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- PDB-4hf0: Crystal Structure of Apo IscR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hf0
タイトルCrystal Structure of Apo IscR
要素HTH-type transcriptional regulator IscR
キーワードTRANSCRIPTION / wHTH / Protein-DNA Complex / Iron-Sulfur Cluster / winged Helix-turn-Helix / Transcriptional Regulator / Redox sensor / DNA Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / iron ion binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription factor HTH, IscR / Transcription regulator Rrf2-type, conserved site / Rrf2-type HTH domain signature. / Transcription regulator Rrf2 / Iron-dependent Transcriptional regulator / Rrf2-type HTH domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...Transcription factor HTH, IscR / Transcription regulator Rrf2-type, conserved site / Rrf2-type HTH domain signature. / Transcription regulator Rrf2 / Iron-dependent Transcriptional regulator / Rrf2-type HTH domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator IscR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Rajagopalan, S.R. / Phillips, K.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Studies of IscR reveal a unique mechanism for metal-dependent regulation of DNA binding specificity.
著者: Rajagopalan, S. / Teter, S.J. / Zwart, P.H. / Brennan, R.G. / Phillips, K.J. / Kiley, P.J.
履歴
登録2012年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Database references
改定 1.22013年7月3日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator IscR
B: HTH-type transcriptional regulator IscR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9573
ポリマ－29,8612
非ポリマー961
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area10910 Å2
手法PISA
2
A: HTH-type transcriptional regulator IscR
B: HTH-type transcriptional regulator IscR
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator IscR
B: HTH-type transcriptional regulator IscR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9156
ポリマ－59,7234
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area9210 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area19940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.850, 88.850, 62.734
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-314-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator IscR


分子量: 14930.710 Da / 分子数: 2 / 断片: IscR (unp residues 1-133) / 変異: C92A, C98A, C104A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: iscR, yfhP, b2531, JW2515 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AGK8
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2M Ammonium Sulfate, 20% glycerol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月15日
放射モノクロメーター: Double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 22775 / % possible obs: 99.98 % / Biso Wilson estimate: 24.74 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.1_1161精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→48.622 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.843 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2205 1983 8.72 %RANDOM
Rwork0.1933 ---
obs0.1957 22775 99.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.67 Å2 / Biso mean: 31.094 Å2 / Biso min: 16.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.622 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1743 0 5 37 1785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081764
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9842384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004307
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.906636
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9026-1.95020.3371340.31291438157299
1.9502-2.0030.2341410.226614721613100
2.003-2.06190.22821390.206514771616100
2.0619-2.12840.23291350.189814401575100
2.1284-2.20450.21621420.185814691611100
2.2045-2.29280.26491410.22071463160499
2.2928-2.39710.22831450.193714811626100
2.3971-2.52350.25371440.183814761620100
2.5235-2.68160.20721380.185214811619100
2.6816-2.88860.24521430.203214881631100
2.8886-3.17930.24671410.205414801621100
3.1793-3.63920.22731470.204114941641100
3.6392-4.58440.17621400.1615211661100
4.5844-48.6380.19461530.185515801733100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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