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万見
- PDB-4hlj: Axon Guidance Receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hlj
タイトルAxon Guidance Receptor
要素Roundabout homolog 1
キーワードCELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


chemorepulsion involved in postnatal olfactory bulb interneuron migration / negative regulation of negative chemotaxis / Regulation of cortical dendrite branching / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / LRR domain binding / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / heart induction / axon guidance receptor activity / Netrin-1 signaling / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway ...chemorepulsion involved in postnatal olfactory bulb interneuron migration / negative regulation of negative chemotaxis / Regulation of cortical dendrite branching / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / LRR domain binding / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / heart induction / axon guidance receptor activity / Netrin-1 signaling / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / SLIT2:ROBO1 increases RHOA activity / Roundabout signaling pathway / Inactivation of CDC42 and RAC1 / endocardial cushion formation / Signaling by ROBO receptors / pulmonary valve morphogenesis / outflow tract septum morphogenesis / aortic valve morphogenesis / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cell migration involved in sprouting angiogenesis / axon midline choice point recognition / Activation of RAC1 / aorta development / positive regulation of axonogenesis / positive regulation of Rho protein signal transduction / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / negative regulation of cell migration / synapse organization / positive regulation of MAP kinase activity / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / nervous system development / cell adhesion / neuron projection / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / positive regulation of gene expression / cell surface / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Roundabout homologue 1 / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. ...Roundabout homologue 1 / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Roundabout homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAD-molecular replacement / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Barak, R. / Opatowsky, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Axon Guidance Receptor
著者: Barak, R. / Opatowsky, Y.
履歴
登録2012年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Roundabout homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6042
ポリマ－26,3651
非ポリマー2381
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.700, 77.710, 91.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Roundabout homolog 1 / Deleted in U twenty twenty / H-Robo-1


分子量: 26365.334 Da / 分子数: 1 / 断片: Juxtamembrane domains, UNP RESIDUES 660-897 / 変異: Q883R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUTT1, ROBO1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y6N7
#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 35% PEG 400, 0.1M Sodium acetate trihydrate, 5% glycerol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月5日
放射モノクロメーター: Band pass 1.9x10-4 for a Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→45.95 Å / Num. all: 24627 / Num. obs: 21364 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.67-1.7186.6
1.7-1.73194.1
1.73-1.76197.5
1.76-1.8199.8
1.8-1.841100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: SAD-molecular replacement / 解像度: 1.8→45.95 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2114 1555 8.26 %RANDOM
Rwork0.1844 ---
all0.1866 21364 --
obs0.1866 18822 95.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.253 Å2 / ksol: 0.394 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.505 Å20 Å20 Å2
2--0.0455 Å20 Å2
3---0.4595 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1720 0 16 213 1949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031849
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.772529
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.422683
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003337
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8-1.85810.24181110.2061114473
1.8581-1.92450.26611230.2003141786
1.9245-2.00160.24041330.1966153095
2.0016-2.09270.22181420.192157097
2.0927-2.2030.24961450.1911160798
2.203-2.3410.21651450.1856160198
2.341-2.52180.23151470.187161899
2.5218-2.77550.23731500.20431652100
2.7755-3.17710.21511470.18981664100
3.1771-4.00240.18341510.1651681100
4.0024-45.9650.17751610.1751783100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1220.0766-0.26330.20490.17150.59190.00170.03280.06880.086-0.05520.03570.1437-0.1336-0.01210.0719-0.01790.00340.0969-0.00020.084511.9236-25.6222-37.4349
20.1446-0.0403-0.0370.09670.08930.1811-0.05780.01540.0663-0.36390.05210.1401-0.1256-0.01010.07240.2625-0.0594-0.0171-0.0161-0.04030.119411.7718-4.8401-0.4153
30.55310.15520.12511.1690.27030.4808-0.2078-0.1221-0.030.10280.0540.5067-0.246-0.1998-0.09540.06830.0319-0.01580.0905-0.06650.058512.2478-10.41016.5242
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 660:782)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 783:805)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 806:885)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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