[日本語] English
万見
- PDB-4hlq: Crystal structure of human rab1b bound to GDP and BEF3 in complex... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hlq
タイトルCrystal structure of human rab1b bound to GDP and BEF3 in complex with the GAP domain of TBC1D20 from homo sapiens
要素
  • Ras-related protein Rab-1B
  • TBC1 domain family member 20
キーワードHYDROLASE ACTIVATOR/PROTEIN TRANSPORT / Rab1b / RabGAP / Fluorides / GTPase-Activating Proteins / rab GTP-Binding Proteins / HYDROLASE ACTIVATOR-PROTEIN TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glycoprotein metabolic process / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / acrosome assembly / host-mediated activation of viral genome replication / lens fiber cell morphogenesis / COPII-coated vesicle cargo loading / phagophore assembly site membrane / seminiferous tubule development / RAB geranylgeranylation / regulation of autophagosome assembly ...positive regulation of glycoprotein metabolic process / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / acrosome assembly / host-mediated activation of viral genome replication / lens fiber cell morphogenesis / COPII-coated vesicle cargo loading / phagophore assembly site membrane / seminiferous tubule development / RAB geranylgeranylation / regulation of autophagosome assembly / lipid droplet organization / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / TBC/RABGAPs / COPII-mediated vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / virion assembly / Golgi organization / autophagosome assembly / positive regulation of GTPase activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / transport vesicle / COPI-mediated anterograde transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / endomembrane system / GTPase activator activity / small monomeric GTPase / intracellular protein transport / small GTPase binding / G protein activity / nuclear membrane / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1310 / GTPase-activating protein TBC20/Gyp8-like / Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p, domain 3 / Domain in Tre-2, BUB2p, and Cdc16p. Probable Rab-GAPs. / Rab-GTPase-TBC domain / Rab-GTPase-TBC domain superfamily / Rab-GTPase-TBC domain / TBC/rab GAP domain profile. / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor ...Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1310 / GTPase-activating protein TBC20/Gyp8-like / Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p, domain 3 / Domain in Tre-2, BUB2p, and Cdc16p. Probable Rab-GAPs. / Rab-GTPase-TBC domain / Rab-GTPase-TBC domain superfamily / Rab-GTPase-TBC domain / TBC/rab GAP domain profile. / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Cyclin A; domain 1 / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TBC1 domain family member 20 / Ras-related protein Rab-1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Gazdag, E.M. / Gavriljuk, K. / Itzen, A. / Koetting, C. / Gerwert, K. / Goody, R.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Catalytic mechanism of a mammalian Rab-RabGAP complex in atomic detail.
著者: Gavriljuk, K. / Gazdag, E.M. / Itzen, A. / Kotting, C. / Goody, R.S. / Gerwert, K.
履歴
登録2012年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TBC1 domain family member 20
B: Ras-related protein Rab-1B
C: TBC1 domain family member 20
D: Ras-related protein Rab-1B
E: TBC1 domain family member 20
F: Ras-related protein Rab-1B
G: TBC1 domain family member 20
H: Ras-related protein Rab-1B
I: TBC1 domain family member 20
J: Ras-related protein Rab-1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,72530
ポリマ－273,57710
非ポリマー3,14820
水91951
1
A: TBC1 domain family member 20
B: Ras-related protein Rab-1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3456
ポリマ－54,7152
非ポリマー6304
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19770 Å2
手法PISA
2
C: TBC1 domain family member 20
D: Ras-related protein Rab-1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3456
ポリマ－54,7152
非ポリマー6304
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19710 Å2
手法PISA
3
E: TBC1 domain family member 20
F: Ras-related protein Rab-1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4417
ポリマ－54,7152
非ポリマー7265
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area20080 Å2
手法PISA
4
G: TBC1 domain family member 20
H: Ras-related protein Rab-1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2495
ポリマ－54,7152
非ポリマー5343
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20320 Å2
手法PISA
5
I: TBC1 domain family member 20
J: Ras-related protein Rab-1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3456
ポリマ－54,7152
非ポリマー6304
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area19740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.170, 118.640, 290.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 10分子 ACEGIBDFHJ

