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- PDB-4hfk: Crystal structure of the type VI effector-immunity complex Tae4-T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hfk
タイトルCrystal structure of the type VI effector-immunity complex Tae4-Tai4 from Enterobacter cloacae
要素
  • Putative cytoplasmic protein
  • Putative uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE / amidase
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) - #70 / Type VI secretion system (T6SS), amidase immunity protein / T6SS superfamily / Type VI secretion system (T6SS), amidase immunity protein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1620 / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Alpha-Beta Complex ...endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) - #70 / Type VI secretion system (T6SS), amidase immunity protein / T6SS superfamily / Type VI secretion system (T6SS), amidase immunity protein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1620 / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative cytoplasmic protein / Uncharacterized protein / Putative cytoplasmic protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhang, H. / Gao, Z.Q. / Dong, Y.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structure of the type VI effector-immunity complex (Tae4-Tai4) provides novel insights into the inhibition mechanism of the effector by its immunity protein.
著者: Zhang, H. / Zhang, H. / Gao, Z.Q. / Wang, W.J. / Liu, G.F. / Xu, J.H. / Su, X.D. / Dong, Y.H.
履歴
登録2012年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative cytoplasmic protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative cytoplasmic protein
D: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8285
ポリマ－61,7324
非ポリマー961
水8,593477
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6890 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area21090 Å2
手法PISA
2
A: Putative cytoplasmic protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative cytoplasmic protein
D: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Putative cytoplasmic protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative cytoplasmic protein
D: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,65710
ポリマ－123,4658
非ポリマー1922
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area16140 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area39810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.342, 138.144, 64.462
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-318-

HOH

21B-337-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative cytoplasmic protein


分子量: 19165.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
株: ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCDC 279-56 / 遺伝子: ECL_01542 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D5C6F6, UniProt: A0A0H3CIJ2*PLUS
#2: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 11701.106 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 19-117 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
株: ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCDC 279-56 / 遺伝子: ECL_01543 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D5C6F7, UniProt: A0A0H3CIX8*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Sodium chloride, 0.1M Na/K phosphate pH 6.5, 25% (w/v) PEG 1000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月18日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 36726 / Num. obs: 36726 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 34.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.232 / Mean I/σ(I) obs: 10.5 / Num. unique all: 1834 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HFF

4hff


解像度: 2.1→23.402 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2035 1834 5 %RANDOM
Rwork0.1568 ---
all0.1591 36681 --
obs0.1568 36681 99.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.486 Å2 / ksol: 0.401 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7697 Å2-0 Å2-1.0899 Å2
2---2.4582 Å20 Å2
3---0.6885 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→23.402 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3934 0 5 477 4416
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074042
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0575481
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5951445
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071606
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005706
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.1-2.15680.24551380.17452675
2.1568-2.22020.21321630.15022645
2.2202-2.29180.21661240.14262678
2.2918-2.37360.20311440.14422679
2.3736-2.46850.21611290.15142695
2.4685-2.58080.22141360.15172678
2.5808-2.71660.22291360.15912666
2.7166-2.88660.19011520.15882683
2.8866-3.1090.2071260.16122681
3.109-3.4210.21041400.16632693
3.421-3.9140.19161460.15462688
3.914-4.92360.16731460.1352676
4.9236-23.40390.21021540.1862710

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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