

31B-492-

HOH

41B-581-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase


分子量: 25774.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: kduD, Atu3141 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9CEQ9
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 601 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein (10mM Tris, pH 7.9), Reservoir (0.1 M Bis-Tris:HCl, pH 6.5, 2.0 M Ammonium Sulfate, 10 mM NADP), Cryoprotection (Reservoir + 20% Ethylene glycol), vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→109.285 Å / Num. all: 105259 / Num. obs: 105259 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.35-1.4214.40.7551218771151460.75599.8
1.42-1.5114.50.5251.4207687143590.52599.9
1.51-1.6114.50.3442.1195934135450.344100
1.61-1.7414.50.2443183202126110.244100
1.74-1.9114.60.1634.5170780116870.163100
1.91-2.1314.70.1185.6156040105820.118100
2.13-2.4614.80.1254.613874293810.125100
2.46-3.0214.80.0976.211829480180.097100
3.02-4.2714.60.04812.49172563010.048100
4.27-25.813.60.03516.44952536290.03599.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOSFLMデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3UF0

3uf0


解像度: 1.35→25.8 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / FOM work R set: 0.9262 / SU ML: 0.09 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 13.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1562 5254 5 %RANDOM
Rwork0.1386 ---
all0.1395 105176 --
obs0.1395 105176 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 63.89 Å2 / Biso mean: 12.5098 Å2 / Biso min: 2.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→25.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3609 0 100 601 4310
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0153840
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7225239
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1598
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009681
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3021364
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.35-1.36530.20351590.190133113470
1.3653-1.38140.18631720.176632683440
1.3814-1.39820.18621860.172332533439
1.3982-1.41590.18791810.165332923473
1.4159-1.43460.16581620.15732933455
1.4346-1.45420.18471560.155432943450
1.4542-1.4750.17851790.155332933472
1.475-1.4970.18171890.149832753464
1.497-1.52040.16341740.132132703444
1.5204-1.54530.14361780.128933193497
1.5453-1.5720.16051730.130332863459
1.572-1.60060.16081560.128233213477
1.6006-1.63130.16111570.124333363493
1.6313-1.66460.15561880.12632723460
1.6646-1.70080.15541700.126932963466
1.7008-1.74040.13831900.120933183508
1.7404-1.78390.1351650.12633253490
1.7839-1.83210.14311620.128733163478
1.8321-1.8860.16031810.128333243505
1.886-1.94690.14891760.129433313507
1.9469-2.01640.14451800.128233133493
2.0164-2.09710.16561840.136233243508
2.0971-2.19250.14511710.126133613532
2.1925-2.3080.13641760.133833403516
2.308-2.45250.16971760.138433763552
2.4525-2.64170.15791880.138833413529
2.6417-2.90720.1581660.147434003566
2.9072-3.32720.16591780.143634093587
3.3272-4.1890.13581770.133434563633
4.189-25.80430.15722040.149936093813
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.39410.16240.05770.1495-0.02730.17190.0219-0.0732-0.02820.0546-0.0187-0.04080.0020.024400.0512-0.0031-0.01430.05630.00160.06432.54811.410816.3028
20.2029-0.01820.22450.3248-0.04680.2434-0.017-0.03170.01820.02010.0004-0.0603-0.00240.0365-0.00070.0336-0.00510.00380.0482-0.00560.051929.752514.17596.0229
30.43440.1410.09690.1555-0.2111-0.0380.0179-0.08360.02370.04120.0078-0.003-0.01150.00060.00030.03840.00210.00410.0396-0.01190.03416.85086.13139.6729
40.2748-0.1324-0.0760.2919-0.26510.23240.0266-0.0549-0.0844-0.093-0.0886-0.09290.18780.0229-0.0140.1530.01440.01640.03530.00570.092713.351-23.94668.7572
50.406-0.06860.19780.35670.02290.08540.0295-0.0331-0.0867-0.0277-0.00560.03150.1533-0.0738-0.020.097-0.03220.00740.05570.00210.0613-2.7965-18.21015.347
60.3182-0.03790.01820.2189-0.10860.01330.00450.0079-0.0359-0.0211-0.00160.01040.0488-0.030100.0614-0.00930.00850.0406-0.00690.04054.5539-9.27141.7871
70.0384-0.0574-0.05190.0840.07840.04770.02890.02210.0153-0.1128-0.0411-0.03450.07380.0047-00.08230.00820.00480.0534-0.01950.061716.6465-9.3005-13.4347
80.20470.03710.10540.0725-0.030.04850.0040.004-0.00780.0044-0.0198-0.04060.0456-0.014900.05540.00010.00640.0386-0.00270.053914.3723-7.03644.851
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 3:53)A0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 54:128)A0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 129:247)A0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 2:54)B0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 55:128)B0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 129:196)B0
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 197:214)B0
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 215:247)B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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