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- PDB-4hhd: 2.75 Angstrom resolution crystal structure of the A. thaliana LOV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hhd
タイトル2.75 Angstrom resolution crystal structure of the A. thaliana LOV2 domain with an extended N-terminal A' helix (cryo dark structure)
要素Phototropin-1
キーワードTRANSFERASE / LOV2 / KINASE / ATP-BINDING / ARABIDOPSIS THALIANA / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / LIGHT-INDUCED SIGNAL TRANSDUCTION / PHOTOTROPIN-1 / LOV (PAS) domain
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast avoidance movement / chloroplast accumulation movement / cellular response to blue light / regulation of proton transport / phototropism / regulation of stomatal movement / response to blue light / blue light photoreceptor activity / plant-type vacuole / cytoplasmic side of plasma membrane ...chloroplast avoidance movement / chloroplast accumulation movement / cellular response to blue light / regulation of proton transport / phototropism / regulation of stomatal movement / response to blue light / blue light photoreceptor activity / plant-type vacuole / cytoplasmic side of plasma membrane / circadian rhythm / kinase activity / FMN binding / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / mRNA binding / cell surface / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain ...PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Phototropin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Moffat, K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Coiled-coil dimerization of the LOV2 domain of the blue-light photoreceptor phototropin 1 from Arabidopsis thaliana.
著者: Halavaty, A.S. / Moffat, K.
履歴
登録2012年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phototropin-1
B: Phototropin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1755
ポリマ－38,2392
非ポリマー9363
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area15780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.382, 63.382, 171.318
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Phototropin-1 / Non-phototropic hypocotyl protein 1 / Root phototropism protein 1


分子量: 19119.664 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 452-615 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PHOT1, JK224, NPH1, RPT1, At3g45780, T6D9_110 / プラスミド: pET-28c(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O48963, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.33 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Protein at 21 mg/mL in 20 mM TRIS-HCl pH 7.4, 20 mM NaCl, 15 % glycerol Crystallization: The JCSG+ Suite (D12: 0.04 M Potassium phosphate, 16% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) glycerol), VAPOR ...詳細: Protein at 21 mg/mL in 20 mM TRIS-HCl pH 7.4, 20 mM NaCl, 15 % glycerol Crystallization: The JCSG+ Suite (D12: 0.04 M Potassium phosphate, 16% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) glycerol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9002 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月17日 / 詳細: Bent conical Si-mirror (Rh coated)
放射モノクロメーター: BENT GE(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→30 Å / Num. all: 8574 / Num. obs: 8574 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 66.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.585 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 399 / % possible all: 86.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V0U

