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- PDB-4hlu: Structure of the EcfA-A' heterodimer bound to ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hlu
タイトルStructure of the EcfA-A' heterodimer bound to ADP
要素
  • Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA
  • Putative ABC transporter ATP-binding protein TM_0222
キーワードHYDROLASE / Membrane transport / Vitamin uptake / Energy coupling factor transporter / ATPase / ATP-binding casette
機能・相同性
機能・相同性情報


riboflavin transport / riboflavin transmembrane transporter activity / トランスロカーゼ / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cobalt import ATP-binding protein cbiO. / : / ABC transporter, CbiO/EcfA subunit / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities ...Cobalt import ATP-binding protein cbiO. / : / ABC transporter, CbiO/EcfA subunit / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7003 Å
データ登録者Wang, D.N. / Karpowich, N.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Assembly and mechanism of a group II ECF transporter.
著者: Karpowich, N.K. / Wang, D.N.
履歴
登録2012年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月20日Group: Database references
改定 1.22013年2月27日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ABC transporter ATP-binding protein TM_0222
D: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA
B: Putative ABC transporter ATP-binding protein TM_0222
C: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,50413
ポリマ－120,5004
非ポリマー2,0049
水1,60389
1
A: Putative ABC transporter ATP-binding protein TM_0222
D: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2236
ポリマ－60,2502
非ポリマー9724
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area23650 Å2
手法PISA
2
B: Putative ABC transporter ATP-binding protein TM_0222
C: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2827
ポリマ－60,2502
非ポリマー1,0325
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area23380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.785, 67.785, 252.509
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'A' and (resseq 1:265 )
211chain 'B' and (resseq 1:265 )
112chain 'D' and (resseq 999:1003 or resseq 1008:1247 )
212chain 'C' and (resseq 999:1003 or resseq 1008:1247 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Putative ABC transporter ATP-binding protein TM_0222


分子量: 30390.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM0222, TM_0222 / プラスミド: pACYC-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9WY65, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: タンパク質 Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA / ECF transporter A component EcfA


分子量: 29859.945 Da / 分子数: 2 / Mutation: K2R, T4E, E53A, E55A, E125A, K126A, E127A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: cbiO, ecfA, TM1663, TM_1663 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9X1Z1, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 100mM sodium acetate, 30% MPD, 200mM sodium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48.15 Å / Num. all: 36024 / Num. obs: 35999 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 54.1 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 37.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YZ2

2yz2


解像度: 2.7003→48.15 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 28.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2583 1758 4.94 %Random
Rwork0.2133 ---
obs0.2155 35599 99.93 %-
all-36024 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.776 Å2 / ksol: 0.29 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5047 Å20 Å20 Å2
2--1.5047 Å2-0 Å2
3---3.4938 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7003→48.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8119 0 128 89 8336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13311353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0423160
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041447
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2119X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2119X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.071
21D1923X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22C1923X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.055
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7003-2.77330.38721380.32272589X-RAY DIFFRACTION100
2.7733-2.85490.34691280.2992619X-RAY DIFFRACTION100
2.8549-2.9470.3391440.28192664X-RAY DIFFRACTION100
2.947-3.05230.31641220.282545X-RAY DIFFRACTION100
3.0523-3.17450.32451360.27372607X-RAY DIFFRACTION100
3.1745-3.3190.28961380.25612602X-RAY DIFFRACTION100
3.319-3.49390.28071360.23622601X-RAY DIFFRACTION100
3.4939-3.71270.24961300.20762619X-RAY DIFFRACTION100
3.7127-3.99920.21081380.19452631X-RAY DIFFRACTION100
3.9992-4.40150.22581440.17642556X-RAY DIFFRACTION100
4.4015-5.03780.21731290.17622609X-RAY DIFFRACTION100
5.0378-6.34480.24451420.21882600X-RAY DIFFRACTION100
6.3448-48.15720.24461330.17152599X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 61.4401 Å / Origin y: 43.9638 Å / Origin z: 0.9563 Å
111213212223313233
T-0.2374 Å2-0.1056 Å2-0.0908 Å2-0.1363 Å2-0.091 Å2--0.0302 Å2
L0.1535 °2-0.0028 °20.103 °2-0.1589 °20.0309 °2--0.1168 °2
S-0.1362 Å °-0.0916 Å °-0.0016 Å °-0.2737 Å °0.2275 Å °-0.2333 Å °-0.1662 Å °0.0941 Å °0.2711 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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