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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hns | ||||||
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タイトル | Crystal structure of activated CheY3 of Vibrio cholerae | ||||||
![]() | Chemotaxis protein CheY | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / Rossmann fold / Response regulator / kinase / BeF3 and Mg+2 bound | ||||||
機能・相同性 | ![]() archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / phosphorelay signal transduction system / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Biswas, M. / Sen, U. / Dasgupta, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Conformational Barrier of CheY3 and Inability of CheY4 to Bind FliM Control the Flagellar Motor Action in Vibrio cholerae. 著者: Biswas, M. / Dey, S. / Khamrui, S. / Sen, U. / Dasgupta, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14010.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-BEF / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.61 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 10% PEG6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年5月22日 |
放射 | モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 7391 / Num. obs: 6881 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 36.6 Å2 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.1 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3TO5 解像度: 2.1→24.22 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 1287710.98 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.6052 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.047 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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