2v0u


解像度: 2.75→29.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 41.796 / SU ML: 0.369 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.476 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2894 417 4.9 %RANDOM
Rwork0.23109 ---
obs0.23399 8128 88.18 %-
all-8128 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.442 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.75 Å20 Å20 Å2
2---1.75 Å2-0 Å2
3---3.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→29.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2466 0 63 29 2558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222598
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3121.9993512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84934399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.7715306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.08724.809131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.90315495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.0571522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4211.51529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0651.5618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.822496
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.07131069
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7874.51016
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.472 39 -
Rwork0.297 545 -
obs-545 85.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
119.10891.7339-12.6430.6352-7.326136.6531-0.32051.0314-0.6410.0291-0.0548-0.0526-0.64290.27070.37520.3664-0.0656-0.00640.23550.01230.274336.705611.88421.3891
21.23460.4993-0.82542.26510.07740.6563-0.1175-0.0495-0.1834-0.1882-0.05910.04770.16190.10350.17670.18440.09630.03990.11380.02840.040823.50972.383512.1562
34.89540.53621.96116.8577-3.34178.00320.3550.01210.1065-0.2016-0.2549-0.47280.55620.0288-0.10010.07260.02130.00980.02630.0250.072924.2902-7.31315.7487
43.09271.8851-2.62742.7474-0.47732.9934-0.20650.23490.0188-0.31080.08420.24340.0387-0.25130.12230.117-0.0169-0.04470.0396-0.03110.10878.4262-12.539114.8606
56.84050.31471.9892-0.7402-1.41836.8248-0.16030.53970.4665-0.11910.18860.14770.0605-0.6012-0.02830.3130.0046-0.08950.13360.05150.21595.708-2.63217.5697
64.15240.491-0.96926.0459-4.53898.79590.29160.44610.16190.12670.24360.7004-0.2271-0.5212-0.53520.10090.01180.0220.09610.00730.092612.6071-3.408415.4412
76.7785-0.07980.78646.1837-2.471-0.3415-0.0971-0.05540.17080.52960.073-0.0643-0.3116-0.1180.02410.33150.05-0.0120.0262-0.04480.132314.6454-0.396615.8621
83.98845.7668-13.28042.7659-13.170220.6360.25750.8773-0.10050.76590.46660.3262-1.3123-2.0178-0.72410.40250.02610.14180.6584-0.12340.87945.09785.218525.2308
97.9756-0.5392-3.48665.9864-2.27510.57080.230.2470.2003-0.01880.1116-0.0047-0.4013-0.2015-0.34150.04990.0491-0.00330.0703-0.0060.034217.53119.954213.4975
10-2.6945-8.5377-3.884548.39935.7891-2.4485-0.1704-0.2915-0.4679-2.2588-0.31310.8701-0.12340.35410.48350.57150.19840.22420.46840.17680.387912.0259-7.943811.3396
11-0.06531.6336-1.61511.9031-14.893715.5543-0.38790.89790.4821-0.2937-0.3029-0.72010.2956-0.07060.69090.4985-0.1863-0.04071.03690.27080.373827.86233.37771.1011
127.4327-0.51880.5035-0.24240.75411.0720.0745-0.511-0.5574-0.1746-0.0253-0.0037-0.1779-0.1203-0.04930.23280.0370.11130.13380.03350.114438.97324.120813.918
134.0468-0.4359-0.106-0.38870.63372.34620.0362-0.2726-0.03450.0620.0693-0.02850.07530.0024-0.10560.13350.04960.06490.20440.0140.10838.19838.002623.6597
1410.7231-2.67635.23290.4813-1.31462.6206-0.1176-0.35910.0720.09870.1061-0.1055-0.2047-0.04840.01150.26570.0419-0.04910.2979-0.0660.368451.214112.166327.6154
1510.890813.5383.261417.18421.5289-0.3852-0.0858-0.46380.42040.0841-0.3583-1.0316-0.0301-0.26010.44410.08070.0279-0.00380.4875-0.02610.792456.392513.484815.328
165.43243.1634-2.34851.8507-3.03726.5065-0.1531-0.3162-0.03960.0283-0.1601-0.24780.4031-0.0240.31320.4580.0779-0.02320.4420.02710.277748.87723.916432.1839
170.62910.4267-0.95885.6139-2.10845.44450.07240.04310.0897-0.2014-0.1705-0.3377-0.27010.42980.09810.0946-0.00790.12830.25050.04970.186749.04477.895312.6716
189.8503-6.2676.6535.1426-4.4534.7698-0.1275-0.2113-0.03660.06910.0006-0.1314-0.3139-0.13360.12690.26290.04310.09080.189-0.02580.381558.0143-7.394823.6159
1922.42486.75744.15455.72231.68410.17750.35391.7002-0.3958-1.5042-0.362-0.17460.54780.31640.00811.06090.34370.21570.39110.05150.351544.7528-0.14387.4013
20-4.6657-0.8934-4.05413.77124.821228.81440.089-0.114-0.00710.1578-0.59930.2025-1.3708-0.93070.51030.06270.0276-0.03650.5807-0.0090.465449.870812.058622.0922
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A452 - 463
2X-RAY DIFFRACTION2A464 - 486
3X-RAY DIFFRACTION3A487 - 510
4X-RAY DIFFRACTION4A511 - 527
5X-RAY DIFFRACTION5A528 - 540
6X-RAY DIFFRACTION6A541 - 567
7X-RAY DIFFRACTION7A568 - 580
8X-RAY DIFFRACTION8A593 - 599
9X-RAY DIFFRACTION9A600 - 615
10X-RAY DIFFRACTION10A701
11X-RAY DIFFRACTION11B458 - 465
12X-RAY DIFFRACTION12B466 - 484
13X-RAY DIFFRACTION13B485 - 507
14X-RAY DIFFRACTION14B508 - 528
15X-RAY DIFFRACTION15B529 - 538
16X-RAY DIFFRACTION16B539 - 552
17X-RAY DIFFRACTION17B553 - 576
18X-RAY DIFFRACTION18B577 - 602
19X-RAY DIFFRACTION19B603 - 614
20X-RAY DIFFRACTION20B701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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