PDB-4hnz: Crystal structure of eukaryotic HslV from Trypanosoma brucei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hnz

タイトル

Crystal structure of eukaryotic HslV from Trypanosoma brucei

要素

HslVU complex proteolytic subunit, putative

キーワード

HYDROLASE / mitochondria

機能・相同性

機能・相同性情報

rolling circle DNA replication / HslU-HslV peptidase / mitochondrial DNA replication / HslUV protease complex / kinetoplast / nuclear lumen / ciliary plasm / proteasome core complex / ATP-dependent peptidase activity / mitochondrial nucleoid ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.393 Å

データ登録者

Sung, K.H. / Lee, S.Y. / Song, H.K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural and Biochemical Analyses of the Eukaryotic Heat Shock Locus V (HslV) from Trypanosoma brucei.
著者: Sung, K.H. / Lee, S.Y. / Song, H.K.

履歴

登録	2012年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月31日	Group: Database references
改定 1.2	2013年8月28日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hnz.cif.gz	785.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hnz.ent.gz	657.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hnz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4hnz_validation.pdf.gz	514.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hnz_full_validation.pdf.gz	533.8 KB	表示
XML形式データ	4hnz_validation.xml.gz	76.2 KB	表示
CIF形式データ	4hnz_validation.cif.gz	105.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/4hnz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/4hnz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ho7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ty6-1 1m4y-1 4ho7-1 2z3a-d 6kui-1 1jjw-1 1g3k-1 2z3b-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (7) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (6) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (5) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: HslVU complex proteolytic subunit, putative

B: HslVU complex proteolytic subunit, putative

C: HslVU complex proteolytic subunit, putative

D: HslVU complex proteolytic subunit, putative

E: HslVU complex proteolytic subunit, putative

F: HslVU complex proteolytic subunit, putative

G: HslVU complex proteolytic subunit, putative

H: HslVU complex proteolytic subunit, putative

I: HslVU complex proteolytic subunit, putative

J: HslVU complex proteolytic subunit, putative

K: HslVU complex proteolytic subunit, putative

L: HslVU complex proteolytic subunit, putative

ヘテロ分子

235 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.881, 106.990, 132.656
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.24, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 174 / Label seq-ID: 1 - 174

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	HslVU complex proteolytic subunit, putative 分子量: 19564.148 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb11.01.2000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q383Q5, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; スレオニンエンドペプチターゼ
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 674 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Acetate pH 5.5, 2.0M Ammonium sulfate, 2% PEG 400 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU
検出器	タイプ: BRUKER SMART 6500 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月2日詳細: double-crystal monochromator and a horizontal focusing mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.393→50 Å / Num. obs: 205404

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.393→41.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 14.338 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.369 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23866	5305	5 %	RANDOM
R_work	0.21802	-	-	-
obs	0.21905	100827	98.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.907 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	-0 Å²	-0.03 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.393→41.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15864	0	12	674	16550

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	16020
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.02	15888
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.646	1.965	21648
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.188	3	36408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.033	5	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.278	24.068	708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.536	15	2904
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.853	15	156
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	2604
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	18168
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	3396
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: LOCAL / Weight: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms
1	1	A	11259	0.01
1	2	B	11259	0.01
2	1	A	11263	0.01
2	2	C	11263	0.01
3	1	A	11235	0.02
3	2	D	11235	0.02
4	1	A	11247	0.02
4	2	E	11247	0.02
5	1	A	11243	0.02
5	2	F	11243	0.02
6	1	A	11230	0.02
6	2	G	11230	0.02
7	1	A	11272	0.01
7	2	H	11272	0.01
8	1	A	11253	0.01
8	2	I	11253	0.01
9	1	A	11265	0.02
9	2	J	11265	0.02
10	1	A	11243	0.02
10	2	K	11243	0.02
11	1	A	11239	0.02
11	2	L	11239	0.02
12	1	B	11260	0.01
12	2	C	11260	0.01
13	1	B	11230	0.02
13	2	D	11230	0.02
14	1	B	11241	0.02
14	2	E	11241	0.02
15	1	B	11241	0.02
15	2	F	11241	0.02
16	1	B	11232	0.02
16	2	G	11232	0.02
17	1	B	11263	0.01
17	2	H	11263	0.01
18	1	B	11251	0.01
18	2	I	11251	0.01
19	1	B	11261	0.02
19	2	J	11261	0.02
20	1	B	11239	0.02
20	2	K	11239	0.02
21	1	B	11242	0.02
21	2	L	11242	0.02
22	1	C	11251	0.02
22	2	D	11251	0.02
23	1	C	11246	0.02
23	2	E	11246	0.02
24	1	C	11253	0.02
24	2	F	11253	0.02
25	1	C	11244	0.02
25	2	G	11244	0.02
26	1	C	11271	0.01
26	2	H	11271	0.01
27	1	C	11276	0.01
27	2	I	11276	0.01
28	1	C	11271	0.02
28	2	J	11271	0.02
29	1	C	11247	0.02
29	2	K	11247	0.02
30	1	C	11242	0.02
30	2	L	11242	0.02
31	1	D	11238	0.01
31	2	E	11238	0.01
32	1	D	11243	0.01
32	2	F	11243	0.01
33	1	D	11239	0.01
33	2	G	11239	0.01
34	1	D	11245	0.02
34	2	H	11245	0.02
35	1	D	11255	0.02
35	2	I	11255	0.02
36	1	D	11246	0.03
36	2	J	11246	0.03
37	1	D	11237	0.01
37	2	K	11237	0.01
38	1	D	11238	0.01
38	2	L	11238	0.01
39	1	E	11257	0.01
39	2	F	11257	0.01
40	1	E	11247	0.01
40	2	G	11247	0.01
41	1	E	11253	0.02
41	2	H	11253	0.02
42	1	E	11229	0.02
42	2	I	11229	0.02
43	1	E	11246	0.02
43	2	J	11246	0.02
44	1	E	11259
44	2	K	11259
45	1	E	11252	0.01
45	2	L	11252	0.01
46	1	F	11263	0.01
46	2	G	11263	0.01
47	1	F	11252	0.02
47	2	H	11252	0.02
48	1	F	11241	0.02
48	2	I	11241	0.02
49	1	F	11242	0.02
49	2	J	11242	0.02
50	1	F	11253	0.01
50	2	K	11253	0.01
51	1	F	11261
51	2	L	11261
52	1	G	11243	0.02
52	2	H	11243	0.02
53	1	G	11234	0.02
53	2	I	11234	0.02
54	1	G	11235	0.03
54	2	J	11235	0.03
55	1	G	11248	0.01
55	2	K	11248	0.01
56	1	G	11252	0.01
56	2	L	11252	0.01
57	1	H	11261	0.01
57	2	I	11261	0.01
58	1	H	11268	0.02
58	2	J	11268	0.02
59	1	H	11250	0.02
59	2	K	11250	0.02
60	1	H	11247	0.02
60	2	L	11247	0.02
61	1	I	11264	0.02
61	2	J	11264	0.02
62	1	I	11233	0.02
62	2	K	11233	0.02
63	1	I	11229	0.02
63	2	L	11229	0.02
64	1	J	11242	0.03
64	2	K	11242	0.03
65	1	J	11239	0.03
65	2	L	11239	0.03
66	1	K	11244	0.01
66	2	L	11244	0.01

