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- PDB-4ho7: Crystal structure of eukaryotic HslV from Trypanosoma brucei -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ho7
タイトルCrystal structure of eukaryotic HslV from Trypanosoma brucei
要素HslVU complex proteolytic subunit, putative
キーワードHYDROLASE / mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


rolling circle DNA replication / HslU-HslV peptidase / mitochondrial DNA replication / HslUV protease complex / kinetoplast / nuclear lumen / ciliary plasm / proteasome core complex / ATP-dependent peptidase activity / mitochondrial nucleoid ...rolling circle DNA replication / HslU-HslV peptidase / mitochondrial DNA replication / HslUV protease complex / kinetoplast / nuclear lumen / ciliary plasm / proteasome core complex / ATP-dependent peptidase activity / mitochondrial nucleoid / threonine-type endopeptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / endopeptidase activity / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent protease, HslV subunit / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent protease subunit HslV
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.601 Å
データ登録者Sung, K.H. / Lee, S.Y. / Song, H.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural and Biochemical Analyses of the Eukaryotic Heat Shock Locus V (HslV) from Trypanosoma brucei.
著者: Sung, K.H. / Lee, S.Y. / Song, H.K.
履歴
登録2012年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22013年8月28日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HslVU complex proteolytic subunit, putative
B: HslVU complex proteolytic subunit, putative
C: HslVU complex proteolytic subunit, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7656
ポリマ－58,6923
非ポリマー733
水55831
1
A: HslVU complex proteolytic subunit, putative
B: HslVU complex proteolytic subunit, putative
C: HslVU complex proteolytic subunit, putative
ヘテロ分子

A: HslVU complex proteolytic subunit, putative
B: HslVU complex proteolytic subunit, putative
C: HslVU complex proteolytic subunit, putative
ヘテロ分子

A: HslVU complex proteolytic subunit, putative
B: HslVU complex proteolytic subunit, putative
C: HslVU complex proteolytic subunit, putative
ヘテロ分子

A: HslVU complex proteolytic subunit, putative
B: HslVU complex proteolytic subunit, putative
C: HslVU complex proteolytic subunit, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,06124
ポリマ－234,77012
非ポリマー29212
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area32950 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area71890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.673, 111.062, 116.953
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-313-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 173 / Label seq-ID: 1 - 173

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 HslVU complex proteolytic subunit, putative


分子量: 19564.148 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb11.01.2000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q383Q5, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; スレオニンエンドペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 3.5M Sodiumformate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 21375

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.601→33.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 24.685 / SU ML: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.543 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24805 1083 5.1 %RANDOM
Rwork0.20968 ---
obs0.21164 20054 98.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.783 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.601→33.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3930 0 3 31 3964
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193966
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023948
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5441.9675358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98239048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9035516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.50724.138174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.32315723
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9881539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02834
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.03 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A11088
12B11088
21A11091
22C11091
31B11097
32C11097
LS精密化 シェル解像度: 2.601→2.669 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.533 64 -
Rwork0.364 1443 -
obs--97.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.63310.4086-0.12371.9338-0.02251.7101-0.07840.07220.1363-0.00260.06180.3934-0.1873-0.23850.01660.03460.05280.00210.13530.03890.09-16.057630.947854.7996
21.494-0.45650.04811.03340.23491.0701-0.09350.1518-0.117-0.33450.06870.3745-0.05160.02760.02480.1656-0.0208-0.13150.22630.0390.1424-16.213911.794330.268
31.66030.05360.42051.8953-0.50821.6793-0.0426-0.25480.09690.31420.22720.3822-0.1469-0.3077-0.18460.09760.06450.08640.18720.0430.1016-15.759718.802883.2159
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 173
2X-RAY DIFFRACTION1A200
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 173
4X-RAY DIFFRACTION2B200
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 173
6X-RAY DIFFRACTION3C200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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