PDB-4hb7: The Structure of Dihydropteroate Synthase from Staphylococcus aur...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hb7

タイトル

The Structure of Dihydropteroate Synthase from Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50.

要素

Dihydropteroate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Holowicki, J. / Jedrzejczak, R. / Terwilliger, T.C. / Rubin, E.J. / Guinn, K. / Baker, D. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C. / Joachimiak, A. ...

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The Structure of Dihydropteroate Synthase from Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50.
著者: Cuff, M.E. / Holowicki, J. / Jedrzejczak, R. / Terwilliger, T.C. / Rubin, E.J. / Guinn, K. / Baker, D. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hb7.cif.gz	213.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hb7.ent.gz	170.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hb7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hb7_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hb7_full_validation.pdf.gz	449.8 KB	表示
XML形式データ	4hb7_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	4hb7_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/4hb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/4hb7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ad1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6clv-6 4ike-d 6clv-5 1ybd-3 1ad4-d 3ru3-d 3ek6-4 1ad1-d 3nmn-2 5v7a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC105739

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydropteroate synthase

B: Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

60.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.584, 77.301, 90.546
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.750, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-457- HOH
2	1	B-465- HOH

詳細

Likely AB dimer in asymmetric unit.

#1: タンパク質	Dihydropteroate synthase / DHPS / Dihydropteroate pyrophosphorylase 分子量: 29841.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: subsp. aureus Mu50 / 遺伝子: folP, SAV0514 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: P64141, dihydropteroate synthase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.01 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1MES:NaOH pH 6.5, 10% PEG 4K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97907 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月11日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97907 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 42672 / Num. obs: 42672 / % possible obs: 88.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 23 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / Χ²: 1.047 / Net I/σ(I): 10

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.92	2.2	0.2	1026	4.742	1	62.9
1.92-1.94	2.8	0.542	841	0.869	1	52.8
1.94-1.97	3.8	0.349	1595	0.773	1	99.3
1.97-1.99	3.8	0.216	1582	0.753	1	99.6
1.99-2.02	3.8	0.193	1559	0.75	1	99.4
2.02-2.05	3.8	0.18	1650	0.796	1	99.6
2.05-2.08	3.8	0.159	1586	0.802	1	99.7
2.08-2.11	3.8	0.15	1601	0.803	1	99.6
2.11-2.14	3.8	0.138	1574	0.795	1	99.6
2.14-2.17	3.8	0.125	1599	0.848	1	99.7
2.17-2.21	3.6	0.14	1501	0.938	1	92.8
2.21-2.25	1.1	0.003	11	0.002	1	0.7
2.25-2.3	3.4	0.132	682	1.078	1	42.2
2.3-2.34	3.8	0.088	1587	0.869	1	99.9
2.34-2.39	3.8	0.078	1621	0.857	1	99.8
2.39-2.45	3.8	0.073	1584	0.863	1	99.9
2.45-2.51	3.8	0.068	1620	0.833	1	99.9
2.51-2.58	3.8	0.063	1612	0.873	1	99.9
2.58-2.65	3.8	0.059	1607	0.88	1	100
2.65-2.74	3.8	0.053	1586	0.898	1	100
2.74-2.84	3.8	0.05	1629	0.958	1	100
2.84-2.95	3.8	0.05	1579	1.098	1	100
2.95-3.09	3.8	0.05	1645	1.253	1	100
3.09-3.25	3.8	0.052	1599	1.574	1	100
3.25-3.45	3.8	0.054	1608	1.911	1	99.9
3.45-3.72	2.9	0.051	574	2.111	1	35.2
3.72-4.09	3.4	0.046	1164	1.925	1	72.2
4.09-4.68	3.7	0.035	1621	1.377	1	99.9
4.68-5.9	3.7	0.029	1637	1.007	1	99.9
5.9-50	3.6	0.026	1592	0.846	1	95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AD1

1ad1

解像度: 1.95→27.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / WR_factor R_free: 0.2079 / WR_factor R_work: 0.1654 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8772 / SU B: 5.662 / SU ML: 0.083 / SU R Cruickshank DPI: 0.1472 / SU R_free: 0.1397 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2056	2060	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1623	-	-	-
all	0.1645	40678	-	-
obs	0.1645	40678	90.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.82 Å² / B_iso mean: 33.391 Å² / B_iso min: 14.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.27 Å²	0 Å²	-0.8 Å²
2-	-	-0.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→27.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3920	0	28	269	4217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	4013
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.615	1.961	5416
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.835	3	9099
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.789	5	508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.343	24.807	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.58	15	727
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.368	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	635
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4517
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	855

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.275	176	-
R_work	0.2	3092	-
all	-	3268	-
obs	-	-	99.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0855	-0.3313	-0.7187	1.1368	0.0021	0.9275	0.0414	0.1656	-0.1448	-0.1495	-0.1171	0.2896	-0.0457	-0.2374	0.0757	0.0623	0.0241	-0.0469	0.1201	-0.0368	0.1388	15.5024	-1.7052	-1.6399
2	1.8034	-0.084	0.2346	5.1604	1.4565	1.5855	-0.0283	0.1197	-0.173	-0.3061	-0.1005	0.4445	-0.1618	-0.2145	0.1289	0.0512	0.0541	-0.0619	0.1358	-0.0572	0.1099	16.894	-7.7216	-10.9358
3	1.5378	-0.4509	0.3073	1.3897	-0.1629	2.1987	-0.011	0.1715	-0.0798	-0.1425	-0.0662	0.0047	-0.0558	0.0214	0.0772	0.0228	0.0102	-0.0102	0.0815	-0.0102	0.0468	31.2387	-10.6041	-7.114
4	0.6301	-0.1482	-0.1803	1.0255	0.3928	1.1771	-0.0584	-0.0347	-0.0502	0.0923	-0.023	0.1152	0.0875	0.0209	0.0814	0.0202	-0.0068	-0.002	0.0769	0.0155	0.0555	28.0294	-5.6395	9.4873
5	2.775	-0.2476	0.2593	1.3812	0.9155	3.2548	-0.0685	-0.377	-0.0411	0.3815	-0.0804	0.4761	0.211	-0.6754	0.1489	0.1692	-0.0545	0.1587	0.2843	0.027	0.2067	8.3558	-0.69	36.1358
6	4.0709	0.9348	0.6658	2.4005	1.5513	3.4517	-0.0323	-0.4175	0.35	0.4491	-0.1026	0.5123	-0.1267	-0.5259	0.135	0.3193	0.0092	0.2087	0.369	-0.01	0.193	10.0301	6.8358	46.7108
7	2.1236	1.5824	-0.7078	3.3159	-1.9521	4.5795	0.0399	-0.4641	0.136	0.626	-0.1385	0.1887	-0.4207	0.105	0.0986	0.2895	-0.0032	0.0318	0.1794	-0.0283	0.0276	25.4228	12.4383	45.4795
8	0.7606	0.1026	0.2136	0.9727	0.0645	1.7913	-0.0545	-0.0911	-0.002	0.2671	0.0158	0.1141	-0.0123	0.0257	0.0387	0.0912	-0.0046	0.0387	0.1075	0.0179	0.0314	24.4715	5.1742	30.1542

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	53 - 82
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	83 - 147
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	148 - 264
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 48
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	49 - 103
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	104 - 146
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	147 - 264

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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