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Yorodumi- PDB-4hp8: Crystal structure of a putative 2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogena... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hp8 | ||||||
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Title | Crystal structure of a putative 2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase from Agrobacterium Tumefaciens (target EFI-506435) with bound NADP | ||||||
Components | 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Agrobacterium tumefaciens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.35 Å | ||||||
Authors | Vetting, M.W. / Bouvier, J.T. / Groninger-Poe, F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of a putative 2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase from Agrobacterium Tumefaciens (target EFI-506435) with bound NADP Authors: Vetting, M.W. / Bouvier, J.T. / Groninger-Poe, F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hp8.cif.gz | 202.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4hp8.ent.gz | 160.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hp8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4hp8_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4hp8_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 4hp8_validation.xml.gz | 26.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4hp8_validation.cif.gz | 39.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/4hp8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/4hp8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3uf0S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25774.166 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Agrobacterium tumefaciens (bacteria) / Strain: C58 / ATCC 33970 / Gene: kduD, Atu3141 / Plasmid: pET / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A9CEQ9 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-ACT / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: Protein (10mM Tris, pH 7.9), Reservoir (0.1 M Bis-Tris:HCl, pH 6.5, 2.0 M Ammonium Sulfate, 10 mM NADP), Cryoprotection (Reservoir + 20% Ethylene glycol), vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9793 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Oct 18, 2012 / Details: MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.35→109.285 Å / Num. all: 105259 / Num. obs: 105259 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 15.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3UF0 Resolution: 1.35→25.8 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / FOM work R set: 0.9262 / SU ML: 0.09 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Phase error: 13.39 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 63.89 Å2 / Biso mean: 12.5098 Å2 / Biso min: 2.83 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.35→25.8 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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