PDB-4hfo: Biogenic amine-binding protein selenomethionine derivative

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hfo

タイトル

Biogenic amine-binding protein selenomethionine derivative

要素

Biogenic amine-binding protein

キーワード

amine-binding protein / Beta barrel / Serotonin / norepinephrine / Salivary gland

機能・相同性

機能・相同性情報

histamine binding / nitric oxide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodnius prolixus (カメムシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Andersen, J.F. / Xu, X. / Chang, B. / Mans, B.J. / Ribeiro, J.M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure and ligand-binding properties of the biogenic amine-binding protein from the saliva of a blood-feeding insect vector of Trypanosoma cruzi.
著者: Xu, X. / Chang, B.W. / Mans, B.J. / Ribeiro, J.M. / Andersen, J.F.

履歴

登録	2012年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月23日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hfo.cif.gz	585.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hfo.ent.gz	485.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hfo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hfo_validation.pdf.gz	496.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hfo_full_validation.pdf.gz	552.5 KB	表示
XML形式データ	4hfo_validation.xml.gz	63.1 KB	表示
CIF形式データ	4hfo_validation.cif.gz	78.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/4hfo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/4hfo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ge1C 4getC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ge1-1 2ayk-d 5imb-2 4zbx-d 4get-1 3fzz-2 4ge1-3 2jcb-2 2rg3-d 4get-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Biogenic amine-binding protein

B: Biogenic amine-binding protein

C: Biogenic amine-binding protein

D: Biogenic amine-binding protein

I: Biogenic amine-binding protein

J: Biogenic amine-binding protein

K: Biogenic amine-binding protein

L: Biogenic amine-binding protein

177 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Biogenic amine-binding protein

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2

B: Biogenic amine-binding protein

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3

C: Biogenic amine-binding protein

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4

D: Biogenic amine-binding protein

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5

I: Biogenic amine-binding protein

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6

J: Biogenic amine-binding protein

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7

K: Biogenic amine-binding protein

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8

L: Biogenic amine-binding protein

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単位格子

Length a, b, c (Å)	102.164, 70.661, 108.413
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.160, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Biogenic amine-binding protein 分子量: 22171.396 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q86PT9
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.53 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月14日

放射

モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→50 Å / Num. all: 30762 / Num. obs: 30762 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Χ²: 1.445 / Net I/σ(I): 8.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
3-3.11	8.1	0.382	3050	1.15	1	99.5
3.11-3.23	8.3	0.296	3049	1.142	1	99.5
3.23-3.38	8.4	0.222	3034	1.164	1	99.6
3.38-3.56	8.4	0.166	3063	1.199	1	99.7
3.56-3.78	8.4	0.122	3072	1.242	1	99.7
3.78-4.07	8.4	0.098	3033	1.252	1	99.7
4.07-4.48	8.3	0.073	3080	1.359	1	99.8
4.48-5.13	8.3	0.069	3102	1.647	1	99.9
5.13-6.46	8.1	0.074	3106	1.678	1	100
6.46-50	7.9	0.053	3173	2.638	1	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→42.662 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.6675 / SU ML: 1.17 / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 38.71 / 立体化学のターゲット値: ML_SAD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3487	2988	5.02 %	RANDOM
R_work	0.3211	-	-	-
obs	0.3225	30762	99.39 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 28.344 Å² / k_sol: 0.296 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 559.39 Å² / B_iso mean: 83.6175 Å² / B_iso min: 0 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.2698 Å²	-0 Å²	-11.9263 Å²
2-	-	-4.114 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.8191 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→42.662 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12360	0	0	0	12360

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	12628
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.912	17018
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1842
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2188
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.432	4634

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3-3.0499	0.498	108	0.4075	2608	2716	96
3.0499-3.1025	0.4366	151	0.4076	2698	2849	100
3.1025-3.1589	0.392	143	0.3983	2697	2840	100
3.1589-3.2196	0.4523	145	0.4053	2725	2870	100
3.2196-3.2853	0.4011	138	0.3695	2693	2831	100
3.2853-3.3567	0.4018	123	0.3905	2760	2883	100
3.3567-3.4347	0.3592	128	0.3653	2651	2779	100
3.4347-3.5206	0.4318	137	0.3577	2725	2862	100
3.5206-3.6157	0.3383	153	0.3185	2675	2828	100
3.6157-3.7221	0.3663	126	0.3354	2773	2899	100
3.7221-3.8421	0.3868	145	0.3246	2625	2770	100
3.8421-3.9794	0.2655	135	0.3333	2748	2883	100
3.9794-4.1386	0.3094	165	0.3216	2705	2870	100
4.1386-4.3268	0.2983	156	0.3029	2644	2800	100
4.3268-4.5546	0.2679	153	0.2804	2707	2860	100
4.5546-4.8396	0.298	139	0.2351	2708	2847	100
4.8396-5.2127	0.3077	166	0.2994	2689	2855	100
5.2127-5.7361	0.4199	135	0.2956	2712	2847	100
5.7361-6.5636	0.3896	168	0.3234	2688	2856	100
6.5636-8.2596	0.3811	135	0.3296	2712	2847	100
8.2596-42.6658	0.3099	139	0.2548	2589	2728	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 21.156 Å / Origin y: 24.0066 Å / Origin z: 26.8577 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.2022 Å²	0.0854 Å²	-0.1478 Å²	-	-0.1112 Å²	0.0446 Å²	-	-	-0.1909 Å²
L	-0.0487 °²	-0.0192 °²	0.0823 °²	-	0.1009 °²	-0.079 °²	-	-	0.0398 °²
S	0.225 Å °	0.0424 Å °	0.2887 Å °	-0.1299 Å °	-0.0364 Å °	-0.0342 Å °	0.0467 Å °	0.1282 Å °	0.1271 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	2 - 196
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	2 - 195
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	C	4 - 196
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	D	2 - 195
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	I	2 - 196
6	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	J	2 - 195
7	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	K	4 - 196
8	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	L	2 - 195

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