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万見
- PDB-4hm4: Naphthalene 1,2-Dioxygenase bound to indan -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hm4
タイトルNaphthalene 1,2-Dioxygenase bound to indan
要素(Naphthalene 1,2-dioxygenase subunit ...) x 2
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


naphthalene 1,2-dioxygenase / naphthalene 1,2-dioxygenase activity / 3-phenylpropionate catabolic process / dioxygenase activity / catabolic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 ...Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-dihydro-1H-indene / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Naphthalene 1,2-dioxygenase system, large oxygenase component / Naphthalene 1,2-dioxygenase system, small oxygenase component
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. C18 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ferraro, D.J. / Ramaswamy, S.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2017
タイトル: One enzyme, many reactions: structural basis for the various reactions catalyzed by naphthalene 1,2-dioxygenase.
著者: Ferraro, D.J. / Okerlund, A. / Brown, E. / Ramaswamy, S.
履歴
登録2012年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Naphthalene 1,2-dioxygenase subunit alpha
B: Naphthalene 1,2-dioxygenase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,86417
ポリマ－72,6332
非ポリマー1,23115
水12,592699
1
A: Naphthalene 1,2-dioxygenase subunit alpha
B: Naphthalene 1,2-dioxygenase subunit beta
ヘテロ分子

A: Naphthalene 1,2-dioxygenase subunit alpha
B: Naphthalene 1,2-dioxygenase subunit beta
ヘテロ分子

A: Naphthalene 1,2-dioxygenase subunit alpha
B: Naphthalene 1,2-dioxygenase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,59251
ポリマ－217,9006
非ポリマー3,69245
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area39000 Å2
ΔGint-251 kcal/mol
Surface area58820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.097, 140.097, 208.222
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1598-

HOH

21B-1167-

HOH

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要素

-
Naphthalene 1,2-dioxygenase subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Naphthalene 1,2-dioxygenase subunit alpha / Naphthalene 1 / 2-dioxygenase ISP alpha


分子量: 49664.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. C18 (バクテリア)
株: NCIB 9816-4 / 遺伝子: doxB, NC_004999.1 / プラスミド: pDTG121 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)STAR / 参照: UniProt: P0A111, naphthalene 1,2-dioxygenase
#2: タンパク質 Naphthalene 1,2-dioxygenase subunit beta / Naphthalene 1 / 2-dioxygenase ISP beta


分子量: 22969.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. C18 (バクテリア)
株: NCIB 9816-4 / 遺伝子: doxD, NC_004999.1 / プラスミド: pDTG121 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)STAR / 参照: UniProt: P0A113, naphthalene 1,2-dioxygenase

-
非ポリマー , 6種, 714分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#6: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#7: 化合物 ChemComp-16N / 2,3-dihydro-1H-indene / indan / インダン


分子量: 118.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 699 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化温度: 279.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 1.9-2.2 M AMMONIUM SULFATE, 4-6%, DIOXANE, 0.1 M MES, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 279.15K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SAGITALLY FOCUSED SI(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→15.95 Å / Num. obs: 124179 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.73 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 10 / Scaling rejects: 6318
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
1.5-1.554.330.5842.451102117871.1495.1
1.55-1.625.840.4873.272600123761.1599.5
1.62-1.696.910.4213.985765123771.11100
1.69-1.786.950.3484.686819124391.07100
1.78-1.897.030.2765.687866124411.03100
1.89-2.037.080.27.788557124041.06100
2.03-2.247.080.1410.389563124911.01100
2.24-2.567.260.10912.891705124980.8999.9
2.56-3.227.410.08216.393847125620.8399.9
3.22-15.957.280.04826.894514128040.8899.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.2LDzデータ削減
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
d*TREKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→15.946 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8854 / SU ML: 0.17 / σ(F): 0.71 / 位相誤差: 19.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1962 6224 5.02 %
Rwork0.1587 --
obs0.1606 124170 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 68.26 Å2 / Biso mean: 18.6474 Å2 / Biso min: 3.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→15.946 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5073 0 66 699 5838
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065260
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1567101
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077740
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.761905
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.5170.33143900.29536912730290
1.517-1.53490.32633790.29067086746592
1.5349-1.55360.32193770.27057327770495
1.5536-1.57320.29793400.25297476781696
1.5732-1.59390.28733930.23557653804699
1.5939-1.61570.27374230.214777198142100
1.6157-1.63880.27654100.203777128122100
1.6388-1.66320.26023840.19277268110100
1.6632-1.68920.24544150.182476808095100
1.6892-1.71680.21744230.172277178140100
1.7168-1.74640.21074260.166277488174100
1.7464-1.77810.2194140.162676848098100
1.7781-1.81230.21743500.157877448094100
1.8123-1.84920.20584230.147677098132100
1.8492-1.88940.19214360.142277458181100
1.8894-1.93320.17784070.143976918098100
1.9332-1.98150.1843840.143777288112100
1.9815-2.0350.1843950.135576908085100
2.035-2.09470.17484030.137277658168100
2.0947-2.16220.18713900.133377308120100
2.1622-2.23930.18653740.135277458119100
2.2393-2.32870.17474020.135777198121100
2.3287-2.43430.17784220.136876938115100
2.4343-2.56210.19194090.14277258134100
2.5621-2.72190.18434620.148876648126100
2.7219-2.93090.19014080.161177168124100
2.9309-3.22360.16544100.164677068116100
3.2236-3.68510.18434360.148576958131100
3.6851-4.6240.15824360.139476788114100
4.624-15.9470.19423990.164377268125100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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