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- PDB-4hev: Clostridium Botulinum Serotype A Light Chain Inhibited By Adamant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hev
タイトルClostridium Botulinum Serotype A Light Chain Inhibited By Adamantane Hydroxamate
要素Botulinum neurotoxin type A light chain
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Zn2+-dependent metalloprotease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell junction / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / metalloendopeptidase activity / toxin activity ...host cell junction / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding ...Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AXM / Botulinum neurotoxin type A / Botulinum neurotoxin type A
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Silvaggi, N.R. / Allen, K.N.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Evaluation of adamantane hydroxamates as botulinum neurotoxin inhibitors: synthesis, crystallography, modeling, kinetic and cellular based studies.
著者: Silhar, P. / Silvaggi, N.R. / Pellett, S. / Johnson, E.A. / Allen, K.N. / Janda, K.D.
履歴
登録2012年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Botulinum neurotoxin type A light chain
B: Botulinum neurotoxin type A light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,7536
ポリマ－101,2042
非ポリマー5494
水2,756153
1
A: Botulinum neurotoxin type A light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8773
ポリマ－50,6021
非ポリマー2752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Botulinum neurotoxin type A light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8773
ポリマ－50,6021
非ポリマー2752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.601, 67.632, 99.408
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Botulinum neurotoxin type A light chain / BoNT/A / Bontoxilysin-A / BOTOX


分子量: 50602.047 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 1-425 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: botA, atx, bna / プラスミド: pET15-LC425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10845, UniProt: P0DPI1*PLUS, bontoxilysin
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-AXM / N-hydroxy-2-[(3S,5S,7S)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-1-yl]acetamide / Adamantane acetic acid hydroxamate / 1-アダマンタンアセトヒドロキサム酸


分子量: 209.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10-12mg/ml enzyme in 50mM NaPO4, 2mM EDTA, pH 6.5; and 10-15% polyethylene glycol (PEG) 2,000 monomethyl ester, 0.2-0.3M K2HPO4, 0.1M D,L-malic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月18日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40.47 Å / Num. all: 32607 / Num. obs: 31857 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 43.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 3218 / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BON

3bon


解像度: 2.5→40.469 Å / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: Isotropic/TLS / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 27.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2477 1514 4.96 %Random
Rwork0.2021 ---
all0.20657 32607 --
obs0.2044 30530 93.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.469 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6398 0 32 153 6583
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026574
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5498883
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8152435
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042972
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021137
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5003-2.5810.32431180.24692249X-RAY DIFFRACTION80
2.581-2.67320.29711240.23252432X-RAY DIFFRACTION87
2.6732-2.78020.30181280.24092533X-RAY DIFFRACTION90
2.7802-2.90670.33441360.24752612X-RAY DIFFRACTION93
2.9067-3.05990.31091390.23012674X-RAY DIFFRACTION95
3.0599-3.25150.29261380.23182694X-RAY DIFFRACTION96
3.2515-3.50250.25861470.21622744X-RAY DIFFRACTION97
3.5025-3.85470.27981430.22222710X-RAY DIFFRACTION96
3.8547-4.41190.20741420.17262724X-RAY DIFFRACTION96
4.4119-5.55620.18511490.15962814X-RAY DIFFRACTION99
5.5562-40.47460.2121500.18712830X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1160.31550.71091.15460.2480.57980.52530.1772-0.93940.4014-0.0783-0.47610.46770.35130.87390.4465-0.0458-0.17110.11080.21740.411213.4824-5.037430.6064
20.97380.32920.64251.1902-0.23371.20110.1564-0.199-0.30980.3403-0.07650.53460.1104-0.42410.40480.2607-0.03140.07010.31230.04580.3469-2.03484.996727.5879
31.30610.38130.67740.9456-0.11121.48080.05610.0942-0.30930.1525-0.07420.16540.08330.0033-00.31540.0173-0.02030.298-0.01710.38744.12744.766418.5526
40.8996-0.61940.15511.1595-0.83480.6947-0.07850.05310.24910.47920.00640.0994-0.45950.06560.00040.5278-0.0514-0.01370.288-0.03250.240520.665732.080526.2877
51.2313-0.16360.15531.66630.13870.5946-0.02530.07150.13640.2987-0.1366-0.3701-0.28930.23580.00020.3483-0.086-0.0780.37430.04550.377631.074123.962223.704
60.6159-0.2477-0.11971.3080.69960.42120.05080.0733-0.10560.1987-0.008-0.57470.1080.32730.01350.3270.0355-0.01330.56470.06990.568739.427810.325821.3452
70.72080.35270.44760.719-0.10630.57880.08310.35220.2098-0.3874-0.1758-0.0509-0.18990.1348-0.00880.38450.03190.07250.44710.05290.303622.300327.13535.9605
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -9 through 99 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 100 through 299 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 300 through 417 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -9 through 100 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 101 through 232 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 233 through 334 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 335 through 416 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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