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万見
- PDB-4hep: Complex of lactococcal phage TP901-1 with a llama vHH (vHH17) bin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hep
タイトルComplex of lactococcal phage TP901-1 with a llama vHH (vHH17) binder (nanobody)
要素
  • BPP
  • vHH17 domain
キーワードVIRAL PROTEIN / Alpha-beta / phage receptor binding protein / llama glama vHH domain / CELL ADHESION-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, baseplate / cell adhesion / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2190 / Lower baseplate protein, N-terminal / Lower baseplate protein N-terminal domain / Phage tail base-plate Siphoviridae RBP, head domain / Receptor-binding protein of phage tail base-plate Siphoviridae, head / Lactophage receptor-binding protein C-terminal head domain / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special ...Helix Hairpins - #2190 / Lower baseplate protein, N-terminal / Lower baseplate protein N-terminal domain / Phage tail base-plate Siphoviridae RBP, head domain / Receptor-binding protein of phage tail base-plate Siphoviridae, head / Lactophage receptor-binding protein C-terminal head domain / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lactococcus phage TP901-1 (ファージ)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Desmyter, A. / Spinelli, S. / Farenc, C. / Blangy, S. / Bebeacua, C. / van Sinderen, D. / Mahony, J. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Viral infection modulation and neutralization by camelid nanobodies
著者: Desmyter, A. / Farenc, C. / Mahony, J. / Spinelli, S. / Bebeacua, C. / Blangy, S. / Veesler, D. / van Sinderen, D. / Cambillau, C.
履歴
登録2012年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BPP
G: vHH17 domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2883
ポリマ－31,1922
非ポリマー961
水5,855325
1
A: BPP
G: vHH17 domain
ヘテロ分子

A: BPP
G: vHH17 domain
ヘテロ分子

A: BPP
G: vHH17 domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8639
ポリマ－93,5756
非ポリマー2883
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area19590 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area34300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.380, 74.380, 375.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 BPP / Baseplate protein


分子量: 17165.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus phage TP901-1 (ファージ)
遺伝子: bpp, ORF49 / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9G096
#2: 抗体 vHH17 domain


分子量: 14026.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M MES, 6mg/ml protein complex, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月19日
放射モノクロメーター: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→48 Å / Num. all: 41184 / Num. obs: 41184 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 36.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.029 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 2999 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F0C

3f0c


解像度: 1.75→25.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9559 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9587 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU R Cruickshank DPI: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.105 / SU Rfree Blow DPI: 0.092 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.088 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2041 1659 4.03 %RANDOM
Rwork0.1975 ---
all0.1977 41168 --
obs0.1977 41168 99.96 %-
原子変位パラメータBiso max: 121.75 Å2 / Biso mean: 42.02 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1857 Å20 Å20 Å2
2--0.1857 Å20 Å2
3----0.3714 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.235 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→25.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2171 0 5 325 2501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092219HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.133007HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d0732SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes045HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0332HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it02219HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.87
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion0287SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact02695SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2213 110 3.69 %
Rwork0.2268 2873 -
all0.2266 2983 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.15620.07110.00560.3889-0.09250.087-0.00340.0055-0.0029-0.00420.0050.0012-0.0018-0.0043-0.00160.0442-0.0124-0.01950.0050.0409-0.0476-0.2384-34.1141-53.2267
20.43150.00440.34990.77540.19740.28340.0030.00080.00360.0006-0.0067-0.02030.0010.00290.00370.02580.0065-0.00070.02280.0042-0.06662.3045-40.3695-30.0423
30.0222-0.0040.1175-0.012-0.07770.3188-0.00120.03170.0459-0.0087-0.0152-0.0154-0.010.01170.01650.0413-0.017-0.0632-0.026-0.0129-0.01182.9861-32.63663.3469
40.2774-0.1065-0.07640.8449-0.14090.3463-0.01140.02410.062-0.0082-0.0012-0.0126-0.02-0.0210.01260.01850.0099-0.0697-0.0331-0.02380.0089-2.7911-28.742713.3016
50.45260.1901-0.46630.2816-0.21330.37130.0055-0.0016-0.00370.0037-0.0250.0134-0.013-0.01560.0195-0.00530.01-0.0464-0.0092-0.01880.0114-4.0642-34.998619.739
60.2203-0.24930.10150.78730.0770.0679-0.0014-0.00530.03380.0061-0.00070.0005-0.00990.00010.00210.0031-0.0007-0.0657-0.0078-0.03710.0022-1.6123-33.435719.0247
7-0.0126-0.08390.03970.3285-0.03510-0.00090.0040.01510.00050.0131-0.0107-0.0055-0.0093-0.0122-0.03120.01640.00760.00640.05080.0291-7.7695-12.1281-36.0594
80.18280.17920.19610.4505-0.28460.2533-0.0064-0.00630.01430.01190.01140.0010.00050.0012-0.0051-0.0586-0.0137-0.03260.01260.00140.05214.4389-18.9992-32.8149
90.2351-0.37090.29860.8578-0.25520.3688-0.00360.00360.00760.0053-0.0003-0.00190.00580.00110.0038-0.0334-0.02180.03110.01360.0850.03050.6423-24.264-38.6946
100.3497-0.1238-0.1855-0.1219-0.02730.16060.00160.00670.0059-0.0032-0.0031-0.0102-0.0054-0.00580.0015-0.032-0.00090.01040.02310.03280.01780.7947-15.6364-41.879
110.3183-0.25390.09860.75170.19540.1203-0.00040.0120.007-0.00940.0111-0.00990.0007-0.0131-0.0108-0.07120.0097-0.01710.03150.06290.0283-7.499-19.4564-38.4096
120.3888-0.01710.0411-0.0435-0.05360.0231-0.0041-0.00060.0112-0.00140.0056-0.00960.00080.0004-0.0015-0.0028-0.00010.01830.0270.0332-0.02057.1935-30.8362-37.6732
130.1090.1451-0.28170.5146-0.00050.2136-0.00760.0020.01240.01170.0223-0.0050.0112-0.0043-0.0147-0.04380.0155-0.03490.0260.00160.0164-5.5721-20.3207-30.9355
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|2 - A|17}A2 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2{A|18 - A|53}A18 - 53
3X-RAY DIFFRACTION3{A|54 - A|78}A54 - 78
4X-RAY DIFFRACTION4{A|79 - A|116}A79 - 116
5X-RAY DIFFRACTION5{A|117 - A|143}A117 - 143
6X-RAY DIFFRACTION6{A|144 - A|163}A144 - 163
7X-RAY DIFFRACTION7{G|2 - G|20}G2 - 20
8X-RAY DIFFRACTION8{G|21 - G|40}G21 - 40
9X-RAY DIFFRACTION9{G|41 - G|60}G41 - 60
10X-RAY DIFFRACTION10{G|61 - G|80}G61 - 80
11X-RAY DIFFRACTION11{G|81 - G|100}G81 - 100
12X-RAY DIFFRACTION12{G|101 - G|115}G101 - 115
13X-RAY DIFFRACTION13{G|116 - G|131}G116 - 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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