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万見
- PDB-4hjc: Crystal structure of glycoprotein C from Rift Valley Fever Virus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hjc
タイトルCrystal structure of glycoprotein C from Rift Valley Fever Virus (non-glycosylated)
要素ENVELOPE GLYCOPROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / virus entry / class II fusion protein / membrane fusion / viral membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial outer membrane / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Phlebovirus nonstructural NS-M / M polyprotein precursor, phlebovirus / Phlebovirus nonstructural protein NS-M / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein / Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.15 Å
データ登録者Dessau, M. / Modis, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of glycoprotein C from Rift Valley fever virus.
著者: Dessau, M. / Modis, Y.
履歴
登録2012年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22013年2月13日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENVELOPE GLYCOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5861
ポリマ－46,5861
非ポリマー00
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.347, 114.347, 170.675
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 ENVELOPE GLYCOPROTEIN / GP / M polyprotein / Non-structural protein NSm / Glycoprotein G1 / Glycoprotein G2


分子量: 46586.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
プラスミド: pAc-gp67 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: A2T075, UniProt: P03518*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.42 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 12% PEG 5000 MME, 0.1 M MES, O.1 M Ammonium sulfate, 5% glycerol, 1.8 mM UDM, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.15→40 Å / Num. all: 5449 / Num. obs: 5438 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2.8 / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 0.714 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
4.15-4.2213.52630.4611100
4.22-4.313.12640.4641100
4.3-4.3813.12600.47811000.782
4.38-4.4712.82590.498199.60.711
4.47-4.5712.22640.48111000.483
4.57-4.6713.12550.50911000.462
4.67-4.7913.12700.48211000.33
4.79-4.9213.42600.51711000.318
4.92-5.0612.72660.52211000.299
5.06-5.23122710.52611000.263
5.23-5.4113.62650.60311000.216
5.41-5.6313.32640.58511000.195
5.63-5.8812.82740.58811000.195
5.88-6.1911.92710.65311000.161
6.19-6.58132720.69811000.141
6.58-7.0912.62840.831199.60.101
7.09-7.79122680.92111000.078
7.79-8.9112.52921.201199.70.06
8.91-11.1911.42901.69711000.05
11.19-4010.33261.615198.20.037

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.15→19.988 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.6472 / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 38.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3112 245 4.6 %
Rwork0.2593 --
obs0.2617 5331 99.85 %
all-5337 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 465.24 Å2 / Biso mean: 173.1681 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.15→19.988 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3252 0 0 5 3257
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043316
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7984463
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05503
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003582
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5111191
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
4.15-5.21320.36021280.274924672595
5.2132-19.98830.2941170.254426192736
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 155.7479 Å / Origin y: 150.1085 Å / Origin z: 33.3301 Å
111213212223313233
T0.6542 Å2-0.2953 Å2-0.0097 Å2-0.8659 Å2-0.0539 Å2--0.8004 Å2
L1.516 °2-0.466 °20.7137 °2-0.8961 °2-0.4693 °2--4.5187 °2
S-0.1467 Å °-0.1397 Å °0.0316 Å °-0.2458 Å °-0.1717 Å °-0.1775 Å °0.0323 Å °0.382 Å °0.1855 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA691 - 1118
2X-RAY DIFFRACTION1ALLA1 - 1205

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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