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- PDB-4hoi: Crystal structure of PAS domain from the mouse EAG1 potassium channel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hoi
タイトルCrystal structure of PAS domain from the mouse EAG1 potassium channel
要素Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Potassium channel domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Voltage gated Potassium channels / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / delayed rectifier potassium channel activity / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / nuclear inner membrane / phosphatidylinositol bisphosphate binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis / parallel fiber to Purkinje cell synapse / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport ...Voltage gated Potassium channels / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / delayed rectifier potassium channel activity / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / nuclear inner membrane / phosphatidylinositol bisphosphate binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis / parallel fiber to Purkinje cell synapse / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / cellular response to calcium ion / postsynaptic density membrane / regulation of cell population proliferation / presynaptic membrane / early endosome membrane / perikaryon / calmodulin binding / axon / dendrite / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage-dependent, EAG / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain ...Potassium channel, voltage-dependent, EAG / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS repeat profile. / PAS domain / RmlC-like jelly roll fold / PAS domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-gated delayed rectifier potassium channel KCNH1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Adaixo, R. / Morais-Cabral, J.H.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural properties of PAS domains from the KCNH potassium channels
著者: Adaixo, R. / Harley, C.A. / Castro-Rodrigues, A.F. / Morais-Cabral, J.H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic characterization of the PAS domains of EAG and ELK potassium channels
著者: Adaixo, R. / Morais-Cabral, J.H.
履歴
登録2012年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
B: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
C: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
D: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,78510
ポリマ－53,2094
非ポリマー5766
水7,116395
1
A: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3982
ポリマ－13,3021
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4943
ポリマ－13,3021
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3982
ポリマ－13,3021
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4943
ポリマ－13,3021
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
ヘテロ分子

D: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8935
ポリマ－26,6042
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_665-x+1,-x+y+1,-z+2/31
Buried area1440 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11440 Å2
手法PISA
6
B: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
C: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8935
ポリマ－26,6042
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.276, 91.276, 172.521
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The biological unit is most likely a monomer. There are 4 biological units in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質
Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1 / Ether-a-go-go potassium channel 1 / EAG channel 1 / EAG1 / m-eag / Voltage-gated potassium channel ...Ether-a-go-go potassium channel 1 / EAG channel 1 / EAG1 / m-eag / Voltage-gated potassium channel subunit Kv10.1


分子量: 13302.239 Da / 分子数: 4 / 断片: PAS domain of KCNH1 channel, UNP residues 28-137 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Eag, Kcnh1 / プラスミド: pet15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q60603
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.3M ammonium sulfate, 0.25M lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→79.06 Å / Num. all: 71849 / Num. obs: 71849 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2.1 / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.85-1.955.50.5631.30.5631100
1.95-2.075.50.3432.20.3431100
2.07-2.215.50.2122.30.2121100
