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万見
- PDB-4hp3: Crystal structure of Tet3 in complex with a CpG dsDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hp3
タイトルCrystal structure of Tet3 in complex with a CpG dsDNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
  • LOC100036628 protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / CXXC / DNA methylation / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


methylcytosine dioxygenase / 5-methylcytosine dioxygenase activity / : / chromosomal 5-methylcytosine DNA demethylation pathway / eye development / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / methyl-CpG binding / chromosome / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Methylcytosine dioxygenase TET1/2/3 / : / Oxygenase domain of the 2OGFeDO superfamily / 2OGFeDO, oxygenase domain / Oxygenase domain of the 2OGFeDO superfamily / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methylcytosine dioxygenase tet3
類似検索 - 構成要素
生物種XENOPUS TROPICALIS
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Chao, X. / Tempel, W. / Bian, C. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Tet3 CXXC Domain and Dioxygenase Activity Cooperatively Regulate Key Genes for Xenopus Eye and Neural Development.
著者: Xu, Y. / Xu, C. / Kato, A. / Tempel, W. / Abreu, J.G. / Bian, C. / Hu, Y. / Hu, D. / Zhao, B. / Cerovina, T. / Diao, J. / Wu, F. / He, H.H. / Cui, Q. / Clark, E. / Ma, C. / Barbara, A. / ...著者: Xu, Y. / Xu, C. / Kato, A. / Tempel, W. / Abreu, J.G. / Bian, C. / Hu, Y. / Hu, D. / Zhao, B. / Cerovina, T. / Diao, J. / Wu, F. / He, H.H. / Cui, Q. / Clark, E. / Ma, C. / Barbara, A. / Veenstra, G.J. / Xu, G. / Kaiser, U.B. / Liu, X.S. / Sugrue, S.P. / He, X. / Min, J. / Kato, Y. / Shi, Y.G.
履歴
登録2012年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
C: LOC100036628 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8888
ポリマ－15,7573
非ポリマー1315
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area7060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.892, 39.455, 54.134
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN.

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 LOC100036628 protein


分子量: 8430.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) XENOPUS (SILURANA) TROPICALIS (ネッタイツメガエル)
プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: A0JP82
#3: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG-1500, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→34.42 Å / Num. obs: 9281 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 3.71 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 12.5727
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.05-2.163.710.6749961345199.85
2.16-2.293.720.3947111267199.92
2.29-2.453.750.2445231206199.79
2.45-2.653.750.1441691111199.81
2.65-2.93.730.138401029199.75
2.9-3.243.730.063456926199.89
3.24-3.743.730.043078825199.68
3.74-4.583.70.042619708199.7
4.58-6.483.590.041976550199.9
6.48-34.423.350.041052314199.03

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0027精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: unpublished model of complex between same protein construct and a methylated DNA fragment. That structure was solved by a combination of zinc-SAD (SHELXD/E) and molecular replacement ...開始モデル: unpublished model of complex between same protein construct and a methylated DNA fragment. That structure was solved by a combination of zinc-SAD (SHELXD/E) and molecular replacement in "density" mode (MOLREP), using ideal DNA (COOT) and human MLL2 (currently unpublished) as search models.

解像度: 2.05→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.256 / WRfactor Rwork: 0.22 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.214 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. COOT and the MOLPROBITY server were also used during refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2434 452 4.87 %RANDOM
Rwork0.2155 ---
obs0.217 9281 99.678 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso max: 122.83 Å2 / Biso mean: 52.769 Å2 / Biso min: 27.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å20 Å20.395 Å2
2---0.739 Å20 Å2
3---1.875 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数384 486 5 23 898
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.014940
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3591.6021359
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.163.011530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.013550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.3422014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.941579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.48156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021719
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02213
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.1030.415320.32165168599.708
2.103-2.160.345300.278631661100
2.16-2.2230.288350.268628663100
2.223-2.2910.297270.26756859699.832
2.291-2.3650.187240.24360162699.84
2.365-2.4480.292320.23254257699.653
2.448-2.540.312250.23853155899.642
2.54-2.6420.365280.257527555100
2.642-2.7590.264190.28849051299.414
2.759-2.8920.278220.287499521100
2.892-3.0470.312330.24436469100
3.047-3.230.289280.2542445399.779
3.23-3.450.244250.17839942699.531
3.45-3.7230.178140.238239799.748
3.723-4.0720.201240.18935337999.472
4.072-4.5420.135170.16631733599.701
4.542-5.2240.225140.19128229799.663
5.224-6.3510.22380.183249257100
6.351-8.7860.19270.18819620599.024
8.786-300.26680.19312013098.462
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.09495.251-0.6899.47110.45654.6317-0.64840.9541-0.2178-0.55340.51980.1219-0.08170.03590.12860.2734-0.21140.08670.5299-0.10940.1427-18.4712-18.9198.1644
29.51266.45320.55327.80030.91415.0148-0.16530.30010.0626-0.40540.13930.29390.1253-0.26410.0260.2464-0.0713-0.01690.34590.01360.1683-18.7733-18.05529.3508
33.86360.4324-2.173110.30050.30645.4021-0.07720.37380.003-0.54850.1085-0.0284-0.1633-0.1043-0.03130.275-0.06990.02210.1512-0.00650.0413-19.7853-17.356719.5889
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 12
3X-RAY DIFFRACTION3C59 - 109

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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