LS精密化シェル

解像度: 2.393→2.455 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	335	-
R_work	0.262	6790	-
obs	-	-	89.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8317	-0.1426	0.2663	0.4525	-0.4823	1.6495	0.053	0.0966	-0.1358	-0.038	-0.022	0.0861	0.1251	-0.1693	-0.0311	0.0853	-0.0385	-0.0298	0.0803	-0.0323	0.0495	3.942	0.1154	23.3502
2	1.3732	0.0449	0.1935	0.9524	-0.1504	0.5502	-0.02	0.265	-0.129	-0.0706	0.0833	0.0256	0.1038	0.026	-0.0633	0.086	-0.0061	-0.0104	0.1519	-0.0431	0.0207	25.1888	12.0591	4.079
3	1.3227	-0.2453	0.3785	0.631	0.0938	0.7483	-0.0535	0.2367	0.0472	-0.1716	0.0604	0.0632	-0.044	0.0591	-0.0069	0.0983	-0.0117	-0.0156	0.1656	0.0503	0.0202	27.5038	42.8036	0.7472
4	1.706	0.3599	0.2447	0.5501	-0.0808	0.9627	-0.0529	0.1385	0.0786	-0.0468	-0.0161	0.0487	-0.1811	-0.0841	0.069	0.1154	0.0265	-0.0426	0.0816	0.0293	0.044	8.6595	61.7037	16.6505
5	1.0603	0.696	0.0834	1.2719	-0.135	1.1657	-0.0863	0.1076	0.2275	-0.0625	0.1121	0.1837	-0.1085	-0.2185	-0.0258	0.0321	0.0411	-0.0196	0.1138	0.0237	0.0525	-12.5044	49.8248	35.9074
6	1.327	-0.1988	0.1617	0.948	0.0655	1.2663	0.0633	0.022	-0.0501	-0.1195	-0.0017	0.1934	-0.0404	-0.1909	-0.0616	0.0642	-0.0117	-0.0105	0.1317	-0.0001	0.0474	-14.9151	19.0764	39.0961
7	0.7026	0.1083	0.0363	0.549	0.6396	1.3774	0.0763	-0.0595	-0.1392	0.0635	-0.0106	-0.073	0.1167	0.1237	-0.0657	0.0894	0.0234	-0.0489	0.1036	0.0459	0.0696	30.9547	1.1914	42.5298
8	2.146	-0.0114	0.1439	1.2108	0.2681	0.853	0.0501	-0.4638	-0.0675	0.1517	0.0376	-0.0386	0.1065	0.1017	-0.0877	0.1012	-0.0108	-0.0137	0.24	0.0317	0.0181	9.3515	13.4139	61.059
9	1.4291	0.3937	0.6037	0.6961	-0.0859	0.6991	-0.0165	-0.1978	0.0467	0.1663	-0.0302	-0.032	-0.059	-0.0817	0.0466	0.1155	-0.0058	0.0062	0.1896	-0.0637	0.0274	6.2339	44.17	62.5631
10	1.5057	-0.0646	0.2838	0.1209	-0.1491	1.5085	-0.0507	-0.1595	0.041	0.0761	-0.0401	0.0014	-0.2425	0.1312	0.0908	0.1476	-0.0207	-0.0281	0.0799	-0.0292	0.034	24.5222	62.7419	45.6843
11	1.1972	-0.4652	0.1542	0.8746	-0.0418	1.3422	-0.066	-0.0865	0.2043	0.0787	0.0261	-0.1409	-0.0851	0.2079	0.0399	0.0364	-0.0381	-0.0227	0.0986	-0.0069	0.0422	46.0253	50.3018	27.2182
12	1.1689	0.0939	0.1536	1.0614	0.0379	1.3396	0.0378	-0.058	-0.1284	0.113	0.0485	-0.1812	0.0103	0.1411	-0.0863	0.0395	0.0242	-0.0161	0.11	0.014	0.0514	49.2449	19.4636	25.6369

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 174
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 174
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 174
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 174
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 174
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 174
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 174
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 174
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 174
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1 - 174
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	1 - 174
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	1 - 174

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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