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- PDB-4hfq: Crystal structure of UDP-X diphosphatase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hfq
タイトルCrystal structure of UDP-X diphosphatase
要素MutT/nudix family protein
キーワードHYDROLASE / UDP-sugar diphosphatase / Nudix / RNA exonuclease / pyrophosphatase / Mur pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Hydrolase of X-linked nucleoside diphosphate N terminal / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / MutT/nudix family protein / MutT/nudix family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Duong-Ly, K.C. / Amzel, L.M. / Gabelli, S.B.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: A UDP-X diphosphatase from Streptococcus pneumoniae hydrolyzes precursors of peptidoglycan biosynthesis.
著者: Duong-Ly, K.C. / Woo, H.N. / Dunn, C.A. / Xu, W. / Babic, A. / Bessman, M.J. / Amzel, L.M. / Gabelli, S.B.
履歴
登録2012年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MutT/nudix family protein
B: MutT/nudix family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,64432
ポリマ－46,9872
非ポリマー2,65730
水9,170509
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6230 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area18340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.992, 77.992, 64.704
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
詳細/

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MutT/nudix family protein


分子量: 23493.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / 遺伝子: SP1669, SP_1669 / プラスミド: pET-24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97PF7, UniProt: A0A0H2URA0*PLUS

-
非ポリマー , 7種, 539分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Bis-Tris, Li2SO4, PEG-3350, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月12日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD-4 Double Crystal / プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.7 % / Av σ(I) over netI: 27.56 / 数: 182809 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Χ2: 1.07 / D res high: 1.95 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 31951 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.25010010.0712.2165.8
3.334.210010.0681.3535.8
2.913.3310010.0951.0215.8
2.652.9110010.1360.9635.8
2.462.6510010.1840.9345.8
2.312.4610010.2240.8655.8
2.22.3110010.2950.9435.8
2.12.210010.3380.8035.7
2.022.110010.4150.8125.6
1.952.0210010.5540.7685.2
反射解像度: 1.39→67.57 Å / Num. obs: 88640 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 0.696 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.39-1.443.90.49688810.9551100
1.44-1.54.20.29288530.5641100
1.5-1.574.70.22888480.5271100
1.57-1.655.40.288760.5341100
1.65-1.755.70.16188680.5911100
1.75-1.895.80.11688410.6091100
1.89-2.085.80.07988660.6451100
2.08-2.385.80.05788980.71100
2.38-2.995.90.04788430.8071100
2.99-505.80.03588661.039199.9

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.03位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.39→67.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 0.911 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1962 4437 5 %RANDOM
Rwork0.1724 ---
obs0.1736 84088 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.82 Å2 / Biso mean: 16.2237 Å2 / Biso min: 6.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å2-0.05 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.39→67.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3306 0 167 509 3982
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.023756
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3591.9925063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4925460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.28725.368190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.30215671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7091521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2543
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212837
LS精密化 シェル解像度: 1.39→1.426 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 306 -
Rwork0.266 6230 -
all-6536 -
obs--99.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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