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- PDB-4hdv: Crystal structure of S. pombe ATL1 in complex with damaged DNA co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hdv
タイトルCrystal structure of S. pombe ATL1 in complex with damaged DNA containing 2,6-diaminopurine
要素
  • 5'-D(*CP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*G)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(1AP)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3'
  • Alkyltransferase-like protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / alkyltransferase / DNA repair / nucleotide excision repair / NER / base repair / DNA damage / guanine / alkylation / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


O6-alkylguanine-DNA binding / global genome nucleotide-excision repair / catalytic activity / transcription-coupled nucleotide-excision repair / damaged DNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Alkyltransferase-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.702 Å
データ登録者Tubbs, J.L. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Alkyltransferase-like protein (Atl1) distinguishes alkylated guanines for DNA repair using cation-{pi} interactions.
著者: Wilkinson, O.J. / Latypov, V. / Tubbs, J.L. / Millington, C.L. / Morita, R. / Blackburn, H. / Marriott, A. / McGown, G. / Thorncroft, M. / Watson, A.J. / Connolly, B.A. / Grasby, J.A. / ...著者: Wilkinson, O.J. / Latypov, V. / Tubbs, J.L. / Millington, C.L. / Morita, R. / Blackburn, H. / Marriott, A. / McGown, G. / Thorncroft, M. / Watson, A.J. / Connolly, B.A. / Grasby, J.A. / Masui, R. / Hunter, C.A. / Tainer, J.A. / Margison, G.P. / Williams, D.M.
履歴
登録2012年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkyltransferase-like protein 1
B: 5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(1AP)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3'
C: 5'-D(*CP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6053
ポリマ－21,6053
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.505, 59.505, 237.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Alkyltransferase-like protein 1 / ATL1


分子量: 13662.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: atl1, SPAC1250.04c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UTN9
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(1AP)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3'


分子量: 3990.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*G)-3'


分子量: 3951.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.19 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 20% mPEG2000, 0.5 M sodium formate, 200 mM imidazole-malate, 30% xylose, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月21日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 7486 / Num. obs: 7480 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 26.2 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 74.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 27.6 % / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 9.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GVA

3gva


解像度: 2.702→43.181 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 25.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2519 369 5.02 %RANDOM
Rwork0.2162 ---
obs0.218 7353 98.26 %-
all-7353 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.85 Å2 / ksol: 0.385 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.7522 Å2-0 Å2-0 Å2
2--6.7522 Å2-0 Å2
3----13.5044 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.702→43.181 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数890 527 0 1 1418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041539
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6322151
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.836616
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033227
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002187
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.702-3.09290.36051150.27542183X-RAY DIFFRACTION96
3.0929-3.89630.23551230.19372300X-RAY DIFFRACTION99
3.8963-43.18620.22751310.20762501X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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