#1: タンパク質
TBC1 domain family member 20


分子量: 34963.113 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBC1D20, C20orf140 / プラスミド: pOPINM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q96BZ9
#2: タンパク質
Ras-related protein Rab-1B


分子量: 19752.369 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB1B / プラスミド: pMAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q9H0U4

-
非ポリマー , 5種, 71分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 1.6M ammonium sulphate, 0.1M Hepes pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月25日
放射モノクロメーター: SI(111) Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 46667 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.63 % / Rmerge(I) obs: 0.0561 / Rsym value: 0.0695 / Net I/σ(I): 3.31
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / 冗長度: 6.47 % / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASERMR位相決定
REFMAC5.5.0070精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HL4, 3NKV

4hl4

3nkv


解像度: 3.3→49.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 57.698 / SU ML: 0.448 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.583 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27432 2334 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.20937 46667 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.194 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.05 Å20 Å20 Å2
2---2.67 Å20 Å2
3----1.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→49.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17524 0 190 51 17765
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02218082
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0571.97124652
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.10152249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.29824.084813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.112152848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.18215105
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.22829
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02113705
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023646
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1981.511277
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0571.54516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.386218056
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.50636805
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9064.56596
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 169 -
Rwork0.26 3210 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9851-0.1981-0.11152.77180.60572.6451-0.0717-0.12240.03420.20840.0325-0.13520.10840.27220.03920.0354-0.00240.01780.15120.03470.107-8.042113.9756-60.2682
22.9816-0.08650.29853.74490.24463.42110.02410.17870.2675-0.45010.03750.0134-0.3620.0303-0.06160.1701-0.03530.0550.16160.03680.1214-8.030618.395-90.848
32.87390.0998-0.01051.3119-0.1151.6920.0120.1247-0.1237-0.1108-0.1052-0.02510.20030.01950.09320.1579-0.01820.09990.06530.00260.142115.276542.4196-54.8228
43.4407-0.15750.71812.60580.24662.71380.1072-0.4488-0.110.3748-0.11410.04020.0129-0.33470.00680.3325-0.07250.11270.29710.05490.16512.889340.3077-24.169
51.9380.1202-0.43411.8868-0.23672.4114-0.0072-0.0464-0.070.37640.03720.25590.1081-0.2648-0.03010.24910.03030.06860.12720.04870.1808-38.347711.1559-29.3164
62.51160.109-0.12023.1148-0.02852.34520.01340.3481-0.2602-0.1892-0.04010.23170.1723-0.26410.02660.10340.02610.02510.3242-0.0220.2305-43.981912.076-59.8205
71.8861-0.40591.16041.6006-0.44862.95290.3543-0.2196-0.23680.1067-0.0264-0.04440.6309-0.1362-0.32790.8612-0.138-0.03860.18190.11320.3867-24.9401-19.1941-1.4629
82.82770.0430.80882.9795-0.59492.94780.35390.4-0.430.0335-0.0563-0.15931.10060.2516-0.29761.13130.0969-0.12290.2456-0.0290.4174-26.99-22.0014-31.9146
91.0378-0.2591-0.14582.53130.18893.1202-0.04230.08220.20280.1845-0.0058-0.1331-0.41890.11560.04820.2064-0.0228-0.03640.17810.07340.2883-44.039257.3523-26.4728
103.39660.0752-0.37251.74780.97883.4674-0.0592-0.32220.02990.43830.1172-0.25360.04820.507-0.0580.6260.0088-0.12750.33120.0390.3141-41.525556.03464.1453
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 304
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 174
3X-RAY DIFFRACTION3C25 - 305
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 173
5X-RAY DIFFRACTION5E25 - 305
6X-RAY DIFFRACTION6F3 - 174
7X-RAY DIFFRACTION7G25 - 305
8X-RAY DIFFRACTION8H4 - 173
9X-RAY DIFFRACTION9I25 - 305
10X-RAY DIFFRACTION10J4 - 174

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る