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- PDB-4hnt: crystal structure of F403A mutant of S. aureus Pyruvate carboxylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hnt
タイトルcrystal structure of F403A mutant of S. aureus Pyruvate carboxylase
要素Pyruvate carboxylase
キーワードLIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate carboxylase / pyruvate carboxylase activity / pyruvate metabolic process / gluconeogenesis / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2790 / pyruvate carboxylase f1077a mutant fold / pyruvate carboxylase f1077a mutant domain / Conserved carboxylase domain / : / Pyruvate carboxylase / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2790 / pyruvate carboxylase f1077a mutant fold / pyruvate carboxylase f1077a mutant domain / Conserved carboxylase domain / : / Pyruvate carboxylase / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Rossmann fold - #20 / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / ATP-grasp fold, A domain / Biotin-requiring enzyme / Rudiment single hybrid motif / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Cyclin A; domain 1 / Single hybrid motif / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Aldolase class I / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Roll / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-BTI / : / Pyruvate carboxylase / Pyruvate carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yu, L.P.C. / Tong, L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Characterizing the Importance of the Biotin Carboxylase Domain Dimer for Staphylococcus aureus Pyruvate Carboxylase Catalysis.
著者: Yu, L.P. / Chou, C.Y. / Choi, P.H. / Tong, L.
履歴
登録2012年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate carboxylase
B: Pyruvate carboxylase
C: Pyruvate carboxylase
D: Pyruvate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)526,20713
ポリマ－524,3684
非ポリマー1,8399
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15440 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area152850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.230, 256.283, 126.685
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Pyruvate carboxylase


分子量: 131092.062 Da / 分子数: 4 / 変異: F403A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: pycA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q99UY8, UniProt: A0A0H3JRU9*PLUS, pyruvate carboxylase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-BTI / 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL


分子量: 228.311 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O2S
#5: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
配列の詳細THE RESIDUES ARE NUMBERED ACCORDING TO THEIR EQUIVALENTS IN THE HUMAN PC SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.08 %
結晶化温度: 294 K / pH: 7.5
詳細: 200 mM ammonium tartrate and 20% (w/v) PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月4日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 128744 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
CNS精密化
CBASSデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 32.256 / SU ML: 0.298 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.423 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 6458 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.212 122029 91 %-
all-141000 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 84.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.14 Å20 Å21.74 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32373 0 107 0 32480
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02233096
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3591.96844751
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.55354066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.96724.7171590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.284155855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.65515196
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.24979
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02125022
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9411.520305
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.769232838
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.969312791
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8314.511913
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 897 -
Rwork0.257 18396 -
obs--94.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7248-0.0913-0.6423.8358-0.58232.7695-0.0403-0.2093-0.0465-0.2604-0.0285-0.6325-0.05570.55970.06870.0349-0.03490.0010.19820.05930.326375.40451.7720.054
22.26130.6576-0.1673.788-1.37582.6694-0.01510.03290.0557-0.57110.23840.7865-0.015-0.3686-0.22330.1728-0.0624-0.22620.18340.07990.360648.2564.161-16.973
32.5217-1.048-0.97953.9808-0.66133.51350.2158-0.09250.24580.4086-0.0840.6825-0.6586-0.4357-0.13180.55550.04580.20540.3734-0.07690.367362.725153.59859.928
42.28751.1046-0.12072.8069-0.19123.49480.152-0.30730.0809-0.1618-0.1205-0.415-0.4250.7259-0.03150.4417-0.1830.03120.4382-0.04270.314291.185156.74341.257
51.87160.3029-0.1822.3982-0.20350.6828-0.0114-0.13-0.0877-0.00580.0167-0.22610.08730.1027-0.00520.0264-0.01190.04560.1629-0.04580.194482.068115.218-20.537
61.20980.41520.50063.2474-0.46072.14170.05860.1343-0.1291-0.04070.0811-0.33640.15060.5437-0.13970.11390.1718-0.0490.4378-0.00850.160281.59995.30962.246
71.39210.4859-0.65471.27170.40153.878-0.03370.05790.2033-0.02580.0390.2728-0.1633-0.4948-0.00540.18410.0508-0.0250.30170.08070.28146.64876.71947.507
81.5969-0.31490.07451.56160.32741.401-0.0164-0.0512-0.14290.19840.02740.23530.1051-0.0176-0.01090.0323-0.0027-0.00360.00760.04280.269652.988140.647-5.132
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 167
2X-RAY DIFFRACTION1A239 - 494
3X-RAY DIFFRACTION2C36 - 167
4X-RAY DIFFRACTION2C239 - 494
5X-RAY DIFFRACTION3D36 - 167
6X-RAY DIFFRACTION3D239 - 494
7X-RAY DIFFRACTION4B36 - 167
8X-RAY DIFFRACTION4B239 - 494
9X-RAY DIFFRACTION5A495 - 1093
10X-RAY DIFFRACTION6B495 - 1093
11X-RAY DIFFRACTION7C495 - 1093
12X-RAY DIFFRACTION8D495 - 1093

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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