2.21-2.395.50.1534.70.1531100
2.39-2.629.30.1564.50.1561100
2.62-2.9311.10.116.40.111100
2.93-3.38110.077.70.071100
3.38-4.1410.90.0512.60.051100
4.14-5.8510.70.04213.60.0421100
5.85-43.1539.60.03913.70.039199.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
PHENIX1.8.1_1168精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BYW

1byw


解像度: 1.85→40.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.15 / SU R Cruickshank DPI: 0.0996 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.01 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1924 3629 5.06 %
Rwork0.1664 --
obs0.1677 71734 99.97 %
all-71743 -
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.8497 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20.17 Å2-0 Å2
2--0.34 Å2-0 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→40.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3675 0 30 395 4100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113924
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2145335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0361458
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081576
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005672
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.85-1.87430.23871430.24282591
1.8743-1.90.23661390.2192613
1.9-1.92720.2815980.2082587
1.9272-1.95590.22051170.19852597
1.9559-1.98650.23681390.20382626
1.9865-2.01910.21351330.1952590
2.0191-2.05390.20561460.17632568
2.0539-2.09120.20051280.17452567
2.0912-2.13140.19971460.16762593
2.1314-2.17490.21811430.16612607
2.1749-2.22220.2081500.16552599
2.2222-2.27390.22271190.1622608
2.2739-2.33080.18981510.15892576
2.3308-2.39380.18191610.15682613
2.3938-2.46420.19171290.16292621
2.4642-2.54370.22721380.17212596
2.5437-2.63460.19351370.17622593
2.6346-2.74010.21341600.17652586
2.7401-2.86480.20841490.18062630
2.8648-3.01580.20051410.18212608
3.0158-3.20470.20711250.17772654
3.2047-3.4520.19741350.16662662
3.452-3.79910.17581630.14872628
3.7991-4.34830.1631620.13212650
4.3483-5.47620.14651430.12372702
5.4762-40.34970.19331340.20152840
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.92381.2639-2.38115.1257-1.37754.6739-0.09190.1640.2918-0.01990.12850.1207-0.0137-0.0895-0.03270.19360.1183-0.02410.2005-0.04070.239910.496656.923547.4411
25.0537-3.0978-2.3123.01112.26712.0825-0.2271-0.4507-0.26880.54160.3325-0.29870.67040.6061-0.09780.35990.1781-0.04610.3229-0.03830.246416.406547.852250.266
33.6227-2.673-1.20883.51260.90312.19690.41520.14210.3671-0.8973-0.132-0.3821-0.9001-0.1682-0.15380.48540.18440.03230.23690.01670.277415.277455.686536.1101
43.1371-2.2968-0.96464.3060.83341.63810.07090.0914-0.1884-0.2325-0.07220.2081-0.4137-0.3043-0.01740.42810.2292-0.06390.3048-0.05760.245312.079150.923337.2675
51.1302-2.0145-1.50024.00692.75081.90540.33610.3023-0.1402-0.1865-0.52880.17190.013-0.33490.05990.22660.3629-0.06510.1667-0.14640.3026.984551.486940.6348
62.8539-1.5309-0.82745.70913.54423.8715-0.01370.1864-0.15640.1305-0.16360.2860.1088-0.11120.1530.19550.0853-0.02970.2282-0.05740.21815.161154.911644.4888
76.28160.06594.59234.35440.54555.994-0.00380.43460.0622-0.2664-0.13260.22010.03350.21020.08520.28820.09820.02990.2374-0.06890.239222.993721.223217.3985
85.8258-2.7365-1.66815.32013.31934.3553-0.2668-0.3353-0.23120.5823-0.29540.90020.3424-0.60790.53120.31560.0310.10770.2454-0.08040.33316.637319.627826.6603
93.5617-2.4065-1.38825.62251.38481.92110.03970.35780.1094-0.9776-0.23850.2764-0.5623-0.69990.17230.47360.2114-0.10840.3037-0.07070.241417.60732.089516.4887
103.9797-1.0991-1.64163.92732.66345.2421-0.01530.25760.1457-1.0158-0.1553-0.1422-0.5092-0.23490.16070.47720.120.03310.20820.00080.245524.690232.300117.3888
110.7776-0.591-0.80313.77561.35832.8869-0.14050.0149-0.00440.0155-0.07510.125-0.0958-0.33890.22670.25990.09070.00380.2071-0.05440.235521.972429.154623.7651
122.001-4.5539-5.03174.80820.23023.73120.30990.9743-0.34-1.5266-0.6767-0.36530.2095-0.27980.23580.5390.08650.13540.2464-0.03970.300332.846113.48324.9215
131.4203-2.1301-1.79965.73895.09126.7341-0.1564-0.10340.1315-0.0176-0.0414-0.1316-0.1125-0.0650.16660.29940.0749-0.00010.1541-0.02060.231326.190128.179423.3167
143.37060.72931.83912.44931.1941.82080.0599-0.113-0.05040.2019-0.0827-0.0071-0.67140.06460.06040.3095-0.03490.03520.1301-0.02050.192330.73899.046220.8696
