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万見
- PDB-4hgl: Crystal structure of ck1g3 with compound 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hgl
タイトルCrystal structure of ck1g3 with compound 1
要素Casein kinase I isoform gamma-3
キーワードtransferase/transferase inhibitor / ck1g / kinase / inhibitor / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein modification process / Wnt signaling pathway / endocytosis / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / signal transduction ...protein modification process / Wnt signaling pathway / endocytosis / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / signal transduction / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Casein kinase 1 gamma C-terminal / Casein kinase 1 gamma C terminal / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Casein kinase 1 gamma C-terminal / Casein kinase 1 gamma C terminal / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0YO / Casein kinase I isoform gamma-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Huang, X.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2012
タイトル: Structure-Based Design of Potent and Selective CK1 gamma Inhibitors.
著者: Huang, H. / Acquaviva, L. / Berry, V. / Bregman, H. / Chakka, N. / O'Connor, A. / DiMauro, E.F. / Dovey, J. / Epstein, O. / Grubinska, B. / Goldstein, J. / Gunaydin, H. / Hua, Z. / Huang, X. ...著者: Huang, H. / Acquaviva, L. / Berry, V. / Bregman, H. / Chakka, N. / O'Connor, A. / DiMauro, E.F. / Dovey, J. / Epstein, O. / Grubinska, B. / Goldstein, J. / Gunaydin, H. / Hua, Z. / Huang, X. / Huang, L. / Human, J. / Long, A. / Newcomb, J. / Patel, V.F. / Saffran, D. / Serafino, R. / Schneider, S. / Strathdee, C. / Tang, J. / Turci, S. / White, R. / Yu, V. / Zhao, H. / Wilson, C. / Martin, M.W.
履歴
登録2012年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase I isoform gamma-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9373
ポリマ－38,4691
非ポリマー4672
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.439, 57.439, 223.416
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Casein kinase I isoform gamma-3 / CKI-gamma 3


分子量: 38469.223 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 34-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK1G3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y6M4, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-0YO / 2-[5-methoxy-2-(quinolin-3-yl)pyrimidin-4-yl]-1,5,6,7-tetrahydro-4H-pyrrolo[3,2-c]pyridin-4-one


分子量: 371.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H17N5O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 100 mM Tris, 0.2 M MgCl2, 2.5-15% PEG10K , pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 18798 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.118
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.626 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.4→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2823 863 4.9 %
Rwork0.2603 15933 -
obs-16796 95.4 %
原子変位パラメータBiso max: 93.41 Å2 / Biso mean: 28.2791 Å2 / Biso min: 8.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.404 Å22.397 Å20 Å2
2---1.404 Å20 Å2
3---2.809 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2482 0 33 161 2676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9332
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.4472
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9442.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1ck1g3.param
X-RAY DIFFRACTION22317016.xprm
X-RAY DIFFRACTION3MSI_CNX_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4MSI_CNX_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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