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- PDB-4hc8: CRYSTAL STRUCTURE OF PROBABLE ENOYL-CoA HYDRATASE ECHA3 (Rv0632c,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hc8
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PROBABLE ENOYL-CoA HYDRATASE ECHA3 (Rv0632c, NYSGRC-019494) from Mycobacterium Tuberculosis H37Rv
要素Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
キーワードLYASE / ECHA3 / UNSATURATED ACYL-CoA HYDRATASE / CROTONASE / Structural genomics / NYSGRC / PSI / New York Structural Genomics Research Consortium / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-CoA hydratase / enoyl-CoA hydratase activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enoyl-CoA hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of probable enoyl-CoA hydratase ECHA3 (Rv0632c, NYSGRC-019494) from Mycobacterium Tuberculosis H37Rv
著者: Sampathkumar, P. / Ahmed, M. / Banu, N. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Gizzi, A. / Glenn, A.S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Khafizov, K. / Lafleur, ...著者: Sampathkumar, P. / Ahmed, M. / Banu, N. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Gizzi, A. / Glenn, A.S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Khafizov, K. / Lafleur, J. / Love, J.D. / Stead, M. / Seidel, R. / Toro, R. / Almo, S.C.
履歴
登録2012年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2218
ポリマ－55,7132
非ポリマー5086
水1,20767
1
A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子

A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子

A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,1459
ポリマ－83,5693
非ポリマー5766
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
Buried area7120 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area27810 Å2
手法PISA
2
B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子

B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子

B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,51815
ポリマ－83,5693
非ポリマー94912
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
Buried area7780 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area24740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.883, 154.883, 154.883
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

SO4

21A-301-

SO4

31A-302-

SO4

41A-302-

SO4

51B-301-

SO4

61B-302-

SO4

71B-302-

SO4

-
要素

#1: タンパク質 Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein / Enoyl-coA hydratase homolog / PROBABLE ENOYL-CoA HYDRATASE ECHA3 / ENOYL HYDRASE / UNSATURATED ACYL- ...Enoyl-coA hydratase homolog / PROBABLE ENOYL-CoA HYDRATASE ECHA3 / ENOYL HYDRASE / UNSATURATED ACYL-CoA HYDRATASE / CROTONASE


分子量: 27856.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: echA3, MT0660, Rv0632c / プラスミド: CHS30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus RIL / 参照: UniProt: P96907, enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, Reservoir (Crystal Screen F11: 1.6 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 10% v/v 1,4-Dioxane), Cryoprotection (30% ...詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, Reservoir (Crystal Screen F11: 1.6 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 10% v/v 1,4-Dioxane), Cryoprotection (30% Ethylene glycol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→50 Å / Num. all: 21213 / Num. obs: 21213 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.9 % / Biso Wilson estimate: 62 Å2 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 27.07
反射 シェル解像度: 2.51→2.55 Å / 冗長度: 21 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 1054 / Rsym value: 0.977 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0025精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXC位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: Built using Buccaneer

解像度: 2.51→41.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 8.841 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.372 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 1090 5.1 %RANDOM
Rwork0.1823 ---
obs0.1856 21189 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 127.17 Å2 / Biso mean: 58.8883 Å2 / Biso min: 28.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→41.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3461 0 28 67 3556
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193601
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023499
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5751.984886
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80338005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4765483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.11423.464153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.82915530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7651528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024166
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02828
LS精密化 シェル解像度: 2.513→2.578 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 89 -
Rwork0.24 1472 -
all-1561 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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