154.3553-0.1741-1.00995.53861.89878.5689-0.01510.1651-0.14720.0057-0.21381.14920.1596-0.84110.26320.23260.00070.02050.2211-0.08950.395721.38453.081714.8721
168.7311-3.2557-0.3242.71481.68793.34230.0493-0.3387-0.64690.48570.09210.36950.6616-0.0539-0.08960.3881-0.02820.04010.1150.01960.280930.4846-3.520720.7263
173.2629-3.08910.77983.41780.35672.60390.0438-0.5707-0.62851.2320.193-1.36920.47710.4443-0.2070.41870.0908-0.1150.21620.0010.478341.8048-1.10621.7314
185.83115.20460.53448.9921-1.10792.3363-0.0577-0.0213-0.1823-0.02620.043-1.16730.1120.19870.02970.28290.01710.02280.1881-0.06180.370639.12560.83215.4136
190.85770.49850.02033.35261.50862.7415-0.07930.0129-0.02930.01560.1102-0.01130.00820.0547-0.0610.27810.01510.04610.1355-0.05030.262333.51874.875414.8458
201.83821.40070.79776.30182.5873.9887-0.06530.2386-0.2326-0.4552-0.0215-0.07890.34890.03110.02760.36470.02240.08480.1528-0.04180.25933.70162.542110.3669
218.728-4.6389-0.76856.56741.31752.7903-0.0945-0.11260.2256-0.31250.1852-0.3860.22570.2633-0.04060.3380.0616-0.0320.1479-0.00960.220142.273125.407954.8277
223.7276-2.94940.96736.1296-1.69327.42880.06540.0087-0.2716-0.431-0.09680.55350.4034-0.49350.05910.34030.0115-0.10410.1059-0.02730.263530.551123.528152.085
233.7025-0.75230.71343.4232-0.36631.8920.25040.005-0.2849-0.4375-0.00790.1405-0.4269-0.1333-0.17960.4950.0548-0.10280.1404-0.03230.244732.329518.479247.9613
244.98576.2606-4.74067.8559-5.95034.50480.0090.1488-0.4042-0.67630.0114-0.27940.08420.0870.10040.41180.0487-0.02010.1764-0.03170.240440.874321.831649.1955
256.78431.5821-1.30933.5471-4.70016.3253-0.15430.58650.0246-0.94420.19610.2578-0.20040.0969-0.02880.65760.0730.03170.27560.01760.192338.713730.09338.199
263.9567-0.36473.77982.9493-1.39773.9822-0.14621.05840.1641-1.0443-0.0112-0.6201-0.23991.06650.16790.4593-0.02330.07970.35530.01820.276447.081935.298345.4673
274.49251.16233.67092.72680.99513.0214-0.26150.36690.3577-0.7010.02280.1501-0.38570.40840.27350.4095-0.005-0.0510.20270.03080.243540.464536.378148.2394
285.5443-1.28263.32944.2426-6.55822.00230.1440.1823-0.07110.34450.011-0.74280.4339-0.20160.06220.56430.079-0.13070.2183-0.09550.313829.089424.878137.5595
293.7698-1.58333.53831.2408-1.43275.6932-0.3881-0.02660.2296-0.31750.04610.0756-0.5695-0.16380.24680.43440.0086-0.13380.1338-0.010.247736.264834.968550.2498
303.43313.5767-4.10843.7273-4.27964.922-0.293-1.0255-0.03070.81650.2651-1.1822-0.85291.72710.15720.34950.0294-0.12920.40230.00870.317249.659531.538469.1171
313.8409-1.36031.16984.7501-1.4283.3781-0.4043-0.18480.5711-0.20450.1990.3353-0.445-0.51360.12040.34170.0859-0.10040.1966-0.02480.273735.199734.484453.7677
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 25:41)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 42:60)
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resseq 61:88)
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resseq 89:105)
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and (resseq 106:117)
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and (resseq 118:137)
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and (resseq 24:41)
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and (resseq 42:60)
9X-RAY DIFFRACTION9chain B and (resseq 61:88)
10X-RAY DIFFRACTION10chain B and (resseq 89:100)
11X-RAY DIFFRACTION11chain B and (resseq 101:117)
12X-RAY DIFFRACTION12chain B and (resseq 118:122)
13X-RAY DIFFRACTION13chain B and (resseq 123:137)
14X-RAY DIFFRACTION14chain C and (resseq 28:41)
15X-RAY DIFFRACTION15chain C and (resseq 42:60)
16X-RAY DIFFRACTION16chain C and (resseq 61:76)
17X-RAY DIFFRACTION17chain C and (resseq 77:88)
18X-RAY DIFFRACTION18chain C and (resseq 89:100)
19X-RAY DIFFRACTION19chain C and (resseq 101:122)
20X-RAY DIFFRACTION20chain C and (resseq 123:137)
21X-RAY DIFFRACTION21chain D and (resseq 28:41)
22X-RAY DIFFRACTION22chain D and (resseq 42:53)
23X-RAY DIFFRACTION23chain D and (resseq 54:60)
24X-RAY DIFFRACTION24chain D and (resseq 61:67)
25X-RAY DIFFRACTION25chain D and (resseq 68:76)
26X-RAY DIFFRACTION26chain D and (resseq 77:88)
27X-RAY DIFFRACTION27chain D and (resseq 89:100)
28X-RAY DIFFRACTION28chain D and (resseq 101:105)
29X-RAY DIFFRACTION29chain D and (resseq 106:117)
30X-RAY DIFFRACTION30chain D and (resseq 118:122)
31X-RAY DIFFRACTION31chain D and (resseq 123:137)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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