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- PDB-4hja: Crystal Structure of Schizosaccharomyces pombe Pot1pC bound to ss... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hja
タイトルCrystal Structure of Schizosaccharomyces pombe Pot1pC bound to ssDNA (ACGGTTACGGT)
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*GP*T)-3')
  • Protection of telomeres protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / specificity / plasticity / promiscuity / OB-fold / ssDNA-binding / single-stranded telomeric DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / telomere cap complex / chromosome, telomeric repeat region / telomerase inhibitor activity / shelterin complex / regulation of telomere maintenance via telomerase / single-stranded telomeric DNA binding / nuclear telomere cap complex / G-rich strand telomeric DNA binding / telomere capping ...Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / telomere cap complex / chromosome, telomeric repeat region / telomerase inhibitor activity / shelterin complex / regulation of telomere maintenance via telomerase / single-stranded telomeric DNA binding / nuclear telomere cap complex / G-rich strand telomeric DNA binding / telomere capping / telomere maintenance / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protection of telomeres protein 1, ssDNA-binding domain / ssDNA-binding domain of telomere protection protein / Protection of telomeres protein 1 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protection of telomeres protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Dickey, T.H. / Wuttke, D.S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Nonspecific Recognition Is Achieved in Pot1pC through the Use of Multiple Binding Modes.
著者: Dickey, T.H. / McKercher, M.A. / Wuttke, D.S.
履歴
登録2012年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protection of telomeres protein 1
B: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5722
ポリマ－20,5722
非ポリマー00
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area8920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.850, 56.776, 66.258
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protection of telomeres protein 1


分子量: 17182.414 Da / 分子数: 1
断片: Pot1pC, partial DNA binding domain, residues 198-339
変異: V199D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972h- / 遺伝子: pot1, SPAC26H5.06 / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O13988
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量: 3389.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: telomeric single-stranded DNA, +2 5' variant / 由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.32 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% PEG 8000, 0.2M ammonium formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年12月9日
放射モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 12272 / Num. obs: 12182 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.106 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.073.10.46311230.75193.4
2.07-2.153.40.36211940.7521100
2.15-2.253.50.29911990.791100
2.25-2.373.50.23712130.8031100
2.37-2.523.50.18512090.871100
2.52-2.713.50.14312130.9851100
2.71-2.993.50.10812221.1531100
2.99-3.423.50.06712211.422199.9
3.42-4.313.50.05112531.7511100
4.31-503.30.04113351.642199.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.7_650位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4HIK

4hik


解像度: 2.1→31.408 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.3 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.93 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2479 1043 10.06 %random
Rwork0.1926 ---
all0.1983 10557 --
obs0.1983 10368 98.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.509 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 79.59 Å2 / Biso mean: 27.7296 Å2 / Biso min: 11.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5949 Å20 Å2-0 Å2
2--1.4791 Å20 Å2
3----2.074 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→31.408 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1177 225 0 138 1540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081462
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2252022
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084210
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.622556
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.21080.29281400.21631241138194
2.2108-2.34920.28721480.20921296144497
2.3492-2.53060.28681420.19761302144498
2.5306-2.78510.30561490.19161324147399
2.7851-3.18770.24921510.1971346149799
3.1877-4.01490.22791530.172413701523100
4.0149-31.4120.21371600.197214461606100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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