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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hkt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative myo-inositol dehydrogenase from Sinorhizobium meliloti 1021 (Target PSI-012312) | ||||||
要素 | Inositol 2-dehydrogenaseイノシトール-2-デヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Structural genomics (構造ゲノミクス) / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Sinorhizobium meliloti (根粒菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Sampathkumar, P. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Crystal structure of a putative myo-inositoldehydrogenase from Sinorhizobium meliloti 1021 (Target PSI-012312) 著者: Sampathkumar, P. / Gizzi, A. / Ahmed, M. / Banu, N. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Glenn, A.S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Khafizov, K. / Lafleur, ...著者: Sampathkumar, P. / Gizzi, A. / Ahmed, M. / Banu, N. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Glenn, A.S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Khafizov, K. / Lafleur, J. / Love, J.D. / Stead, M. / Seidel, R. / Toro, R. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hkt.cif.gz | 266.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hkt.ent.gz | 224.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hkt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/4hkt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/4hkt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a probable tetramer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35606.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: idhA, iolG, RB1194, SMb20899, SM_b20899 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus RIL 参照: UniProt: O68965, イノシトール-2-デヒドロゲナーゼ #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.75 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, Reservoir (MCSG1 #93; H9: 0.1 M Bis-Tris:HCl pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350 ), Cryoprotection (30% Ethylene glycol), VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, Reservoir (MCSG1 #93; H9: 0.1 M Bis-Tris:HCl pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350 ), Cryoprotection (30% Ethylene glycol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月20日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 99392 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 24.8 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 16.87 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.64 / Num. unique all: 4809 / Rsym value: 0.528 / % possible all: 97.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.03 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 113.88 Å2 / Biso mean: 35.4543 Å2 / Biso min: 10.81 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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